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- PDB-9nih: Crystal structure of HLA-DR4 presenting citrullinated Tenascin C ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9nih
タイトルCrystal structure of HLA-DR4 presenting citrullinated Tenascin C peptide
要素
  • (HLA class II histocompatibility ...) x 2
  • Tenascin
キーワードIMMUNE SYSTEM / Human Leukocyte Antigen / T cell receptor / citrullinated epitope / rheumatoid arthritis
機能・相同性
機能・相同性情報


perisynaptic extracellular matrix / tenascin complex / interstitial matrix / extracellular matrix of synaptic cleft / mesenchymal-epithelial cell signaling involved in prostate gland development / peripheral nervous system axon regeneration / bud outgrowth involved in lung branching / syndecan binding / cellular response to prostaglandin D stimulus / response to fibroblast growth factor ...perisynaptic extracellular matrix / tenascin complex / interstitial matrix / extracellular matrix of synaptic cleft / mesenchymal-epithelial cell signaling involved in prostate gland development / peripheral nervous system axon regeneration / bud outgrowth involved in lung branching / syndecan binding / cellular response to prostaglandin D stimulus / response to fibroblast growth factor / myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / autolysosome membrane / regulation of T-helper cell differentiation / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / MHC class II receptor activity / cellular response to vitamin D / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / prostate gland epithelium morphogenesis / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / negative regulation of cell adhesion / positive regulation of memory T cell differentiation / extracellular matrix structural constituent / Syndecan interactions / neuromuscular junction development / transport vesicle membrane / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / odontogenesis of dentin-containing tooth / polysaccharide binding / basement membrane / Generation of second messenger molecules / immunological synapse / Co-inhibition by PD-1 / ECM proteoglycans / Integrin cell surface interactions / regulation of cell adhesion / T cell receptor binding / response to mechanical stimulus / cellular response to retinoic acid / MHC class II antigen presentation / regulation of cell migration / trans-Golgi network membrane / morphogenesis of an epithelium / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Post-translational protein phosphorylation / regulation of cell growth / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / ER to Golgi transport vesicle membrane / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / response to wounding / positive regulation of T cell activation / cognition / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Interferon gamma signaling / osteoblast differentiation / MHC class II protein complex binding / endocytic vesicle membrane / integrin binding / late endosome membrane / Downstream TCR signaling / early endosome membrane / regulation of inflammatory response / : / adaptive immune response / response to ethanol / lysosome / cell adhesion / endosome membrane / immune response / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / lysosomal membrane / focal adhesion / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / glutamatergic synapse / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tenascin, EGF-like domain / Tenascin EGF domain / Teneurin-like EGF domain / : / Fibrinogen-related domains (FReDs) / Fibrinogen beta and gamma chains, C-terminal globular domain / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular, subdomain 1 / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular domain / Fibrinogen-like, C-terminal / Fibrinogen C-terminal domain profile. ...Tenascin, EGF-like domain / Tenascin EGF domain / Teneurin-like EGF domain / : / Fibrinogen-related domains (FReDs) / Fibrinogen beta and gamma chains, C-terminal globular domain / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular, subdomain 1 / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular domain / Fibrinogen-like, C-terminal / Fibrinogen C-terminal domain profile. / EGF-like domain, extracellular / EGF-like domain / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / Fibronectin type III domain / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class II histocompatibility antigen DR beta chain / HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain / Tenascin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Dao, H.T. / Loh, T.J. / Lim, J.J. / Rossjohn, J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of HLA-DR4 presenting citrullinated Tenascin C peptide
著者: Dao, H.D. / Loh, T.J. / Lim, J.J. / Rossjohn, J.
履歴
登録2025年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年5月21日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
B: HLA class II histocompatibility antigen DR beta chain
C: Tenascin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4348
ポリマ－46,7153
非ポリマー7195
水1,982110
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8700 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area17660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.300, 119.300, 73.273
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Space group name HallR3
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x+1/3,y+2/3,z+2/3
#5: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3
#6: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3
#7: x+2/3,y+1/3,z+1/3
#8: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3
#9: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3

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要素

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HLA class II histocompatibility ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain / MHC class II antigen DRA


分子量: 21919.594 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 30-206 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DRA, HLA-DRA1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01903
#2: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen DR beta chain / MHC class II antigen


分子量: 23080.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DRB1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A1V1IGJ9

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タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 3分子 C

#3: タンパク質・ペプチド Tenascin / TN / Cytotactin / GMEM / GP 150-225 / Glioma-associated-extracellular matrix antigen / Hexabrachion ...TN / Cytotactin / GMEM / GP 150-225 / Glioma-associated-extracellular matrix antigen / Hexabrachion / JI / Myotendinous antigen / Neuronectin / Tenascin-C / TN-C


分子量: 1714.918 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1013-1024 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P24821
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 113分子

#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.2 M NaCl, 0.1 M Bis Tris pH 5.5, 29% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95373 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→34.53 Å / Num. obs: 15161 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 10.2 % / Biso Wilson estimate: 38.49 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.102 / Χ2: 0.89 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.352 / Mean I/σ(I) obs: 7.2 / Num. unique obs: 1628 / CC1/2: 0.97 / Rpim(I) all: 0.17 / Rrim(I) all: 0.391 / Χ2: 0.7 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→34.53 Å / SU ML: 0.264 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.07 / 位相誤差: 24.0799
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2186 786 5.19 %
Rwork0.1842 14367 -
obs0.186 15153 99.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 44.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→34.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3076 0 46 110 3232
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00393195
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.69144359
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045479
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0054562
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.3763436
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.550.29741420.23112394X-RAY DIFFRACTION99.22
2.55-2.750.28231580.21462360X-RAY DIFFRACTION99.37
2.75-3.020.25171120.21482391X-RAY DIFFRACTION99.64
3.02-3.460.26091120.19032402X-RAY DIFFRACTION99.64
3.46-4.350.21200.16542410X-RAY DIFFRACTION99.72
4.36-34.530.17021420.16762410X-RAY DIFFRACTION99.92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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