PDB-9nhr: Crystal structure of structure of WT BfrB from Pseudomonas aerugi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9nhr

タイトル

Crystal structure of structure of WT BfrB from Pseudomonas aeruginosa in complex with a protein-protein interaction inhibitor KM-5-25

要素

Ferroxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / biofilms / electron transport / iron storage / iron binding / iron mobilization / protein-protein interaction inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

iron ion sequestering activity / ferritin complex / ferroxidase / ferroxidase activity / ferric iron binding / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / iron ion binding / heme binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Lovell, S. / Seibold, S. / Battaile, K.P. / Yao, H. / Rivera, M.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/Office of the Director	S10 OD030394	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	AI169344	米国

引用

ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2025
タイトル: Inhibitors of the Bacterioferritin Ferredoxin Complex Dysregulate Iron Homeostasis and Kill Acinetobacter baumannii and Biofilm-Embedded Pseudomonas aeruginosa Cells.
著者: Behm, A.M. / Yao, H. / Eze, E.C. / Alli, S.A. / Baugh, S.D.P. / Ametsetor, E. / Powell, K.M. / Battaile, K.P. / Seibold, S. / Lovell, S. / Bunce, R.A. / Reitz, A.B. / Rivera, M.

履歴

登録	2025年2月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年6月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9nhr.cif.gz	408.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9nhr.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9nhr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nh/9nhr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nh/9nhr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9nhtC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (6) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ferroxidase

B: Ferroxidase

C: Ferroxidase

D: Ferroxidase

E: Ferroxidase

F: Ferroxidase

G: Ferroxidase

H: Ferroxidase

I: Ferroxidase

J: Ferroxidase

K: Ferroxidase

L: Ferroxidase

ヘテロ分子

232 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ferroxidase

B: Ferroxidase

C: Ferroxidase

D: Ferroxidase

E: Ferroxidase

F: Ferroxidase

G: Ferroxidase

H: Ferroxidase

I: Ferroxidase

J: Ferroxidase

K: Ferroxidase

L: Ferroxidase

ヘテロ分子

A: Ferroxidase

B: Ferroxidase

C: Ferroxidase

D: Ferroxidase

E: Ferroxidase

F: Ferroxidase

G: Ferroxidase

H: Ferroxidase

I: Ferroxidase

J: Ferroxidase

K: Ferroxidase

L: Ferroxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
463 kDa, 24 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	129.569, 194.357, 203.032
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	D-202- HEM
2	1	D-202- HEM
3	1	D-202- HEM
4	1	L-201- HEM
5	1	L-201- HEM
6	1	L-201- HEM

-
タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質	Ferroxidase 分子量: 18580.168 Da / 分子数: 12 / 断片: BFRB / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 遺伝子: bfrB, PA3531 / プラスミド: PET11A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ARCTIC EXPRESS RIL / 参照: UniProt: Q9HY79, ferroxidase

-
非ポリマー , 5種, 722分子

#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#4: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-A1BYB / 4-{[(5-chloro-2-hydroxyphenyl)methyl]amino}-1H-isoindole-1,3(2H)-dione 分子量: 302.712 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₁ClN₂O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 695 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.09 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 30% v/v PEG200, 100 mM sodium acetate, pH 4.5, 100 mM sodium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月3日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→48.59 Å / Num. obs: 185210 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.093 / R_pim(I) all: 0.038 / R_rim(I) all: 0.1 / Χ²: 1.04 / Net I/σ(I): 12.5 / Num. measured all: 1284414
反射シェル	解像度: 1.95→1.98 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 1.043 / Num. measured all: 61051 / Num. unique obs: 9123 / CC_1/2: 0.746 / R_pim(I) all: 0.435 / R_rim(I) all: 1.131 / Χ²: 1.03 / Net I/σ(I) obs: 1.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_4210: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.95→38 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.02 / 位相誤差: 22.99 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2213	9277	5.01 %
R_work	0.1798	-	-
obs	0.1819	185107	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15173	0	590	695	16458

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	16194
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.926	21954
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.436	5978
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	2348
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	2780

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95-1.97	0.3039	314	0.2674	5807	X-RAY DIFFRACTION	100
1.97-2	0.2955	291	0.2529	5830	X-RAY DIFFRACTION	100
2-2.02	0.3047	323	0.2456	5820	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.05	0.2658	327	0.2296	5758	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.07	0.2515	285	0.2187	5817	X-RAY DIFFRACTION	100
2.07-2.1	0.2484	306	0.2114	5816	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.13	0.2792	323	0.2068	5855	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.16	0.2553	299	0.2088	5852	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.2	0.2604	307	0.1938	5784	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2-2.23	0.2265	298	0.1843	5852	X-RAY DIFFRACTION	100
2.23-2.27	0.2318	330	0.1847	5811	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.31	0.2287	294	0.1778	5825	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.36	0.243	297	0.1821	5849	X-RAY DIFFRACTION	100
2.36-2.4	0.2475	310	0.1813	5834	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4-2.46	0.2203	298	0.1757	5843	X-RAY DIFFRACTION	100
2.46-2.51	0.2129	287	0.172	5843	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.58	0.2171	358	0.1696	5814	X-RAY DIFFRACTION	100
2.58-2.65	0.2108	288	0.1669	5882	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-2.72	0.2319	322	0.1795	5845	X-RAY DIFFRACTION	100
2.72-2.81	0.2343	297	0.1705	5845	X-RAY DIFFRACTION	100
2.81-2.91	0.2045	309	0.1623	5848	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-3.03	0.2166	266	0.1758	5892	X-RAY DIFFRACTION	100
3.03-3.17	0.2356	335	0.1859	5885	X-RAY DIFFRACTION	100
3.17-3.33	0.234	304	0.1871	5887	X-RAY DIFFRACTION	100
3.33-3.54	0.2093	302	0.1732	5885	X-RAY DIFFRACTION	100
3.54-3.82	0.2007	328	0.1731	5878	X-RAY DIFFRACTION	100
3.82-4.2	0.2016	315	0.1564	5904	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2-4.81	0.1662	316	0.1448	5941	X-RAY DIFFRACTION	100
4.81-6.05	0.235	325	0.1909	5975	X-RAY DIFFRACTION	100
6.05-38	0.2189	323	0.1963	6153	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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