PDB-9nev: Acanthamoeba Polyphaga Mimivirus L230

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9nev

タイトル

Acanthamoeba Polyphaga Mimivirus L230

要素

Procollagen lysyl hydroxylase and glycosyltransferase

キーワード

VIRAL PROTEIN / L230

機能・相同性

機能・相同性情報

procollagen-lysine 5-dioxygenase / procollagen-lysine 5-dioxygenase activity / procollagen galactosyltransferase activity / L-ascorbic acid binding / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / iron ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Acanthamoeba polyphaga mimivirus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Chen, T. / Buhlheller, C. / Guo, H.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	R00CA225633	米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	R37CA278989	米国
American Cancer Society	RSG-24-1156098-01-MM	米国

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2025
タイトル: Structure of an Fe 2+ -binding-deficient mimiviral collagen lysyl hydroxylase.
著者: Chen, T. / Buhlheller, C. / Guo, H.

履歴

登録	2025年2月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年6月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9nev.cif.gz	103 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9nev.ent.gz	74.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9nev.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9nev_validation.pdf.gz	432.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9nev_full_validation.pdf.gz	433.1 KB	表示
XML形式データ	9nev_validation.xml.gz	19.2 KB	表示
CIF形式データ	9nev_validation.cif.gz	25.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/9nev ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/9nev	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (4) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Procollagen lysyl hydroxylase and glycosyltransferase

B: Procollagen lysyl hydroxylase and glycosyltransferase

54.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.610, 109.610, 84.954
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 682 - 895 / Label seq-ID: 22 - 235

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Procollagen lysyl hydroxylase and glycosyltransferase / LHGT / Lysyl hydroxylase / Procollagen-lysine / 2-oxoglutarate 5-dioxygenase 分子量: 27278.756 Da / 分子数: 2 / 変異: H825A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acanthamoeba polyphaga mimivirus (ウイルス) 遺伝子: MIMI_L230 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q5UQC3, procollagen-lysine 5-dioxygenase, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.4 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Protein/cofactor mix: 15mg/ml L230, 500uM FeCl2 Mother Liquor: 0.04 M potassium dihydrogen phosphate, 16 % w/v PEG 8000, 20 % v/v Glycerol The ratio of mix and mother liquor was at 1:1.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→49.02 Å / Num. obs: 23603 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 25.7 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 15.7
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 27.1 % / R_merge(I) obs: 1.002 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique obs: 2273 / CC_1/2: 0.936 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DIALS	3.8.0	データ収集
xia2	3.8.0	データ削減
Aimless	0.7.8	データスケーリング
PHENIX	1.20.1	位相決定
PHASER	2.8.3	位相決定
Coot	0.9.8.93	モデル構築
REFMAC	5.8.0425	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→49.015 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.906 / SU B: 6.609 / SU ML: 0.159 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.306 / ESU R Free: 0.231 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2509	1210	5.139 %
R_work	0.2047	22336	-
all	0.207	-	-
obs	-	23546	99.877 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.423 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.116 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.116 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.232 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→49.015 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3298	0	0	145	3443

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.012	3416
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.484	1.84	4641
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.354	5	397
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.809	5	12
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.852	10	568
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.623	10	174
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.112	0.2	491
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2664
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.187	0.2	1275
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.305	0.2	2313
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.122	0.2	132
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.122	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.148	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.748	3.103	1582
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.217	5.561	1972
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.064	3.455	1834
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.194	6.129	2666
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.707	31.793	4967
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.095	0.05	6460

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0954	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0954	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.3-2.36	0.373	81	0.264	1616	0.269	1700	0.906	0.957	99.8235	0.228
2.36-2.424	0.316	94	0.236	1586	0.24	1681	0.943	0.965	99.9405	0.206
2.424-2.494	0.384	69	0.239	1533	0.245	1604	0.919	0.964	99.8753	0.207
2.494-2.571	0.293	78	0.251	1497	0.253	1577	0.947	0.964	99.8732	0.214
2.571-2.655	0.271	78	0.238	1441	0.24	1521	0.962	0.966	99.8685	0.203
2.655-2.748	0.266	73	0.22	1401	0.222	1474	0.958	0.971	100	0.19
2.748-2.851	0.238	86	0.215	1354	0.217	1440	0.959	0.972	100	0.189
2.851-2.967	0.262	82	0.218	1290	0.221	1372	0.95	0.971	100	0.189
2.967-3.099	0.231	76	0.202	1249	0.204	1326	0.963	0.974	99.9246	0.181
3.099-3.249	0.242	49	0.217	1228	0.218	1278	0.958	0.971	99.9218	0.199
3.249-3.424	0.258	64	0.221	1153	0.223	1217	0.965	0.973	100	0.209
3.424-3.631	0.243	73	0.201	1068	0.204	1141	0.966	0.978	100	0.193
3.631-3.88	0.252	55	0.206	1047	0.209	1103	0.957	0.978	99.9093	0.2
3.88-4.188	0.292	40	0.183	978	0.187	1018	0.952	0.982	100	0.179
4.188-4.585	0.177	46	0.152	893	0.153	939	0.984	0.987	100	0.15
4.585-5.12	0.198	39	0.136	825	0.139	864	0.978	0.989	100	0.138
5.12-5.902	0.226	47	0.183	722	0.185	770	0.971	0.983	99.8701	0.183
5.902-7.202	0.234	27	0.235	639	0.235	667	0.966	0.973	99.8501	0.231
7.202-10.077	0.211	37	0.202	493	0.203	530	0.978	0.98	100	0.21
10.077-49.015	0.292	16	0.232	322	0.234	338	0.898	0.954	100	0.257

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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