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- PDB-9n4g: YehD Receptor Binding Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9n4g
タイトルYehD Receptor Binding Domain
要素YehD protein
キーワードCELL ADHESION / Adhesin / CUP pili
機能・相同性Uncharacterised conserved protein UCP030811 / Fimbrial-type adhesion domain / Fimbrial protein / Fimbrial-type adhesion domain superfamily / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / Adhesion domain superfamily / pilus / Uncharacterized fimbrial-like protein YehA
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Klein, R.D. / Tamadonfar, K.O. / Pinkner, J.S. / Hultgren, S.J.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R37AI048689 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI029549 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)T32 AI007172-40 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Yeh pilus, tipped by an adhesin equipped with a mobile alpha-helical flap motif, mediates GI colonization via pectin adherence.
著者: Tamadonfar, K.O. / Klein, R.D. / Lopatto, E. / Zimmerman, M.I. / Azimzadeh, P. / Porter, J. / Bazan Villicana, J. / Pinkner, J.S. / Birchenough, G. / Dodson, K.W. / Bowman, G.R. / Hultgren, S.J.
履歴
登録2025年2月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年11月26日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YehD protein
B: YehD protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1064
ポリマ－36,9222
非ポリマー1842
水97354
1
A: YehD protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5532
ポリマ－18,4611
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: YehD protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5532
ポリマ－18,4611
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.787, 50.486, 71.877
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 YehD protein


分子量: 18460.916 Da / 分子数: 2 / 断片: Receptor Binding Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P33340
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.43 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M AmH2PO4, 20% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CMOS / 日付: 2016年8月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→45.31 Å / Num. obs: 41949 / % possible obs: 98.83 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1019 / Rrim(I) all: 0.1102 / Net I/σ(I): 15.66
反射 シェル解像度: 1.7→1.761 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 2.169 / Mean I/σ(I) obs: 0.75 / Num. unique obs: 4127 / CC1/2: 0.388 / Rrim(I) all: 2.367 / % possible all: 99.78

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータスケーリング
AutoSol位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7→45.31 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.18 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2561 2029 4.89 %
Rwork0.2346 --
obs0.2357 41491 98.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→45.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2561 0 12 54 2627
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042642
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6813609
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.641557
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046428
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003465
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.74250.31481370.31292823X-RAY DIFFRACTION100
1.7425-1.78960.35921500.30082806X-RAY DIFFRACTION100
1.7896-1.84230.3121420.29262799X-RAY DIFFRACTION100
1.8423-1.90180.35761390.30812746X-RAY DIFFRACTION98
1.9018-1.96970.3941250.37412685X-RAY DIFFRACTION95
1.9697-2.04860.26541280.24262859X-RAY DIFFRACTION100
2.0486-2.14180.27091540.24772808X-RAY DIFFRACTION100
2.1418-2.25480.31671570.30312691X-RAY DIFFRACTION96
2.2548-2.3960.28771600.27132701X-RAY DIFFRACTION96
2.396-2.5810.26051290.24152871X-RAY DIFFRACTION100
2.581-2.84070.2551420.24472842X-RAY DIFFRACTION100
2.8407-3.25170.25951510.23742878X-RAY DIFFRACTION100
3.2517-4.09630.25141540.19252903X-RAY DIFFRACTION100
4.0963-45.310.17181610.17213050X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 36.4919 Å / Origin y: 33.4807 Å / Origin z: 49.3841 Å
111213212223313233
T0.175 Å20.0222 Å20.0246 Å2-0.2067 Å20.0184 Å2--0.2033 Å2
L0.3861 °20.174 °20.3717 °2-0.7305 °20.3328 °2--0.8172 °2
S-0.0008 Å °-0.0457 Å °-0.0387 Å °0.0719 Å °-0.0014 Å °-0.0106 Å °0.0282 Å °0.0184 Å °-0.0052 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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