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万見
- PDB-9nfi: Tuna P-glycoprotein Apo Conformation 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9nfi
タイトルTuna P-glycoprotein Apo Conformation 1
要素Permeability Glycoprotein (P-gp)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ABC Transporter / Membrane protein / Structural Genomics / PSI-Biology / Center for Structures of Membrane Proteins / CSMP
生物種Thunnus albacares (キハダ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.79 Å
データ登録者Young, M.A. / Rees, S.D. / Nicklisch, S.C.T. / Stowell, M. / Hamdoun, A. / Chang, G. / Center for Structures of Membrane Proteins (CSMP)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)ES027921 米国
引用ジャーナル: Environ Sci Technol / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM Structures of Apo and DDT-Bound P-Glycoprotein in Yellowfin Tuna.
著者: Megan A Young / Steven D Rees / Sascha C T Nicklisch / Michael H B Stowell / Amro Hamdoun / Geoffrey Chang /
要旨: Persistent pollutants in the ocean impact the safety of seafood. Many emerging and legacy persistent organic pollutants (POPs) have been disposed into the world's oceans, exemplified by the recent ...Persistent pollutants in the ocean impact the safety of seafood. Many emerging and legacy persistent organic pollutants (POPs) have been disposed into the world's oceans, exemplified by the recent discovery of large amounts of the halogenated pesticide dichlorodiphenyltrichloroethane (DDT) waste in the waters of Southern California. The biological mechanisms governing persistence and trophic transfer of marine pollutants into seafood species remain incompletely understood. Xenobiotic transporters, such as P-glycoprotein (P-gp), are present in all organisms and prevent the accumulation of toxic chemicals. Our previous work has demonstrated that halogenated marine pollutants can act as inhibitors of human and murine P-gp transporters by interacting with their binding site and impeding transport. Using cryo-EM, we determined the molecular interactions of DDT with P-glycoprotein from yellowfin tuna (). The results reveal that the conformation of the transporter samples multiple degrees of widening in the absence of substrate. We also show that DDT binds in a singular, wide inward-facing conformation that could inhibit the transport cycle. This transporter inhibition may contribute to the bioaccumulation of DDT in tuna. This study highlights the capacity of persistent organic pollutants to act at multiple points in the food chain to inhibit this critical transport mechanism.
履歴
登録2025年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年6月4日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Permeability Glycoprotein (P-gp)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,6811
ポリマ－144,6811
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Permeability Glycoprotein (P-gp)


分子量: 144680.500 Da / 分子数: 1 / 変異: N101Q, N104Q, N109Q, and N116Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thunnus albacares (キハダ) / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類)
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: 2D ARRAY / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: ABC transporter from yellowfin tuna / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 1.43 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Thunnus albacares (キハダ)
由来(組換発現)生物種: Komagataella pastoris (菌類)
緩衝液pH: 8
詳細: 50 mM HEPES pH 8, 150 mM NaCl, 0.02% LMNG, 1mM MgCl2
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMHEPES1
2150 mMSodium chlorideNaCl1
31 mMMagnesium chlorideMgCl21
40.02 %LMNG1
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Vitrified, monodisperse sample of transporter proteins in detergent micelles
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: SPT Labtech self-wicking R1.2/0.8
急速凍結装置: SPT LABTECH CHAMELEON / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K
詳細: The grids were glow discharged for 80sec at 12mA, with a relative humidity of 82% and temperature 21.5oC maintained throughout preparation. Samples of purified protein were concentrated to ...詳細: The grids were glow discharged for 80sec at 12mA, with a relative humidity of 82% and temperature 21.5oC maintained throughout preparation. Samples of purified protein were concentrated to 1mg/mL and ultracentrifuged in a Beckmann Optima Ultracentrifuge for 15 minutes prior to grid preparation. The sample was applied via 2-S application mode by the Chameleon, allowed to wick for 530ms via the grid nanowires, and subsequently plunged into liquid ethane maintained at -180oC.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 55 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARCv4.5.3粒子像選択
2cryoSPARCv4.5.3画像取得
4cryoSPARCv4.5.3CTF補正
7PHENIX1.21.1_5286モデルフィッティング
13PHENIX1.21.1_5286モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 4800000
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.79 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 98100 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 131 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築詳細: The initial model was predicted using AlphaFold 2 software.
Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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