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万見
- PDB-9n4d: Cryo-EM structure of Candida albicans pH regulated antigen 1 (Pra... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9n4d
タイトルCryo-EM structure of Candida albicans pH regulated antigen 1 (Pra1) protein in complex with Zn2+
要素pH-regulated antigen PRA1
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / zinc binding protein / peptidase family M35 structural fold / zinc scavenging protein
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host T-cell mediated immune response / symbiont-mediated suppression of host T-cell mediated immune response / adhesion of symbiont to host via host extracellular matrix / high molecular weight kininogen binding / symbiont-mediated suppression of host complement activation by activation of host proteases / symbiont-mediated suppression of host complement activation by recruitment of complement control protein / symbiont-mediated suppression of host complement activation / iron acquisition from host / hyphal tip / negative regulation of complement activation ...symbiont-mediated perturbation of host T-cell mediated immune response / symbiont-mediated suppression of host T-cell mediated immune response / adhesion of symbiont to host via host extracellular matrix / high molecular weight kininogen binding / symbiont-mediated suppression of host complement activation by activation of host proteases / symbiont-mediated suppression of host complement activation by recruitment of complement control protein / symbiont-mediated suppression of host complement activation / iron acquisition from host / hyphal tip / negative regulation of complement activation / hyphal cell wall / adhesion of symbiont to host / fungal-type cell wall / symbiont-mediated evasion of host immune response / fibrinogen binding / leukocyte cell-cell adhesion / integrin binding / metallopeptidase activity / cell surface / extracellular region / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Putative peptidase domain, HRXXH / Fungal antigen PRA1-like / Putative peptidase family / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
pH-regulated antigen PRA1
類似検索 - 構成要素
生物種Candida albicans (酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Syrjanen, J.L. / Perera, R.L.
資金援助 フィンランド, 1件
組織認可番号国
Other government フィンランド
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural insights into mechanisms of zinc scavenging by the Candida albicans zincophore Pra1.
著者: Alexandre Nore / Elena Roselletti / Tanmoy Chakraborty / Nicha Särkkä / Rajika L Perera / Duncan Wilson / Johanna L Syrjänen /
要旨: Candida albicans causes over 400,000 life-threatening, and an additional half a billion of mucosal infections annually. In response to infection, the host limits essential micronutrient availability, ...Candida albicans causes over 400,000 life-threatening, and an additional half a billion of mucosal infections annually. In response to infection, the host limits essential micronutrient availability, including zinc, to restrict growth of the invading pathogen. As assimilation of zinc is essential for C. albicans pathogenicity, limitation induces secretion of the zincophore protein Pra1 to scavenge zinc from the host. Pra1 also plays a number of important roles in host-pathogen interactions and is conserved in most fungi. However, the structure of fungal zincophores is unknown. Here, we present cryo-EM structures of C. albicans Pra1 in apo- and zinc-bound states, at 2.8 and 2.5 Å resolution respectively. Our work reveals a hexameric ring with multiple zinc binding sites. Through genetic studies, we show that these sites are essential for C. albicans growth under zinc restriction but do not affect the inflammatory properties of Pra1. These data create a foundation for future work to explore the structural basis of Pra1-mediated host-pathogen interactions, C. albicans zinc uptake, as well as therapeutics development.
履歴
登録2025年2月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年12月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: pH-regulated antigen PRA1
B: pH-regulated antigen PRA1
C: pH-regulated antigen PRA1
D: pH-regulated antigen PRA1
E: pH-regulated antigen PRA1
F: pH-regulated antigen PRA1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,80712
ポリマ－189,4156
非ポリマー3926
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
pH-regulated antigen PRA1 / 58 kDa fibrinogen-binding mannoprotein


分子量: 31569.156 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida albicans (酵母)
遺伝子: PRA1, FBP1, CAALFM_C406980WA, CaO19.10623, CaO19.3111
プラスミド: pcDNA3.0 / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P87020
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Hexameric assembly of Pra1 protein in complex with zinc
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.18921 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Candida albicans (酵母)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: Expi293F / 細胞: HEK / プラスミド: pcDNA3.0
緩衝液pH: 8 / 詳細: 20 mM Tris-HCl pH 8.0, 150 mM NaCl, 1 mM ZnSO4
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMTris1
2150 mMsodium chlorideNaCl1
31 mMzinc sulphateZnSO41
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 63.2 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
7Coot0.9.8.7モデルフィッティング
8UCSF Chimera1.16モデルフィッティング
10PHENIX1.21.2_5419モデル精密化
11Coot0.9.8.7モデル精密化
12cryoSPARC4.4初期オイラー角割当
13cryoSPARC4.4最終オイラー角割当
15cryoSPARC4.4３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1102286 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 41.8 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.002310896
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.469614784
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04171548
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00241908
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.14391460

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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