PDB-9ngd: cis-CaaD/Cg10062 chimera

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ngd

タイトル

cis-CaaD/Cg10062 chimera

要素

Cis-3-chloroacrylic acid dehalogenase,4-oxalocrotonate tautomerase

キーワード

HYDROLASE / Tautomerase / cis-CaaD / acetylenecaarboxylic acid

機能・相同性

Tautomerase, cis-CaaD-like / Putative oxalocrotonate tautomerase enzyme / Tautomerase/MIF superfamily / 4-oxalocrotonate tautomerase / Cis-3-chloroacrylic acid dehalogenase

機能・相同性情報

生物種

coryneform bacterium (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Silva, K. / Geiger, J.H. / Draths, K.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: cis-CaaD/Cg10062 chimera
著者: Silva, K. / Geiger, J.H. / Draths, K.

履歴

登録	2025年2月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年4月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ngd.cif.gz	41.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ngd.ent.gz	25 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ngd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9ngd_validation.pdf.gz	425.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9ngd_full_validation.pdf.gz	427.3 KB	表示
XML形式データ	9ngd_validation.xml.gz	7.9 KB	表示
CIF形式データ	9ngd_validation.cif.gz	9.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ng/9ngd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ng/9ngd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cis-3-chloroacrylic acid dehalogenase,4-oxalocrotonate tautomerase

ヘテロ分子

18.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cis-3-chloroacrylic acid dehalogenase,4-oxalocrotonate tautomerase

ヘテロ分子

A: Cis-3-chloroacrylic acid dehalogenase,4-oxalocrotonate tautomerase

ヘテロ分子

A: Cis-3-chloroacrylic acid dehalogenase,4-oxalocrotonate tautomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
55.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.828, 59.828, 57.111
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃
Space group name Hall	P6c
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/2 #3: y,-x+y,z+1/2 #4: -y,x-y,z #5: -x+y,-x,z #6: -x,-y,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-309- HOH

#1: タンパク質	Cis-3-chloroacrylic acid dehalogenase,4-oxalocrotonate tautomerase 分子量: 18495.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) coryneform bacterium (バクテリア) 遺伝子: cis-caaD, AUP69_07050, AUP70_06515 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6VPE5, UniProt: A0A0S2T163
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 1.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 22.9 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M lithium chloride 20% w/v PEG 3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 2758 / % possible obs: 83.3 % / 冗長度: 4.9 % / B_iso Wilson estimate: 34.75 Å² / R_pim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 12.27
反射シェル	解像度: 2.7→2.75 Å / Num. unique obs: 160 / R_pim(I) all: 0.143

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21.2_5419	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.7→38.37 Å / SU ML: 0.3646 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 39.2263
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3361	482	10.17 %
R_work	0.2394	4256	-
obs	0.2492	2751	74.25 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.73 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→38.37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	959	0	1	10	970

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0089	981
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1893	1326
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0563	141
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0101	176
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.8783	355

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7-3.08	0.3105	192	0.2871	1657	X-RAY DIFFRACTION	86.85
3.08-3.87	0.3442	190	0.2211	1637	X-RAY DIFFRACTION	86.71
3.88-38.37	0.345	100	0.2275	962	X-RAY DIFFRACTION	49.51

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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