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- PDB-9nge: The ubiquitin-associated domain of human thirty-eight negative ki... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9nge
タイトルThe ubiquitin-associated domain of human thirty-eight negative kinase-1 rigidly fused to a double trigger variant of the 1TEL crystallization chaperone
要素Transcription factor ETV6,Non-receptor tyrosine-protein kinase TNK1
キーワードONCOPROTEIN / Ubiquitin associated domain / TNK1 / Human thirty-eight Negative Kinase 1 / Sterile Alpha Motif (SAM) of Human Translocation ETS Leukemia (TEL) / protein crystallization chaperone / TELSAM / ETV6 / TRANSCRIPTION / 1TEL Crystallization Chaperone
機能・相同性
機能・相同性情報


Signaling by membrane-tethered fusions of PDGFRA or PDGFRB / mesenchymal cell apoptotic process / vitellogenesis / hematopoietic stem cell proliferation / neurogenesis / Signaling by FLT3 fusion proteins / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / non-specific protein-tyrosine kinase / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific ...Signaling by membrane-tethered fusions of PDGFRA or PDGFRB / mesenchymal cell apoptotic process / vitellogenesis / hematopoietic stem cell proliferation / neurogenesis / Signaling by FLT3 fusion proteins / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / non-specific protein-tyrosine kinase / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / protein autophosphorylation / protein tyrosine kinase activity / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein phosphorylation / protein domain specific binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / SAM domain-like / SAM / Pointed domain / Pointed domain / Sterile alpha motif (SAM)/Pointed domain / Pointed (PNT) domain profile. / Ets-domain signature 2. / Ets domain / ETS family ...: / : / SAM domain-like / SAM / Pointed domain / Pointed domain / Sterile alpha motif (SAM)/Pointed domain / Pointed (PNT) domain profile. / Ets-domain signature 2. / Ets domain / ETS family / Ets-domain / Ets-domain profile. / erythroblast transformation specific domain / : / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Src homology 3 domains / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Transcription factor ETV6 / Non-receptor tyrosine-protein kinase TNK1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.02 Å
データ登録者Averett, J.C. / Bradford, M.J. / Averett, B.J. / Hansen, D. / Doukov, T. / Moody, J.D.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R15GM146209 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R35GM155011 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The ubiquitin-associated domain of human thirty-eight negative kinase-1 rigidly fused to a double trigger variant of the 1TEL crystallization chaperone
著者: Averett, J.C.
履歴
登録2025年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年3月26日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription factor ETV6,Non-receptor tyrosine-protein kinase TNK1
B: Transcription factor ETV6,Non-receptor tyrosine-protein kinase TNK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,10710
ポリマ－38,6092
非ポリマー4988
水63135
1
A: Transcription factor ETV6,Non-receptor tyrosine-protein kinase TNK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7407
ポリマ－19,3051
非ポリマー4366
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Transcription factor ETV6,Non-receptor tyrosine-protein kinase TNK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3673
ポリマ－19,3051
非ポリマー622
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)126.935, 77.487, 38.342
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.990, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-309-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Transcription factor ETV6,Non-receptor tyrosine-protein kinase TNK1 / ETS translocation variant 6 / ETS-related protein Tel1 / Tel / CD38 negative kinase 1


分子量: 19304.727 Da / 分子数: 2
変異: R80S,L96E,V112E in ETV6, and L591V,C610A,C644A in TNK1 (Uniprot numbering)
由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Fusion protein of 1TEL and the UBA domain of TNK1 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ETV6, TEL, TEL1, TNK1 / プラスミド: pET42 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): B
参照: UniProt: P41212, UniProt: Q13470, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % / 解説: Elongated plates with sharply tapered ends
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2M Ammonium citrate tribasic pH 7.0, 20% w/v Polyethylene Glycol 3350
Temp details: Room Temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年11月6日
詳細: Flat Si Rh coated M0, Kirkpatrick-Baez flat bent Si M1 and M2
放射モノクロメーター: Si111 liquid nitrogen cooled double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.02→36.67 Å / Num. obs: 21733 / % possible obs: 90.36 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 42.82 Å2 / CC1/2: 0.98 / CC star: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.1166 / Rpim(I) all: 0.05681 / Rrim(I) all: 0.1301 / Net I/σ(I): 6.31
反射 シェル解像度: 2.02→2.092 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 2.776 / Mean I/σ(I) obs: 0.69 / Num. unique obs: 1297 / CC1/2: 0.441 / CC star: 0.783 / Rpim(I) all: 1.405 / Rrim(I) all: 3.128 / % possible all: 56.03

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
autoPROCデータスケーリング
autoPROCデータ削減
PHASER位相決定
PHENIX1.20.1_4487精密化
PDB-REDO精密化
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.02→36.67 Å / SU ML: 0.2497 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.255
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2301 1053 4.98 %
Rwork0.213 20102 -
obs0.2139 21155 90.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 63.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.02→36.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2362 0 25 35 2422
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00252440
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.46883322
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0332372
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043425
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7559852
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.02-2.110.379940.36131708X-RAY DIFFRACTION62.03
2.11-2.220.33031280.27732693X-RAY DIFFRACTION97.11
2.22-2.360.25661340.24942492X-RAY DIFFRACTION89.96
2.36-2.540.29711320.25282714X-RAY DIFFRACTION96.93
2.54-2.80.24491440.232475X-RAY DIFFRACTION89.69
2.8-3.20.24081600.22522767X-RAY DIFFRACTION99.32
3.2-4.030.24411190.19422421X-RAY DIFFRACTION86.9
4.03-36.670.18471420.18872832X-RAY DIFFRACTION98.84
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.32628401725-1.164006242820.3016739899255.947285498050.6985200481017.407310674470.489495613113-0.297427764001-1.070822335930.567922926695-0.235538291267-0.7842290317510.9893485707510.853445136445-0.07414173794960.492519893017-0.00369663272006-0.0738748467690.4504790133880.03033651084210.59081233029842.3141774586-38.54711482996.41565904949
25.830208469010.879296889755-2.477247345830.739914324857-1.499566992571.358100789710.082405017005-0.29019610836-0.4374506595360.13393177246-0.151447704064-0.179520343104-0.07189058025920.06705472207950.07079015119480.38936995624-0.0449226651321-0.02545824651760.343034500309-0.002522117964350.29390285209715.0125594957-44.602248181811.0058322022
38.698849473631.42286692663-3.652531648157.19873702248-2.611479158669.080913078940.1062772277920.2804802594790.9923048738760.138784673573-0.399091271757-0.0596256064213-2.038957010740.1758707594650.2164822738030.7512271068360.0832608253223-0.1346508469160.368661072941-0.01086455983810.41572177615541.2329053468-61.257109867319.1090497876
43.35794425296-1.571489951494.0666088217.29362711764-2.303660227724.942515759810.0732215819457-0.138961884171-0.3058824955830.543712256758-0.462047847219-1.08704141420.02220116009561.787114103610.5379856410870.3499149743690.0681761677996-0.1397885491420.7737001304910.08783924140580.64537866657251.1431277136-71.186703259920.442699234
56.92644320449-4.829656679555.746166653463.37407399292-4.802605286956.31303296297-0.1861825134160.4684219405310.4434788564740.208894442428-0.280118298997-0.431400062866-0.1569007241580.5003933622820.340163569210.3435322263620.0364009395357-0.03534987334180.3595223086980.04370318245960.28730726743630.0133788803-60.38440604733.05010248336
68.5160825818-2.476375647984.811778473715.58172750233-2.199182038258.31987902479-0.2342811992990.3001623108270.362532235784-0.0221671349768-0.1109092331110.0786439034435-0.7917822728110.3445716527270.2401196608460.3478077054970.03115161820980.02364844889420.2352024737610.04490015025860.2048212865113.2265445503-49.2308991006-7.34693509578
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 13 through 75 )AA13 - 751 - 63
22chain 'A' and (resid 76 through 165 )AA76 - 16564 - 153
33chain 'B' and (resid 14 through 64 )BE14 - 641 - 51
44chain 'B' and (resid 65 through 75 )BE65 - 7552 - 62
55chain 'B' and (resid 76 through 135 )BE76 - 13563 - 122
66chain 'B' and (resid 136 through 165 )BE136 - 165123 - 152

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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