PDB-9n41: MS2-pcoat Icosahedral Reconstruction

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9n41

タイトル

MS2-pcoat Icosahedral Reconstruction

要素

Capsid protein

キーワード

VIRUS LIKE PARTICLE / MS2 / VIRUS

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of viral translation / T=3 icosahedral viral capsid / regulation of translation / structural molecule activity / RNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia phage MS2 (ファージ)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Subramanian, S. / Makasarashvili, N. / Garmann, R.F. / Parent, K.N.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM140803	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM127751	米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Measuring the selective packaging of RNA molecules by viral coat proteins in cells
著者: Rastandeh, A. / Makasarashvili, N. / Dhaliwal, H.K. / Subramanian, S. / Villarreal, D.A. / Baker, S. / Gamez, E.T. / Parent, K.N. / Garmann, R.F.

履歴

登録	2025年2月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年8月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年8月6日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年8月6日	Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年8月6日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年8月6日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年8月6日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年8月6日	Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年8月6日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9n41.cif.gz	81.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9n41.ent.gz	61.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9n41.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9n41_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9n41_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	9n41_validation.xml.gz	37.3 KB	表示
CIF形式データ	9n41_validation.cif.gz	51.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n4/9n41 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n4/9n41	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	48865MC 48864C 48866C 48867C 48868C 9n40C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Capsid protein

B: Capsid protein

C: Capsid protein

41.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Capsid protein

B: Capsid protein

C: Capsid protein

x 60

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
2.47 MDa, 180 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

#1: タンパク質	Capsid protein / CP / Coat protein 分子量: 13738.464 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia phage MS2 (ファージ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P03612
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素

名称: Escherichia phage MS2 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT

由来(天然)

生物種:

Escherichia phage MS2 (ファージ)

由来(組換発現)

生物種:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

ウイルスについての詳細

中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRION

天然宿主

生物種: Escherichia coli

緩衝液

pH: 7.5

緩衝液成分

ID	濃度	名称	Buffer-ID
1	50 mM	tris(hydroxymethyl)aminomethane	1
2	100 mM	sodium chloride	1
3	1 mM	EDTA	1

試料

包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES

急速凍結

装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影	電子線照射量: 50.18 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
10	cryoSPARC	4.6.0	初期オイラー角割当
11	cryoSPARC	4.6.0	最終オイラー角割当
13	cryoSPARC	4.6.0	３次元再構成

CTF補正

タイプ: NONE

対称性

点対称性: I (正20面体型対称)

3次元再構成

解像度: 2.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 313055 / 対称性のタイプ: POINT

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.002	2936
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.416	4003
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	3.658	409
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.043	472
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.004	520

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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