PDB-9nbc: RNA scaffold attached to 8-oxoguanine riboswitch aptamer

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9nbc

タイトル

RNA scaffold attached to 8-oxoguanine riboswitch aptamer

要素

RNA (63-MER)

キーワード

RNA / viral RNA / scaffold / engineering

機能・相同性

8-OXOGUANINE / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.87 Å

データ登録者

Jones, C.P. / Ferre-D'Amare, A.R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Symmetric scaffolds enable de novo modelling of RNA by cryoEM
著者: Jones, C.P. / Ferre-D'Amare, A.R.

履歴

登録	2025年2月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2026年3月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年3月4日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年3月4日	Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年3月4日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年3月4日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年3月4日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年3月4日	Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年3月4日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9nbc.cif.gz	42.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9nbc.ent.gz	27.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9nbc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nb/9nbc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nb/9nbc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	49226MC 49180C 49181C 49197C 49199C 49200C 49202C 49229C 49272C 49278C 49279C 49280C 49309C 49310C 49332C 49334C 9na1C 9na7C 9nakC 9namC 9napC 9nasC 9nbhC 9nddC 9ndvC 9ndwC 9ndxC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#121 - 2010年1月
70Sリボソーム (70S Ribosomes)
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#130 - 2010年10月
リボスイッチ (Riboswitches)
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アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
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転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA)
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#253 - 2021年1月
エクスプレソーム (Expressome)
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#181 - 2015年1月
カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR)
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#229 - 2019年1月
蛍光RNAアプタマー (Fluorescent RNA Aptamers)
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アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
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PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
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#65 - 2005年5月
自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA)
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#105 - 2008年9月
リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
類似性 (1)
#98 - 2008年2月
低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
類似性 (1)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (2)
#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (2)
#266 - 2022年2月
オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
類似性 (2)
#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (1)
#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: RNA (63-MER)

ヘテロ分子

51.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: RNA鎖	RNA (63-MER) 分子量: 51445.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-OXG / 8-OXOGUANINE 分子量: 165.110 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₃N₅O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: Scaffold RNA attached to 8-oxoguanine aptamer bound to 8-oxoguanine タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: unidentified (未定義)
由来(組換発現)	生物種: in vitro transcription vector pT7-TP(deltai) (その他)
緩衝液	pH: 7.4
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: RNA scaffold attached to 8-oxoguanine riboswitch aptamer
急速凍結	装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影	電子線照射量: 60 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158 / カテゴリ: モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

3次元再構成

解像度: 2.87 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 910461 / 対称性のタイプ: POINT

精密化

最高解像度: 2.87 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.009	1498
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	1.32	2330
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	20.836	752
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.058	315
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.007	63

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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