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- PDB-9nk8: Thermothelomyces thermophilus SAM complex bound to darobactin A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9nk8
タイトルThermothelomyces thermophilus SAM complex bound to darobactin A
要素
  • Sam35
  • Sam37
  • Sam50
  • darobactin A
キーワードMEMBRANE PROTEIN/ANTIBIOTIC / beta-barrel / sorting and assembly machinery / MEMBRANE PROTEIN-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


SAM complex / protein insertion into mitochondrial outer membrane / mitochondrion organization / protein transport / mitochondrial outer membrane
類似検索 - 分子機能
Metaxin, glutathione S-transferase domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase N-terminal domain / Mitochondrial outer membrane transport complex Sam37/metaxin, N-terminal domain / : / Outer mitochondrial membrane transport complex protein / Thioredoxin-like fold / Surface antigen D15-like / Bacterial surface antigen (D15) / Omp85 superfamily domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Darobactin / ERGOSTEROL / Mitochondrial outer membrane transport complex Sam37/metaxin N-terminal domain-containing protein / Thioredoxin-like fold domain-containing protein / Bacterial surface antigen (D15) domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermothelomyces thermophilus (菌類)
Photorhabdus khanii (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Diederichs, K. / Botos, I. / Buchanan, S.K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)ZIA DK036139 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: The dynamic lateral gate of the mitochondrial β-barrel biogenesis machinery is blocked by darobactin A.
著者: Kathryn A Diederichs / Istvan Botos / Scout Hayashi / Gvantsa Gutishvili / Vadim Kotov / Katie Kuo / Akira Iinishi / Gwendolyn Cooper / Benjamin Schwarz / Herve Celia / Thomas C Marlovits / ...著者: Kathryn A Diederichs / Istvan Botos / Scout Hayashi / Gvantsa Gutishvili / Vadim Kotov / Katie Kuo / Akira Iinishi / Gwendolyn Cooper / Benjamin Schwarz / Herve Celia / Thomas C Marlovits / Kim Lewis / James C Gumbart / Joseph A Mindell / Susan K Buchanan /
要旨: The folding and insertion of β-barrel proteins into the mitochondrial outer membrane is facilitated by the sorting and assembly machinery (SAM) complex. Here we report two 2.8 Å cryo-EM ...The folding and insertion of β-barrel proteins into the mitochondrial outer membrane is facilitated by the sorting and assembly machinery (SAM) complex. Here we report two 2.8 Å cryo-EM structures of the Thermothelomyces thermophilus SAM complex in the absence of substrate in which the Sam50 lateral gate adopts two different conformations: the first is a closed lateral gate as observed in previously published structures, while the second contains a Sam50 with the first four β-strands rotated outwards by approximately 45°, resulting in an open lateral gate. The observed monomeric open conformation contrasts our previous work where the open conformation was adopted by non-physiological up-down dimers. To understand how these lateral gate dynamics are influenced by substrate, we studied the interaction of the SAM complex with a β-signal peptide mimic, darobactin A. Darobactin A binds to the SAM complex with nanomolar affinity and inhibits the import and assembly of mitochondrial β-barrel proteins in vitro. Lastly, we solved a 3.0 Å cryo-EM structure of the Thermothelomyces thermophilus SAM complex bound to darobactin A, which reveals that darobactin A stabilizes the Sam50 lateral gate similar to the open conformation by binding to strand β1, therefore blocking β-barrel biogenesis.
履歴
登録2025年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sam35
B: Sam50
C: Sam37
D: darobactin A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,40916
ポリマ－140,6494
非ポリマー4,76012
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Sam35 / Thioredoxin-like fold domain-containing protein


分子量: 36882.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermothelomyces thermophilus (菌類)
遺伝子: MYCTH_2142789 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) / 参照: UniProt: G2QAT9
#2: タンパク質 Sam50 / Bacterial surface antigen (D15) domain-containing protein


分子量: 53468.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermothelomyces thermophilus (菌類)
遺伝子: MYCTH_2094326 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) / 参照: UniProt: G2QFF9
#3: タンパク質 Sam37 / Mitochondrial outer membrane transport complex Sam37/metaxin N-terminal domain-containing protein


分子量: 49327.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermothelomyces thermophilus (菌類)
遺伝子: MYCTH_2293977 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) / 参照: UniProt: G2Q6R7
#4: タンパク質・ペプチド darobactin A


タイプ: Peptide-like / クラス: 抗生剤 / 分子量: 971.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Photorhabdus khanii (バクテリア) / 参照: Darobactin
#5: 化合物
ChemComp-ERG / ERGOSTEROL


分子量: 396.648 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H44O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Thermothelomyces thermophilus SAM complex bound to darobactin A
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)生物種: Thermothelomyces thermophilus (菌類)
由来(組換発現)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 54.4 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.21rc1_5084 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 163391 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 3 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0049301
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.612749
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.2161332
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.041448
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0041598

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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