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- PDB-9n80: Crystal structure of human HRSP12 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9n80
タイトルCrystal structure of human HRSP12
要素2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Deaminase / hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


Threonine catabolism / 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase / 2-iminobutanoate deaminase activity / 2-iminopropanoate deaminase activity / L-threonine catabolic process to glycine / deaminase activity / mRNA destabilization / mRNA catabolic process / lipid metabolic process / peroxisome ...Threonine catabolism / 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase / 2-iminobutanoate deaminase activity / 2-iminopropanoate deaminase activity / L-threonine catabolic process to glycine / deaminase activity / mRNA destabilization / mRNA catabolic process / lipid metabolic process / peroxisome / RNA endonuclease activity producing 3'-phosphomonoesters, hydrolytic mechanism / negative regulation of translation / mitochondrial matrix / mRNA binding / mitochondrion / RNA binding / extracellular exosome / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RidA, conserved site / Uncharacterized protein family UPF0076 signature. / RidA family / YjgF/YER057c/UK114 family / Endoribonuclease L-PSP / RutC-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.39 Å
データ登録者Suma, K. / Mugridge, J.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM143000 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of human HRSP12
著者: Suma, K. / Jeffrey, S.M.
履歴
登録2025年2月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase
B: 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8892
ポリマ－32,8892
非ポリマー00
水3,873215
1
A: 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase

A: 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase

A: 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3343
ポリマ－49,3343
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area7520 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area15230 Å2
手法PISA
2
B: 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase

B: 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase

B: 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3343
ポリマ－49,3343
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_454-z-1/2,-x,y-1/21
crystal symmetry operation10_554-y,z+1/2,-x-1/21
Buried area7850 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area15950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.486, 88.486, 88.486
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Space group name HallP2ac2ab3
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: z,x,y
#3: y,z,x
#4: -y+1/2,-z,x+1/2
#5: z+1/2,-x+1/2,-y
#6: -y,z+1/2,-x+1/2
#7: -z+1/2,-x,y+1/2
#8: -z,x+1/2,-y+1/2
#9: y+1/2,-z+1/2,-x
#10: x+1/2,-y+1/2,-z
#11: -x,y+1/2,-z+1/2
#12: -x+1/2,-y,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-251-

HOH

21A-295-

HOH

31A-303-

HOH

41B-239-

HOH

51B-297-

HOH

61B-305-

HOH

71B-306-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase / 14.5 kDa translational inhibitor protein / hp14.5 / p14.5 / Heat-responsive protein 12 / Reactive ...14.5 kDa translational inhibitor protein / hp14.5 / p14.5 / Heat-responsive protein 12 / Reactive intermediate imine deaminase A homolog / Translation inhibitor L-PSP ribonuclease / UK114 antigen homolog


分子量: 16444.613 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: his-tagged protein with TEV cleavage site / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RIDA, HRSP12 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta
参照: UniProt: P52758, 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 29.93 % / 解説: octahedral blocks
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: 0.2 M sodium thiocyanate pH 6.9, 18 % PEG 3350, 30 mM N1-methyladenosine

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: 7B2 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.39→29.5 Å / Num. obs: 46625 / % possible obs: 99.98 % / 冗長度: 37.9 % / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.04376 / Net I/σ(I): 56.71
反射 シェル解像度: 1.39→1.44 Å / 冗長度: 29.5 % / Rmerge(I) obs: 0.6199 / Mean I/σ(I) obs: 5.88 / Num. unique obs: 4619 / CC1/2: 0.953 / CC star: 0.988 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSJun 30, 2024; Fast_DP version 1.6.2データ削減
PHASER2.8.3位相決定
XDSJun 30, 2024; Fast_DP version 1.6.2データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.39→29.5 Å / SU ML: 0.1278 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 20.5586
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2167 2019 4.29 %
Rwork0.1911 45057 -
obs0.1923 46625 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 21.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.39→29.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2028 0 0 215 2243
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00482067
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7712803
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0697331
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0048364
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.5572295
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.39-1.420.2441410.21563156X-RAY DIFFRACTION99.43
1.42-1.460.25021430.21463182X-RAY DIFFRACTION100
1.46-1.50.24021450.20383190X-RAY DIFFRACTION100
1.5-1.550.2511410.20583187X-RAY DIFFRACTION100
1.55-1.60.22741420.19663228X-RAY DIFFRACTION100
1.61-1.670.23291440.2043178X-RAY DIFFRACTION100
1.67-1.740.26591430.21613181X-RAY DIFFRACTION100
1.75-1.840.25221440.21633225X-RAY DIFFRACTION100
1.84-1.950.21011410.19523190X-RAY DIFFRACTION100
1.95-2.10.21291390.18923226X-RAY DIFFRACTION100
2.1-2.310.18951470.18393234X-RAY DIFFRACTION100
2.31-2.650.22741480.19973237X-RAY DIFFRACTION100
2.65-3.330.25751500.19543262X-RAY DIFFRACTION100
3.34-29.50.17681510.17063381X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -25.7393668461 Å / Origin y: 8.27864333302 Å / Origin z: -15.7656583139 Å
111213212223313233
T0.126449173146 Å2-0.0031695437037 Å20.00108053257129 Å2-0.103031630816 Å2-0.00366308775415 Å2--0.108611684962 Å2
L0.148315503411 °2-0.20625513717 °2-0.0216347534866 °2-0.392111117274 °20.046351343026 °2---0.0390547712055 °2
S0.0282687608473 Å °-0.000782216906947 Å °-0.00294369647423 Å °-0.0251503710992 Å °-0.00424553767606 Å °0.0178693956903 Å °-0.0178712563531 Å °-0.0117699442571 Å °0.0260376914571 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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