PDB-9nh3: Helicobacter pylori strain SS1 KatA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9nh3

タイトル

Helicobacter pylori strain SS1 KatA

要素

Catalase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / catalase / oxidative stress

機能・相同性

機能・相同性情報

catalase / catalase activity / hydrogen peroxide catabolic process / response to hydrogen peroxide / heme binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Helicobacter pylori SS1 (ピロリ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.87 Å

データ登録者

Baylink, A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biorxiv / 年: 2025
タイトル: AlphaFold 3 accurately models natural variants of Helicobacter pylori catalase KatA.
著者: Baylink, A.

履歴

登録	2025年2月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年7月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9nh3.cif.gz	722.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9nh3.ent.gz	500.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9nh3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9nh3_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9nh3_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	9nh3_validation.xml.gz	56.6 KB	表示
CIF形式データ	9nh3_validation.cif.gz	81.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nh/9nh3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nh/9nh3	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1qwl 1qwm 2a9e 2iqf
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (16)

登録構造単位

A: Catalase

B: Catalase

ヘテロ分子

119 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Catalase

B: Catalase

ヘテロ分子

A: Catalase

B: Catalase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
238 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.512, 96.198, 154.754
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁22₁
Space group name Hall	P22ab(y,z,x)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y,-z+1/2 #3: -x,y,-z #4: -x+1/2,-y,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-715- HOH
2	1	B-823- HOH
3	1	B-1168- HOH

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Catalase 分子量: 58739.066 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Helicobacter pylori SS1 (ピロリ菌) 遺伝子: katA / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: F4ZZ52, catalase

-
非ポリマー , 5種, 1202分子

#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.49 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M sodium acetate, pH 4.5, 25% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.87→55.3 Å / Num. obs: 84023 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.94 % / B_iso Wilson estimate: 15.86 Å² / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 8.45
反射シェル	解像度: 1.87→1.94 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 8292 / CC_1/2: 0.57 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
Coot		モデル構築
Aimless		データスケーリング
DIALS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.87→55.3 Å / SU ML: 0.1868 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.2918
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.191	2000	2.38 %
R_work	0.1418	82015	-
obs	0.143	84015	99.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.87→55.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8013	0	105	1191	9309

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0103	8491
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9987	11533
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0582	1134
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0117	1506
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.4361	3133

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.87-1.92	0.2983	140	0.2429	5767	X-RAY DIFFRACTION	99.95
1.92-1.97	0.2399	141	0.2097	5767	X-RAY DIFFRACTION	100
1.97-2.03	0.2467	142	0.1905	5818	X-RAY DIFFRACTION	100
2.03-2.09	0.2474	141	0.1846	5788	X-RAY DIFFRACTION	100
2.09-2.17	0.2091	141	0.1714	5796	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.25	0.2253	142	0.1572	5822	X-RAY DIFFRACTION	100
2.25-2.36	0.2044	142	0.1417	5790	X-RAY DIFFRACTION	100
2.36-2.48	0.2077	142	0.1336	5823	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.64	0.176	142	0.1267	5850	X-RAY DIFFRACTION	100
2.64-2.84	0.1613	143	0.1302	5845	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-3.12	0.1906	144	0.1254	5883	X-RAY DIFFRACTION	99.98
3.12-3.58	0.1737	143	0.1202	5913	X-RAY DIFFRACTION	100
3.58-4.51	0.1424	146	0.1058	5952	X-RAY DIFFRACTION	100
4.51-55.3	0.1723	151	0.1382	6201	X-RAY DIFFRACTION	99.92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.349159921964	-0.502987286496	-0.181906315722	3.46027531929	0.435902083439	0.103474258758	0.0457154017883	0.134122647907	-0.0975150421763	-0.261085208776	-0.0672221632268	0.269648286061	0.065776988961	-0.0170723151578	0.0187534732154	0.167517213746	-0.0208332125512	-0.0350903768154	0.148146623993	-0.0344709029077	0.122375828004	18.8032794575	-37.3888268226	-32.8369171221
2	3.44909789576	-0.634863794095	-0.515191630596	3.06367706387	1.30308933531	2.35247011588	-0.107065773725	-0.058341038087	-0.404016198665	0.162642103455	-0.0483151599025	0.261407014215	0.457776064921	-0.208968075156	0.150893480577	0.246893156471	-0.062996210403	0.0045851553793	0.106162416431	-0.021679265762	0.220084182484	16.6328203674	-56.2262289487	-17.6547715272
3	0.211235738569	-0.0499405108979	0.328779751173	0.388309139325	-0.200743035457	1.69844241706	0.00698052720074	-0.0400194739155	0.0316768812412	0.0993865727711	0.0127007898473	0.0575762880794	-0.00833479188818	-0.0850080327087	-0.0215500617767	0.0805632063055	-0.00747788532827	0.0194396656816	0.0730459446375	-0.004364214263	0.0901500659328	31.1019739706	-9.98967032727	19.4210383668
4	2.99129842493	0.530879088028	0.82378716217	1.03999097027	0.942210240222	1.85794266059	-0.0537936939398	-0.0521204283164	0.0675839767891	-0.0590247556513	-0.0778205151276	0.25477883526	-0.0437824228295	-0.328734782255	0.124597043886	0.0710969100911	0.00630065192514	-0.00889245194815	0.139873097419	0.0205243853597	0.155199186118	4.09410930504	-1.58208539207	-12.3883194258
5	0.985496264069	0.178732217878	-0.205487100939	0.393652591673	-0.0552520896208	0.561398288529	0.00618600893124	0.0257927663292	0.108564650165	-0.0413589914502	-0.00250193318739	0.0141732229238	-0.0623863066341	-0.00767930842638	-0.00475049338045	0.105880729255	0.00714346108739	-0.00563527715583	0.0962334620153	0.0125868325003	0.105887100949	27.4855709418	5.23623902859	-14.9654230888
6	0.664389246726	0.326417660219	0.273147237522	2.46650084597	1.11243370019	1.64885926819	0.0271540079603	0.0546139262454	0.116222141413	-0.139671709023	-0.100321290925	0.186198105407	-0.0814109872534	-0.248079071563	0.0747966707175	0.0703423299909	0.0248222199513	-0.0172172278777	0.145600567832	0.0244948380704	0.121665635495	11.0897437752	3.23612473675	-20.6905351526
7	1.01667079702	0.101066660573	-0.0109074253623	0.652105594232	0.544035318782	2.40500449898	-0.0383642747243	0.0602145581583	0.132964377631	-0.102709365095	-0.0151233080091	0.121821466784	-0.140648654189	-0.208508184247	0.0628098855498	0.0932748756371	0.027227091863	-0.0225142533153	0.0429756954484	0.0378192381093	0.140228603848	14.1986152175	8.16614973894	-16.4225192874
8	0.335957820273	0.0416203938638	-0.0183144881195	0.544993785184	-0.12826171471	0.51369745849	-0.0012602358372	0.0470644197137	0.0130869038817	-0.08585330291	0.0173253325443	0.0787030022877	0.0584586570199	-0.069676091407	-0.0181778544895	0.0879635568775	-0.00127948798999	-0.01144872451	0.121925336909	-0.000483151229734	0.120124157821	18.4123765413	-11.7740403281	-16.8003143649
9	3.31828508855	-1.4238006372	-0.137310825339	3.02389557597	-0.509550183349	2.36083183032	-0.0531734527805	0.08412422808	0.4993292708	-0.0420603217905	0.052204022301	-0.168690780057	-0.311192080491	0.166025608977	0.0102154761801	0.17729264875	-0.0381803494368	0.0044405324492	0.0980525324737	0.0490404097934	0.208338602332	36.636060369	21.4371595813	-24.6441355307
10	0.752388152648	0.199762662831	0.779185476182	0.505033052171	0.162643404258	1.60114751149	0.0209305781056	-0.0151983047617	-0.099017235414	0.0654368856415	0.0172190539817	-0.148657423801	0.120883506988	0.110360645593	-0.0214315421965	0.0752727659696	0.0191385851912	-0.00226729018672	0.0690876431518	0.00771555008842	0.108094435992	48.4058256313	-25.0970343972	13.5697230238
11	1.02069796956	-0.152852962799	-0.158752760891	0.858020528135	-0.341028659152	1.4288162324	-0.000519729024547	0.124408364969	-0.0567315399265	-0.164707132523	-0.0388577147521	-0.134811801453	0.100424282303	0.176837481577	0.0399062089385	0.153395376427	0.0303243044503	0.0266550679025	0.109759553172	-0.0325149248713	0.114853719376	49.9306044802	-33.1560687022	-27.7764817205
12	3.31744087984	2.37010171526	-2.11446313552	2.05660068032	-2.12945503233	2.3961948771	0.111262867239	-0.00549653665397	0.052182673694	0.107085821861	0.0385924527073	0.0503751147563	0.0611759767158	-0.0285791345873	-0.145443736673	0.152028035188	0.0318515647607	-0.0178790290511	0.0669261472484	-0.0203264663075	0.103113532033	37.7787445925	-38.8228978627	-12.3124377735
13	0.695111707579	0.147100860472	-0.101571041931	0.488517338967	0.0658967099853	0.54678695952	-0.0351834349925	0.0637403311833	-0.120136591339	-0.0525795622374	0.0120136015901	0.0348537758718	0.160096675158	-0.03125770955	0.020339196142	0.145267835408	-0.00495694296227	-0.0140024443738	0.0822653708234	-0.0190361765649	0.102438772682	26.8528901378	-40.3888793688	-16.8020829887
14	0.602245540678	-0.0906528568616	0.0801963206084	2.21936152734	-1.15375992215	1.20389959237	-0.00340737998561	0.141901784836	-0.098060488156	-0.413659069811	-0.0190968271806	-0.0873857944012	0.338541169689	0.0417589021414	0.0364071957247	0.201614905391	0.0135832561952	-0.000234782986209	0.121208708318	-0.0458356323893	0.104419298851	39.2962674321	-37.9153971664	-30.2292054479
15	1.27730341896	-0.102361357755	0.354966130956	0.563285977502	-0.173478389882	1.3302179247	0.00653018167125	0.120435703597	-0.0978822791452	-0.0979421883952	-0.0132719785161	-0.033995462378	0.213962664988	0.0693146550166	0.00365251793017	0.188374690412	0.0174281054318	0.00170411894429	0.0534059764242	-0.0482078488045	0.116058843194	39.5144661209	-42.9135888252	-24.4802812919
16	0.305622518595	0.0841431653794	0.220352045982	0.335734375341	0.00340598489966	1.11340706921	0.0270810378805	0.0684131846904	-0.0279849858016	-0.0523762893306	-0.0156548492464	-0.0288107433372	0.0304501280385	0.0805395973706	-0.00744865084104	0.118712009571	0.0141658337877	0.0212194950665	0.0966485935262	-0.0081428007729	0.102803814765	40.1086371283	-25.09180967	-16.2698337566
17	1.38274295178	0.49177653003	1.20132334509	0.759277242289	0.585739432419	1.48190442972	-0.0205114731293	0.202815146447	0.076011158475	-0.139665394949	0.0370922704161	-0.0478669870212	0.0491450233205	0.186600821061	-0.0171193677501	0.115039984287	0.0139361694523	0.0373498646346	0.111875396232	0.0146562250616	0.106228516554	42.8565106649	-9.2527767509	-23.530906553

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'B' and (resid 407 through 437 )	B	C	407 - 437	406 - 436
2	2	chain 'B' and (resid 438 through 491 )	B	C	438 - 491	437 - 490
3	3	chain 'A' and (resid 4 through 58 )	A	A	4 - 58	1 - 55
4	4	chain 'A' and (resid 59 through 95 )	A	A	59 - 95	56 - 92
5	5	chain 'A' and (resid 96 through 192 )	A	A	96 - 192	93 - 189
6	6	chain 'A' and (resid 193 through 227 )	A	A	193 - 227	190 - 224
7	7	chain 'A' and (resid 228 through 302 )	A	A	228 - 302	225 - 299
8	8	chain 'A' and (resid 303 through 437 )	A	A	303 - 437	300 - 434
9	9	chain 'A' and (resid 438 through 491 )	A	A	438 - 491	435 - 488
10	10	chain 'B' and (resid 2 through 58 )	B	C	2 - 58	1 - 57
11	11	chain 'B' and (resid 59 through 95 )	B	C	59 - 95	58 - 94
12	12	chain 'B' and (resid 96 through 119 )	B	C	96 - 119	95 - 118
13	13	chain 'B' and (resid 120 through 192 )	B	C	120 - 192	119 - 191
14	14	chain 'B' and (resid 193 through 227 )	B	C	193 - 227	192 - 226
15	15	chain 'B' and (resid 228 through 302 )	B	C	228 - 302	227 - 301
16	16	chain 'B' and (resid 303 through 362 )	B	C	303 - 362	302 - 361
17	17	chain 'B' and (resid 363 through 406 )	B	C	363 - 406	362 - 405

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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