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- PDB-9nji: M298L Streptomyces coelicolor Laccase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9nji
タイトルM298L Streptomyces coelicolor Laccase
要素Copper oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Laccase / Copper
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Multicopper oxidase, copper-binding site / Multicopper oxidases signature 2. / Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Cupredoxin
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / GLYCINE / HYDROXIDE ION / Copper oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coelicolor (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Wang, J.-X. / Lu, Y.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States) 米国
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2025
タイトル: Unexpected effect of an axial ligand mutation in the type 1 copper center in small laccase: structure-based analyses and engineering to increase reduction potential and activity.
著者: Wang, J.X. / Vilbert, A.C. / Williams, L.H. / Mirts, E.N. / Cui, C. / Lu, Y.
履歴
登録2025年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年6月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年6月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22025年7月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Copper oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,94512
ポリマ－37,9851
非ポリマー96011
水2,828157
1
A: Copper oxidase
ヘテロ分子

A: Copper oxidase
ヘテロ分子

A: Copper oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,83536
ポリマ－113,9553
非ポリマー2,88033
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)177.228, 177.228, 177.228
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number212
Space group name H-MP4332
Space group name HallP4acd2ab3
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+3/4,-z+3/4,y+1/4
#3: x+1/4,z+3/4,-y+3/4
#4: z+1/4,y+3/4,-x+3/4
#5: -z+3/4,y+1/4,x+3/4
#6: -y+3/4,x+1/4,z+3/4
#7: y+3/4,-x+3/4,z+1/4
#8: z,x,y
#9: y,z,x
#10: -y+1/2,-z,x+1/2
#11: z+1/2,-x+1/2,-y
#12: -y,z+1/2,-x+1/2
#13: -z+1/2,-x,y+1/2
#14: -z,x+1/2,-y+1/2
#15: y+1/2,-z+1/2,-x
#16: x+1/2,-y+1/2,-z
#17: -x,y+1/2,-z+1/2
#18: -x+1/2,-y,z+1/2
#19: y+1/4,x+3/4,-z+3/4
#20: -y+1/4,-x+1/4,-z+1/4
#21: z+3/4,-y+3/4,x+1/4
#22: -z+1/4,-y+1/4,-x+1/4
#23: -x+3/4,z+1/4,y+3/4
#24: -x+1/4,-z+1/4,-y+1/4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-657-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Copper oxidase


分子量: 37985.109 Da / 分子数: 1 / 変異: M298L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (バクテリア)
遺伝子: SCO6712, SC4C6.22 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9XAL8

-
非ポリマー , 5種, 168分子

#2: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-OH / HYDROXIDE ION / ヒドロキシド


分子量: 17.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: HO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシン


タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO2
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: Crystals were prepared using hanging drop vapor-diffusion technique at room temperature (~296 K). Protein is at a concentration of 18.5 mg/ml in 50 mM H3BO3, 0.1 M NaCl, pH 9.0 buffer. The ...詳細: Crystals were prepared using hanging drop vapor-diffusion technique at room temperature (~296 K). Protein is at a concentration of 18.5 mg/ml in 50 mM H3BO3, 0.1 M NaCl, pH 9.0 buffer. The well buffer contains 0.1 M glycine, 0.5 M NaCl, pH 9.0, and 37-40% (v/v) PEG (polyethylene glycol) monomethyl ether 550. 500 uL of well buffer is added to each well and protein is mixed with well buffer at a 1.5 uL:1.5 uL ratio. The crystal growth time was ca. 1 week.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月11日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→44.31 Å / Num. obs: 29840 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 40.5 % / Biso Wilson estimate: 50.82 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.2881 / Rrim(I) all: 0.2917 / Net I/σ(I): 13.83
反射 シェル解像度: 2.6→2.693 Å / 冗長度: 41.3 % / Rmerge(I) obs: 2.191 / Mean I/σ(I) obs: 1.76 / Num. unique obs: 2930 / CC1/2: 0.773 / Rrim(I) all: 2.218 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
JBluIce-EPICSデータ収集
xia2データスケーリング
PHENIX1.20.1_4487位相決定
PHENIX1.20.1_4487精密化
xia2データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→44.31 Å / SU ML: 0.3101 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.9341
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2016 2673 4.83 %
Rwork0.1856 52651 -
obs0.1864 29837 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 47.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→44.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2150 0 51 157 2358
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00222252
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.48413041
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0459311
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042401
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.2239322
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.650.31781510.32452794X-RAY DIFFRACTION100
2.65-2.70.33261540.29542737X-RAY DIFFRACTION100
2.7-2.750.23851320.25222789X-RAY DIFFRACTION100
2.75-2.810.2741480.24042792X-RAY DIFFRACTION100
2.81-2.880.23981230.21542740X-RAY DIFFRACTION100
2.88-2.950.21411450.21162796X-RAY DIFFRACTION100
2.95-3.030.19451870.18922704X-RAY DIFFRACTION100
3.03-3.120.22531460.18992752X-RAY DIFFRACTION100
3.12-3.220.21791320.18872818X-RAY DIFFRACTION99.93
3.22-3.340.24511360.18542760X-RAY DIFFRACTION100
3.34-3.470.15171630.15942708X-RAY DIFFRACTION100
3.47-3.630.13861340.14572801X-RAY DIFFRACTION100
3.63-3.820.16781090.15812778X-RAY DIFFRACTION100
3.82-4.060.181650.16982771X-RAY DIFFRACTION100
4.06-4.370.15911160.15282779X-RAY DIFFRACTION100
4.37-4.810.1791250.15642791X-RAY DIFFRACTION100
4.81-5.50.21491350.16482780X-RAY DIFFRACTION100
5.51-6.920.25341240.20772778X-RAY DIFFRACTION100
6.93-44.310.20311480.2332783X-RAY DIFFRACTION99.83

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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