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- PDB-9ncu: NitrOFF1 "OFF" State -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ncu
タイトルNitrOFF1 "OFF" State
要素Engineered fluorescent biosensor NitrOFF1 in the "OFF" State
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / Fluorescent Switch
機能・相同性NITRATE ION
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.17 Å
データ登録者Smailys, J. / Zhang, Y.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM128923 米国
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2025
タイトル: NitrOFF: An Engineered Fluorescent Biosensor to Illuminate Nitrate Transport in Living Cells.
著者: Cook, M.A. / Smailys, J.D. / Ji, K. / Phelps, S.M. / Tutol, J.N. / Kim, W. / Ong, W.S.Y. / Peng, W. / Maydew, C. / Zhang, Y.J. / Dodani, S.C.
履歴
登録2025年2月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年10月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Engineered fluorescent biosensor NitrOFF1 in the "OFF" State
B: Engineered fluorescent biosensor NitrOFF1 in the "OFF" State
C: Engineered fluorescent biosensor NitrOFF1 in the "OFF" State
D: Engineered fluorescent biosensor NitrOFF1 in the "OFF" State
E: Engineered fluorescent biosensor NitrOFF1 in the "OFF" State
F: Engineered fluorescent biosensor NitrOFF1 in the "OFF" State
G: Engineered fluorescent biosensor NitrOFF1 in the "OFF" State
H: Engineered fluorescent biosensor NitrOFF1 in the "OFF" State
I: Engineered fluorescent biosensor NitrOFF1 in the "OFF" State
J: Engineered fluorescent biosensor NitrOFF1 in the "OFF" State
K: Engineered fluorescent biosensor NitrOFF1 in the "OFF" State
L: Engineered fluorescent biosensor NitrOFF1 in the "OFF" State
M: Engineered fluorescent biosensor NitrOFF1 in the "OFF" State
N: Engineered fluorescent biosensor NitrOFF1 in the "OFF" State
O: Engineered fluorescent biosensor NitrOFF1 in the "OFF" State
P: Engineered fluorescent biosensor NitrOFF1 in the "OFF" State
Q: Engineered fluorescent biosensor NitrOFF1 in the "OFF" State
R: Engineered fluorescent biosensor NitrOFF1 in the "OFF" State
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)774,58894
ポリマ－767,90018
非ポリマー6,68876
水00
1
A: Engineered fluorescent biosensor NitrOFF1 in the "OFF" State
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1076
ポリマ－42,6611
非ポリマー4465
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Engineered fluorescent biosensor NitrOFF1 in the "OFF" State
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0115
ポリマ－42,6611
非ポリマー3504
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Engineered fluorescent biosensor NitrOFF1 in the "OFF" State
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0115
ポリマ－42,6611
非ポリマー3504
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Engineered fluorescent biosensor NitrOFF1 in the "OFF" State
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0115
ポリマ－42,6611
非ポリマー3504
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Engineered fluorescent biosensor NitrOFF1 in the "OFF" State
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1076
ポリマ－42,6611
非ポリマー4465
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Engineered fluorescent biosensor NitrOFF1 in the "OFF" State
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0115
ポリマ－42,6611
非ポリマー3504
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Engineered fluorescent biosensor NitrOFF1 in the "OFF" State
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0115
ポリマ－42,6611
非ポリマー3504
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Engineered fluorescent biosensor NitrOFF1 in the "OFF" State
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0115
ポリマ－42,6611
非ポリマー3504
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
I: Engineered fluorescent biosensor NitrOFF1 in the "OFF" State
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1076
ポリマ－42,6611
非ポリマー4465
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
10
J: Engineered fluorescent biosensor NitrOFF1 in the "OFF" State
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0115
ポリマ－42,6611
非ポリマー3504
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
11
K: Engineered fluorescent biosensor NitrOFF1 in the "OFF" State
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0115
ポリマ－42,6611
非ポリマー3504
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
12
L: Engineered fluorescent biosensor NitrOFF1 in the "OFF" State
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1076
ポリマ－42,6611
非ポリマー4465
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
13
M: Engineered fluorescent biosensor NitrOFF1 in the "OFF" State
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0115
ポリマ－42,6611
非ポリマー3504
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
14
N: Engineered fluorescent biosensor NitrOFF1 in the "OFF" State
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2037
ポリマ－42,6611
非ポリマー5426
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
15
O: Engineered fluorescent biosensor NitrOFF1 in the "OFF" State
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9154
ポリマ－42,6611
非ポリマー2543
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
16
P: Engineered fluorescent biosensor NitrOFF1 in the "OFF" State
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9154
ポリマ－42,6611
非ポリマー2543
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
17
Q: Engineered fluorescent biosensor NitrOFF1 in the "OFF" State
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9154
ポリマ－42,6611
非ポリマー2543
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
18
R: Engineered fluorescent biosensor NitrOFF1 in the "OFF" State
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1076
ポリマ－42,6611
非ポリマー4465
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)275.598, 275.598, 438.756
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

-
要素

#1: タンパク質
Engineered fluorescent biosensor NitrOFF1 in the "OFF" State


分子量: 42661.125 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物
ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#3: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.5 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.4 / 詳細: 1 M Ammonium Sulfate, 0.1M Sodium Acetate (pH 5.4)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X CdTe 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年1月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.17→50 Å / Num. obs: 401073 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 1.8 % / CC1/2: 0.935 / Rmerge(I) obs: 0.17 / Rpim(I) all: 0.102 / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル解像度: 3.17→3.22 Å / Rmerge(I) obs: 0.55 / Num. unique obs: 20272 / CC1/2: 0.686 / Rpim(I) all: 0.275

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.18.2_3874: ???)精密化
xia2データスケーリング
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.17→49.83 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 26.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2722 2008 0.96 %
Rwork0.2279 --
obs0.2284 209452 99.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.17→49.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数54144 0 362 0 54506
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00655564
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.25275210
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.9987650
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0668190
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0099810
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.17-3.250.36731430.276914524X-RAY DIFFRACTION97
3.25-3.340.27891420.255814896X-RAY DIFFRACTION100
3.34-3.430.30851410.246314923X-RAY DIFFRACTION100
3.43-3.540.27821470.236114922X-RAY DIFFRACTION100
3.54-3.670.29681430.245214868X-RAY DIFFRACTION100
3.67-3.820.28421380.239414851X-RAY DIFFRACTION100
3.82-3.990.28531460.22614754X-RAY DIFFRACTION99
3.99-4.20.26831430.216314765X-RAY DIFFRACTION99
4.2-4.470.24441450.20914809X-RAY DIFFRACTION99
4.47-4.810.25921440.208814853X-RAY DIFFRACTION99
4.81-5.290.24621440.21614849X-RAY DIFFRACTION99
5.29-6.060.26741450.228914698X-RAY DIFFRACTION99
6.06-7.630.27341420.234314858X-RAY DIFFRACTION99
7.63-49.830.24741450.214214874X-RAY DIFFRACTION100

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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