温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: Protein/cofactor mix: 15mg/ml L230, 500uM FeCl2 Mother Liquor: 0.04 M potassium dihydrogen phosphate, 16 % w/v PEG 8000, 20 % v/v Glycerol The ratio of mix and mother liquor was at 1:1.
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 1 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 2.3→49.02 Å / Num. obs: 23603 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 25.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル
解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 27.1 % / Rmerge(I) obs: 1.002 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique obs: 2273 / CC1/2: 0.936 / % possible all: 100
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
DIALS
3.8.0
データ収集
xia2
3.8.0
データ削減
Aimless
0.7.8
データスケーリング
PHENIX
1.20.1
位相決定
PHASER
2.8.3
位相決定
Coot
0.9.8.93
モデル構築
REFMAC
5.8.0425
精密化
精密化
構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→49.015 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 6.609 / SU ML: 0.159 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.306 / ESU R Free: 0.231 / 詳細: Hydrogens have not been used
Rfactor
反射数
%反射
Rfree
0.2509
1210
5.139 %
Rwork
0.2047
22336
-
all
0.207
-
-
obs
-
23546
99.877 %
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータ
Biso mean: 33.423 Å2
Baniso -1
Baniso -2
Baniso -3
1-
-0.116 Å2
0 Å2
0 Å2
2-
-
-0.116 Å2
0 Å2
3-
-
-
0.232 Å2
精密化ステップ
サイクル: LAST / 解像度: 2.3→49.015 Å
タンパク質
核酸
リガンド
溶媒
全体
原子数
3298
0
0
145
3443
拘束条件
Refine-ID
タイプ
Dev ideal
Dev ideal target
数
X-RAY DIFFRACTION
r_bond_refined_d
0.006
0.012
3416
X-RAY DIFFRACTION
r_angle_refined_deg
1.484
1.84
4641
X-RAY DIFFRACTION
r_dihedral_angle_1_deg
7.354
5
397
X-RAY DIFFRACTION
r_dihedral_angle_2_deg
6.809
5
12
X-RAY DIFFRACTION
r_dihedral_angle_3_deg
12.852
10
568
X-RAY DIFFRACTION
r_dihedral_angle_6_deg
13.623
10
174
X-RAY DIFFRACTION
r_chiral_restr
0.112
0.2
491
X-RAY DIFFRACTION
r_gen_planes_refined
0.006
0.02
2664
X-RAY DIFFRACTION
r_nbd_refined
0.187
0.2
1275
X-RAY DIFFRACTION
r_nbtor_refined
0.305
0.2
2313
X-RAY DIFFRACTION
r_xyhbond_nbd_refined
0.122
0.2
132
X-RAY DIFFRACTION
r_symmetry_nbd_refined
0.122
0.2
31
X-RAY DIFFRACTION
r_symmetry_xyhbond_nbd_refined
0.148
0.2
8
X-RAY DIFFRACTION
r_mcbond_it
2.748
3.103
1582
X-RAY DIFFRACTION
r_mcangle_it
4.217
5.561
1972
X-RAY DIFFRACTION
r_scbond_it
4.064
3.455
1834
X-RAY DIFFRACTION
r_scangle_it
6.194
6.129
2666
X-RAY DIFFRACTION
r_lrange_it
7.707
31.793
4967
X-RAY DIFFRACTION
r_ncsr_local_group_1
0.095
0.05
6460
Refine LS restraints NCS
Ens-ID
Dom-ID
Auth asym-ID
Refine-ID
タイプ
Rms dev position (Å)
Weight position
1
1
A
X-RAY DIFFRACTION
Localncs
0.0954
0.05009
1
2
A
X-RAY DIFFRACTION
Localncs
0.0954
0.05009
LS精密化 シェル
Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20