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- PDB-9nev: Acanthamoeba Polyphaga Mimivirus L230 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9nev
タイトルAcanthamoeba Polyphaga Mimivirus L230
要素Procollagen lysyl hydroxylase and glycosyltransferase
キーワードVIRAL PROTEIN / L230
機能・相同性
機能・相同性情報


procollagen-lysine 5-dioxygenase / procollagen-lysine 5-dioxygenase activity / procollagen galactosyltransferase activity / L-ascorbic acid binding / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycosyl transferase, family 25 / Glycosyltransferase family 25 (LPS biosynthesis protein) / : / Prolyl 4-hydroxylase, alpha subunit / Prolyl 4-hydroxylase alpha subunit homologues. / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile. / Nucleotide-diphospho-sugar transferases
類似検索 - ドメイン・相同性
Procollagen lysyl hydroxylase and glycosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Acanthamoeba polyphaga mimivirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Chen, T. / Buhlheller, C. / Guo, H.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R00CA225633 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R37CA278989 米国
American Cancer SocietyRSG-24-1156098-01-MM 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / : 2025
タイトル: Structure of an Fe 2+ -binding-deficient mimiviral collagen lysyl hydroxylase.
著者: Chen, T. / Buhlheller, C. / Guo, H.
履歴
登録2025年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年6月4日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Procollagen lysyl hydroxylase and glycosyltransferase
B: Procollagen lysyl hydroxylase and glycosyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,5582
ポリマ-54,5582
非ポリマー00
2,612145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1800 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area18370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.610, 109.610, 84.954
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 682 - 895 / Label seq-ID: 22 - 235

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

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要素

#1: タンパク質 Procollagen lysyl hydroxylase and glycosyltransferase / LHGT / Lysyl hydroxylase / Procollagen-lysine / 2-oxoglutarate 5-dioxygenase


分子量: 27278.756 Da / 分子数: 2 / 変異: H825A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acanthamoeba polyphaga mimivirus (ウイルス)
遺伝子: MIMI_L230 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q5UQC3, procollagen-lysine 5-dioxygenase, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Protein/cofactor mix: 15mg/ml L230, 500uM FeCl2 Mother Liquor: 0.04 M potassium dihydrogen phosphate, 16 % w/v PEG 8000, 20 % v/v Glycerol The ratio of mix and mother liquor was at 1:1.

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→49.02 Å / Num. obs: 23603 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 25.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 27.1 % / Rmerge(I) obs: 1.002 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique obs: 2273 / CC1/2: 0.936 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DIALS3.8.0データ収集
xia23.8.0データ削減
Aimless0.7.8データスケーリング
PHENIX1.20.1位相決定
PHASER2.8.3位相決定
Coot0.9.8.93モデル構築
REFMAC5.8.0425精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→49.015 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 6.609 / SU ML: 0.159 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.306 / ESU R Free: 0.231 / 詳細: Hydrogens have not been used
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2509 1210 5.139 %
Rwork0.2047 22336 -
all0.207 --
obs-23546 99.877 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 33.423 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.116 Å20 Å20 Å2
2---0.116 Å20 Å2
3---0.232 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→49.015 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3298 0 0 145 3443
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0123416
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4841.844641
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3545397
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg6.809512
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.85210568
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg13.62310174
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.2491
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022664
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1870.21275
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.22313
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1220.2132
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1220.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1480.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.7483.1031582
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.2175.5611972
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.0643.4551834
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.1946.1292666
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it7.70731.7934967
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.0950.056460
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.09540.05009
12AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.09540.05009
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.3-2.360.373810.26416160.26917000.9060.95799.82350.228
2.36-2.4240.316940.23615860.2416810.9430.96599.94050.206
2.424-2.4940.384690.23915330.24516040.9190.96499.87530.207
2.494-2.5710.293780.25114970.25315770.9470.96499.87320.214
2.571-2.6550.271780.23814410.2415210.9620.96699.86850.203
2.655-2.7480.266730.2214010.22214740.9580.9711000.19
2.748-2.8510.238860.21513540.21714400.9590.9721000.189
2.851-2.9670.262820.21812900.22113720.950.9711000.189
2.967-3.0990.231760.20212490.20413260.9630.97499.92460.181
3.099-3.2490.242490.21712280.21812780.9580.97199.92180.199
3.249-3.4240.258640.22111530.22312170.9650.9731000.209
3.424-3.6310.243730.20110680.20411410.9660.9781000.193
3.631-3.880.252550.20610470.20911030.9570.97899.90930.2
3.88-4.1880.292400.1839780.18710180.9520.9821000.179
4.188-4.5850.177460.1528930.1539390.9840.9871000.15
4.585-5.120.198390.1368250.1398640.9780.9891000.138
5.12-5.9020.226470.1837220.1857700.9710.98399.87010.183
5.902-7.2020.234270.2356390.2356670.9660.97399.85010.231
7.202-10.0770.211370.2024930.2035300.9780.981000.21
10.077-49.0150.292160.2323220.2343380.8980.9541000.257

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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