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- PDB-9nh3: Helicobacter pylori strain SS1 KatA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9nh3
タイトルHelicobacter pylori strain SS1 KatA
要素Catalase
キーワードOXIDOREDUCTASE / catalase / oxidative stress
機能・相同性
機能・相同性情報


catalase / catalase activity / hydrogen peroxide catabolic process / response to hydrogen peroxide / heme binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Catalase, clade 3 / Catalase, mono-functional, haem-containing, clades 1 and 3 / Catalase haem-binding site / Catalase proximal heme-ligand signature. / Catalase / Catalase immune-responsive domain / Catalase-related immune-responsive / Catalase active site / Catalase proximal active site signature. / Catalase core domain ...Catalase, clade 3 / Catalase, mono-functional, haem-containing, clades 1 and 3 / Catalase haem-binding site / Catalase proximal heme-ligand signature. / Catalase / Catalase immune-responsive domain / Catalase-related immune-responsive / Catalase active site / Catalase proximal active site signature. / Catalase core domain / Catalase, mono-functional, haem-containing / Catalase / catalase family profile. / Catalase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Catalase
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori SS1 (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.87 Å
データ登録者Baylink, A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)4R00AI148587-03 米国
引用ジャーナル: Biorxiv / : 2025
タイトル: AlphaFold 3 accurately models natural variants of Helicobacter pylori catalase KatA.
著者: Baylink, A.
履歴
登録2025年2月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Catalase
B: Catalase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,06913
ポリマ-117,4782
非ポリマー1,59111
21,4561191
1
A: Catalase
B: Catalase
ヘテロ分子

A: Catalase
B: Catalase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)238,13726
ポリマ-234,9564
非ポリマー3,18122
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area50190 Å2
ΔGint-384 kcal/mol
Surface area58140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.512, 96.198, 154.754
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21221
Space group name HallP22ab(y,z,x)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y,-z+1/2
#3: -x,y,-z
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-715-

HOH

21B-823-

HOH

31B-1168-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Catalase


分子量: 58739.066 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Helicobacter pylori SS1 (ピロリ菌)
遺伝子: katA / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: F4ZZ52, catalase

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非ポリマー , 5種, 1202分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / : Na
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1191 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.49 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M sodium acetate, pH 4.5, 25% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.87→55.3 Å / Num. obs: 84023 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.94 % / Biso Wilson estimate: 15.86 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 8.45
反射 シェル解像度: 1.87→1.94 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 8292 / CC1/2: 0.57 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
Cootモデル構築
Aimlessデータスケーリング
DIALSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.87→55.3 Å / SU ML: 0.1868 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.2918
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.191 2000 2.38 %
Rwork0.1418 82015 -
obs0.143 84015 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 18.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.87→55.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8013 0 105 1191 9309
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01038491
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.998711533
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05821134
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01171506
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.43613133
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.87-1.920.29831400.24295767X-RAY DIFFRACTION99.95
1.92-1.970.23991410.20975767X-RAY DIFFRACTION100
1.97-2.030.24671420.19055818X-RAY DIFFRACTION100
2.03-2.090.24741410.18465788X-RAY DIFFRACTION100
2.09-2.170.20911410.17145796X-RAY DIFFRACTION100
2.17-2.250.22531420.15725822X-RAY DIFFRACTION100
2.25-2.360.20441420.14175790X-RAY DIFFRACTION100
2.36-2.480.20771420.13365823X-RAY DIFFRACTION100
2.48-2.640.1761420.12675850X-RAY DIFFRACTION100
2.64-2.840.16131430.13025845X-RAY DIFFRACTION100
2.84-3.120.19061440.12545883X-RAY DIFFRACTION99.98
3.12-3.580.17371430.12025913X-RAY DIFFRACTION100
3.58-4.510.14241460.10585952X-RAY DIFFRACTION100
4.51-55.30.17231510.13826201X-RAY DIFFRACTION99.92
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.349159921964-0.502987286496-0.1819063157223.460275319290.4359020834390.1034742587580.04571540178830.134122647907-0.0975150421763-0.261085208776-0.06722216322680.2696482860610.065776988961-0.01707231515780.01875347321540.167517213746-0.0208332125512-0.03509037681540.148146623993-0.03447090290770.12237582800418.8032794575-37.3888268226-32.8369171221
23.44909789576-0.634863794095-0.5151916305963.063677063871.303089335312.35247011588-0.107065773725-0.058341038087-0.4040161986650.162642103455-0.04831515990250.2614070142150.457776064921-0.2089680751560.1508934805770.246893156471-0.0629962104030.00458515537930.106162416431-0.0216792657620.22008418248416.6328203674-56.2262289487-17.6547715272
30.211235738569-0.04994051089790.3287797511730.388309139325-0.2007430354571.698442417060.00698052720074-0.04001947391550.03167688124120.09938657277110.01270078984730.0575762880794-0.00833479188818-0.0850080327087-0.02155006177670.0805632063055-0.007477885328270.01943966568160.0730459446375-0.0043642142630.090150065932831.1019739706-9.9896703272719.4210383668
42.991298424930.5308790880280.823787162171.039990970270.9422102402221.85794266059-0.0537936939398-0.05212042831640.0675839767891-0.0590247556513-0.07782051512760.25477883526-0.0437824228295-0.3287347822550.1245970438860.07109691009110.00630065192514-0.008892451948150.1398730974190.02052438535970.1551991861184.09410930504-1.58208539207-12.3883194258
50.9854962640690.178732217878-0.2054871009390.393652591673-0.05525208962080.5613982885290.006186008931240.02579276632920.108564650165-0.0413589914502-0.002501933187390.0141732229238-0.0623863066341-0.00767930842638-0.004750493380450.1058807292550.00714346108739-0.005635277155830.09623346201530.01258683250030.10588710094927.48557094185.23623902859-14.9654230888
60.6643892467260.3264176602190.2731472375222.466500845971.112433700191.648859268190.02715400796030.05461392624540.116222141413-0.139671709023-0.1003212909250.186198105407-0.0814109872534-0.2480790715630.07479667071750.07034232999090.0248222199513-0.01721722787770.1456005678320.02449483807040.12166563549511.08974377523.23612473675-20.6905351526
71.016670797020.101066660573-0.01090742536230.6521055942320.5440353187822.40500449898-0.03836427472430.06021455815830.132964377631-0.102709365095-0.01512330800910.121821466784-0.140648654189-0.2085081842470.06280988554980.09327487563710.027227091863-0.02251425331530.04297569544840.03781923810930.14022860384814.19861521758.16614973894-16.4225192874
80.3359578202730.0416203938638-0.01831448811950.544993785184-0.128261714710.51369745849-0.00126023583720.04706441971370.0130869038817-0.085853302910.01732533254430.07870300228770.0584586570199-0.069676091407-0.01817785448950.0879635568775-0.00127948798999-0.011448724510.121925336909-0.0004831512297340.12012415782118.4123765413-11.7740403281-16.8003143649
93.31828508855-1.4238006372-0.1373108253393.02389557597-0.5095501833492.36083183032-0.05317345278050.084124228080.4993292708-0.04206032179050.052204022301-0.168690780057-0.3111920804910.1660256089770.01021547618010.17729264875-0.03818034943680.00444053244920.09805253247370.04904040979340.20833860233236.63606036921.4371595813-24.6441355307
100.7523881526480.1997626628310.7791854761820.5050330521710.1626434042581.601147511490.0209305781056-0.0151983047617-0.0990172354140.06543688564150.0172190539817-0.1486574238010.1208835069880.110360645593-0.02143154219650.07527276596960.0191385851912-0.002267290186720.06908764315180.007715550088420.10809443599248.4058256313-25.097034397213.5697230238
111.02069796956-0.152852962799-0.1587527608910.858020528135-0.3410286591521.4288162324-0.0005197290245470.124408364969-0.0567315399265-0.164707132523-0.0388577147521-0.1348118014530.1004242823030.1768374815770.03990620893850.1533953764270.03032430445030.02665506790250.109759553172-0.03251492487130.11485371937649.9306044802-33.1560687022-27.7764817205
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130.6951117075790.147100860472-0.1015710419310.4885173389670.06589670998530.54678695952-0.03518343499250.0637403311833-0.120136591339-0.05257956223740.01201360159010.03485377587180.160096675158-0.031257709550.0203391961420.145267835408-0.00495694296227-0.01400244437380.0822653708234-0.01903617656490.10243877268226.8528901378-40.3888793688-16.8020829887
140.602245540678-0.09065285686160.08019632060842.21936152734-1.153759922151.20389959237-0.003407379985610.141901784836-0.098060488156-0.413659069811-0.0190968271806-0.08738579440120.3385411696890.04175890214140.03640719572470.2016149053910.0135832561952-0.0002347829862090.121208708318-0.04583563238930.10441929885139.2962674321-37.9153971664-30.2292054479
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'B' and (resid 407 through 437 )BC407 - 437406 - 436
22chain 'B' and (resid 438 through 491 )BC438 - 491437 - 490
33chain 'A' and (resid 4 through 58 )AA4 - 581 - 55
44chain 'A' and (resid 59 through 95 )AA59 - 9556 - 92
55chain 'A' and (resid 96 through 192 )AA96 - 19293 - 189
66chain 'A' and (resid 193 through 227 )AA193 - 227190 - 224
77chain 'A' and (resid 228 through 302 )AA228 - 302225 - 299
88chain 'A' and (resid 303 through 437 )AA303 - 437300 - 434
99chain 'A' and (resid 438 through 491 )AA438 - 491435 - 488
1010chain 'B' and (resid 2 through 58 )BC2 - 581 - 57
1111chain 'B' and (resid 59 through 95 )BC59 - 9558 - 94
1212chain 'B' and (resid 96 through 119 )BC96 - 11995 - 118
1313chain 'B' and (resid 120 through 192 )BC120 - 192119 - 191
1414chain 'B' and (resid 193 through 227 )BC193 - 227192 - 226
1515chain 'B' and (resid 228 through 302 )BC228 - 302227 - 301
1616chain 'B' and (resid 303 through 362 )BC303 - 362302 - 361
1717chain 'B' and (resid 363 through 406 )BC363 - 406362 - 405

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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