PDB-9ng8: cis-CaaD T34A mutant apo

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ng8

タイトル

cis-CaaD T34A mutant apo

要素

Cis-3-chloroacrylic acid dehalogenase

キーワード

HYDROLASE / Tautomerase / cis-CaaD

機能・相同性

Tautomerase, cis-CaaD-like / Putative oxalocrotonate tautomerase enzyme / Tautomerase/MIF superfamily / Cis-3-chloroacrylic acid dehalogenase

機能・相同性情報

生物種

coryneform bacterium (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.51 Å

データ登録者

Silva, K. / Geiger, J.H. / Draths, K.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: cis-CaaD T34A mutant apo
著者: Silva, K. / Geiger, J.H. / Draths, K.

履歴

登録	2025年2月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年4月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ng8.cif.gz	107 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ng8.ent.gz	74.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ng8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9ng8_validation.pdf.gz	456.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9ng8_full_validation.pdf.gz	463 KB	表示
XML形式データ	9ng8_validation.xml.gz	20.8 KB	表示
CIF形式データ	9ng8_validation.cif.gz	26.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ng/9ng8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ng/9ng8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cis-3-chloroacrylic acid dehalogenase

B: Cis-3-chloroacrylic acid dehalogenase

C: Cis-3-chloroacrylic acid dehalogenase

ヘテロ分子

56.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.749, 100.399, 145.774
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-310- HOH

#1: タンパク質	Cis-3-chloroacrylic acid dehalogenase 分子量: 18668.754 Da / 分子数: 3 / 変異: T34A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) coryneform bacterium (バクテリア) 遺伝子: cis-caaD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6VPE5
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.18 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M ammonium sulfate 20% w/v PEG 3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.13 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.13 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 15048 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 4.7 % / B_iso Wilson estimate: 37.24 Å² / R_pim(I) all: 0.156 / Net I/σ(I): 5.4
反射シェル	解像度: 2.5→2.54 Å / Num. unique obs: 723 / R_pim(I) all: 0.586

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21.2_5419	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.51→35.29 Å / SU ML: 0.4066 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.0529
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2835	1360	10.09 %
R_work	0.2014	12117	-
obs	0.2096	13477	87.29 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.51→35.29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3427	0	15	59	3501

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3523
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9647	4771
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0493	494
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0077	640
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.8699	1262

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.51-2.6	0.4433	84	0.3082	688	X-RAY DIFFRACTION	50.86
2.6-2.7	0.3406	95	0.2669	866	X-RAY DIFFRACTION	63.1
2.7-2.82	0.3509	132	0.2602	1203	X-RAY DIFFRACTION	88.35
2.82-2.97	0.3348	141	0.2252	1271	X-RAY DIFFRACTION	92.47
2.97-3.16	0.3102	146	0.2351	1325	X-RAY DIFFRACTION	96.33
3.16-3.4	0.3097	145	0.2309	1300	X-RAY DIFFRACTION	93.95
3.4-3.74	0.2981	153	0.1845	1299	X-RAY DIFFRACTION	94.35
3.74-4.28	0.2343	153	0.1595	1347	X-RAY DIFFRACTION	96.84
4.29-5.4	0.2104	152	0.17	1384	X-RAY DIFFRACTION	97.65
5.4-35.29	0.2833	159	0.1964	1434	X-RAY DIFFRACTION	97.55

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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