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万見
- PDB-9ngx: Structure of the 5'SL-bound La Domain of the Human La-related Pro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ngx
タイトルStructure of the 5'SL-bound La Domain of the Human La-related Protein 6
要素La-related protein 6
キーワードRNA BINDING PROTEIN / La / La-related protein / LARP / LARP6 / Collagen synthesis / Fibrosis
機能・相同性
機能・相同性情報


sequence-specific mRNA binding / myosin binding / positive regulation of collagen biosynthetic process / RNA processing / mRNA 5'-UTR binding / RNA stem-loop binding / regulation of translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
La-related protein 6, RNA recognition motif / SUZ-C motif / SUZ-C domain / SUZ-C domain profile. / Lupus La protein / La domain containing protein / La domain / Domain in the RNA-binding Lupus La protein; unknown function / La-type HTH domain / La-type HTH domain profile. ...La-related protein 6, RNA recognition motif / SUZ-C motif / SUZ-C domain / SUZ-C domain profile. / Lupus La protein / La domain containing protein / La domain / Domain in the RNA-binding Lupus La protein; unknown function / La-type HTH domain / La-type HTH domain profile. / RNA-binding domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
La-related protein 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics / molecular dynamics
データ登録者Gordon, B.H. / Silvers, R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM142912 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2025
タイトル: Noncanonical RNA binding of human La-related protein 6.
著者: Gordon, B.H. / Ogunkunle, V.S. / Silvers, R.
履歴
登録2025年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR
Remark 700SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: La-related protein 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6391
ポリマ－12,6391
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 400target function
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質 La-related protein 6 / Acheron / Achn / La ribonucleoprotein domain family member 6


分子量: 12639.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LARP6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BRS8
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic13D HNCA
131isotropic13D HN(CA)CB
141isotropic13D HNCO
151isotropic13D HN(CA)CO
181isotropic13D H(CC)(CO)NH
171isotropic13D (H)CC(CO)NH
161isotropic13D (H)CCH-COSY
192isotropic12D 1H-13C HSQC
1112isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1102isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1123isotropic12D 1H-15N HSQC
1134isotropic13D 1H-15N NOESY
1144isotropic13D 1H-13C NOESY
1155isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
1185isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
1175isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
1165isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
1196isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
1206isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
1216isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
1226isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
1237isotropic12D 1H-15N HSQC
1247isotropic12D 1H-13C HSQC
1268isotropic12D 1H-13C CTHSQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution11.7 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] LARP6(79-183), 1.7 mM A2M5, 10 mM MES, 50 mM potassium chloride, 0.01 mg/mL DSS, 90% H2O/10% D2Osample_190% H2O/10% D2O
solution2370 uM [U-98% 13C; U-98% 15N] LARP6(79-183), 370 uM A2M5, 10 mM MES, 50 mM potassium chloride, 0.01 mg/mL DSS, 100% D2Osample_2100% D2O
solution3300 uM [U-98% 15N] LARP6(79-183), 300 uM A2M5, 10 mM MES, 50 mM potassium chloride, 0.01 mg/mL DSS, 90% H2O/10% D2Osample_390% H2O/10% D2O
solution41.1 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] LARP6(79-183), 1.1 mM A2M5, 10 mM MES, 50 mM potassium chloride, 0.01 mg/mL DSS, 90% H2O/10% D2Osample_490% H2O/10% D2O
solution51.6 mM [U-98% 15N; 1,3-13C-glycerol] LARP6(79-183), 1.6 mM A2M5, 10 mM MES, 50 mM potassium chloride, 0.01 mg/mL DSS, 100% D2Osample_5100% D2O
solution61.3 mM [U-98% 15N; 2-13C-glycerol] LARP6(79-183), 1.3 mM A2M5, 10 mM MES, 50 mM potassium chloride, 0.01 mg/mL DSS, 100% D2Osample_6100% D2O
solution71.9 mM [13C, 15N]-Arg LARP6(79-183), 1.9 mM A2M5, 10 mM MES, 50 mM potassium chloride, 0.01 mg/mL DSS, 90% H2O/10% D2Osample_790% H2O/10% D2O
solution81 mM [13C]-Pro LARP6(79-183), 1 mM A2M5, 10 mM MES, 50 mM potassium chloride, 0.01 mg/mL DSS, 90% H2O/10% D2Osample_890% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.7 mMLARP6(79-183)[U-98% 13C; U-98% 15N]1
1.7 mMA2M5natural abundance1
10 mMMESnatural abundance1
50 mMpotassium chloridenatural abundance1
0.01 mg/mLDSSnatural abundance1
370 uMLARP6(79-183)[U-98% 13C; U-98% 15N]2
370 uMA2M5natural abundance2
10 mMMESnatural abundance2
50 mMpotassium chloridenatural abundance2
0.01 mg/mLDSSnatural abundance2
300 uMLARP6(79-183)[U-98% 15N]3
300 uMA2M5natural abundance3
10 mMMESnatural abundance3
50 mMpotassium chloridenatural abundance3
0.01 mg/mLDSSnatural abundance3
1.1 mMLARP6(79-183)[U-98% 13C; U-98% 15N]4
1.1 mMA2M5natural abundance4
10 mMMESnatural abundance4
50 mMpotassium chloridenatural abundance4
0.01 mg/mLDSSnatural abundance4
1.6 mMLARP6(79-183)[U-98% 15N; 1,3-13C-glycerol]5
1.6 mMA2M5natural abundance5
10 mMMESnatural abundance5
50 mMpotassium chloridenatural abundance5
0.01 mg/mLDSSnatural abundance5
1.3 mMLARP6(79-183)[U-98% 15N; 2-13C-glycerol]6
1.3 mMA2M5natural abundance6
10 mMMESnatural abundance6
50 mMpotassium chloridenatural abundance6
0.01 mg/mLDSSnatural abundance6
1.9 mMLARP6(79-183)[13C, 15N]-Arg7
1.9 mMA2M5natural abundance7
10 mMMESnatural abundance7
50 mMpotassium chloridenatural abundance7
0.01 mg/mLDSSnatural abundance7
1 mMLARP6(79-183)[13C]-Pro8
1 mMA2M5natural abundance8
10 mMMESnatural abundance8
50 mMpotassium chloridenatural abundance8
0.01 mg/mLDSSnatural abundance8
試料状態イオン強度: 50 mM / Label: condition_1 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3.6.5Bruker Biospincollection
TopSpin4.3.0Bruker Biospin解析
NMRFAM-SPARKYNational Magnetic Resonance Facility at Madisonchemical shift assignment
NMRFAM-SPARKYNational Magnetic Resonance Facility at Madisonpeak picking
ARTINAKlukowski, P., Riek, R. and Guntert, P.peak picking
TALOS-N4.12Y. Shen and A. Baxgeometry optimization
CYANA3.98.15Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
Amber22Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, and Kollman精密化
精密化
手法ソフトェア番号詳細
torsion angle dynamics6simulated annealing
molecular dynamics7
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 400 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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