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- PDB-9naa: Unusual structure of a bacteriophytochrome fragment derived from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9naa
タイトルUnusual structure of a bacteriophytochrome fragment derived from full length SaBphP2
要素histidine kinase
キーワードSIGNALING PROTEIN / phytochrome / myxobacteria / biliverdin
機能・相同性
機能・相同性情報


osmosensory signaling via phosphorelay pathway / detection of visible light / phosphorelay response regulator activity / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / protein kinase activator activity / photoreceptor activity / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
: / Phytochrome / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain ...: / Phytochrome / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / PAS domain superfamily / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EL5 / histidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Stigmatella aurantiaca (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Schmidt, M. / Prabin, K.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)1231306 米国
National Science Foundation (NSF, United States)2423601 米国
引用ジャーナル: Struct Dyn. / 年: 2025
タイトル: Structures of myxobacterial phytochrome revealed by cryo-EM using the Spotiton technique and with x-ray crystallography.
著者: Karki, P. / Menendez, D. / Budell, W. / Dangi, S. / Hernandez, C. / Mendez, J. / Muniyappan, S. / Basu, S. / Schwander, P. / Malla, T.N. / Stojkovic, E.A. / Schmidt, M.
履歴
登録2025年2月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年5月14日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: histidine kinase
B: histidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,1164
ポリマ－64,9472
非ポリマー1,1692
水6,918384
1
A: histidine kinase
B: histidine kinase
ヘテロ分子

A: histidine kinase
B: histidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,2338
ポリマ－129,8944
非ポリマー2,3394
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation3_555-x,y+1/2,-z+1/21
Buried area1360 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area23710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.760, 101.140, 103.440
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 9 through 115 or resid 137 through 306 or resid 401))
d_2ens_1chain "B"

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ASPASPPROPROAA9 - 1151 - 107
d_12GLYGLYARGARGAA137 - 306129 - 298
d_13BLABLABLABLAAC401
d_21ASPASPARGARGBB9 - 3061 - 298
d_22BLABLABLABLABD401

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.999936129899, -0.0108053239384, -0.00331377371132), (0.0108079738086, -0.999941285747, -0.000782790429716), (-0.0033051208414, -0.000818555612292, 0.999994203055) ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.999936129899, -0.0108053239384, -0.00331377371132), (0.0108079738086, -0.999941285747, -0.000782790429716), (-0.0033051208414, -0.000818555612292, 0.999994203055)
ベクター: 0.494708773602, -8.80977555242, 0.0160725688642)

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要素

#1: タンパク質 histidine kinase


分子量: 32473.533 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Stigmatella aurantiaca (バクテリア)
遺伝子: STIAU_8420 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q09E27, histidine kinase
#2: 化合物 ChemComp-EL5 / 3-[(2Z)-2-({3-(2-carboxyethyl)-5-[(E)-(4-ethenyl-3-methyl-5-oxo-1,5-dihydro-2H-pyrrol-2-ylidene)methyl]-4-methyl-1H-pyrrol-2-yl}methylidene)-5-{(Z)-[(3E,4S)-3-ethylidene-4-methyl-5-oxopyrrolidin-2-ylidene]methyl}-4-methyl-2H-pyrrol-3-yl]propanoic acid / biliverdin, bound form at Pfr state


分子量: 584.662 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H36N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 384 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / 詳細: 0.1 M TAPS, 0.1 M Mg(NO3)2, 24% PEG 20000, pH 9

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年8月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→38.87 Å / Num. obs: 35675 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 39.7 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル解像度: 2.1→2.13 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 1.11 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 2963 / CC1/2: 0.62 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21_5207精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→38.87 Å / SU ML: 0.2808 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 35.6083
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2602 3343 5.09 %
Rwork0.2273 62286 -
obs0.229 35585 91.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 52.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→38.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4254 0 86 384 4724
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00814436
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.13566053
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0526687
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0097790
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.11231647
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.985212528032 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.130.46621400.40992632X-RAY DIFFRACTION93.24
2.13-2.160.44911160.38932710X-RAY DIFFRACTION94.26
2.16-2.20.39231730.3752635X-RAY DIFFRACTION93.57
2.2-2.230.33441440.35092637X-RAY DIFFRACTION93.83
2.23-2.270.38491530.34582652X-RAY DIFFRACTION92.76
2.27-2.310.33461210.33182680X-RAY DIFFRACTION93.27
2.31-2.360.36381530.31732634X-RAY DIFFRACTION92.71
2.36-2.40.30971380.30072635X-RAY DIFFRACTION92.9
2.4-2.460.35271120.28612664X-RAY DIFFRACTION92.6
2.46-2.510.40771320.28742599X-RAY DIFFRACTION91.61
2.51-2.580.29191520.27232576X-RAY DIFFRACTION90.96
2.58-2.650.30181550.27332535X-RAY DIFFRACTION89.4
2.65-2.720.24671600.25692549X-RAY DIFFRACTION91
2.72-2.810.311510.25562622X-RAY DIFFRACTION92.65
2.81-2.910.25851450.23492633X-RAY DIFFRACTION92.63
2.91-3.030.29031430.22812639X-RAY DIFFRACTION92.39
3.03-3.170.24581420.21712595X-RAY DIFFRACTION91.81
3.17-3.330.26071540.20692599X-RAY DIFFRACTION91.71
3.33-3.540.21141270.19082576X-RAY DIFFRACTION90.8
3.54-3.810.22941440.18312576X-RAY DIFFRACTION90.88
3.82-4.20.21611490.18152514X-RAY DIFFRACTION89.09
4.2-4.80.15941210.16672490X-RAY DIFFRACTION87.09
4.81-6.050.25731210.20042466X-RAY DIFFRACTION85.92
6.05-38.870.2002970.18822438X-RAY DIFFRACTION85.04

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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