[日本語] English
万見
- PDB-9n3s: Crystal structure of the fungal mannosyltransferase Och1 reveals ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9n3s
タイトルCrystal structure of the fungal mannosyltransferase Och1 reveals active site primed for N-glycan binding
要素Initiation-specific alpha-1,6-mannosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / cis-Golgi apparatus
機能・相同性
機能・相同性情報


initiation-specific alpha-1,6-mannosyltransferase / alpha-1,6-mannosyltransferase activity / mannan polymerase complex / initiation-specific glycolipid 1,6-alpha-mannosyltransferase activity / Golgi cis cisterna / protein N-linked glycosylation / endoplasmic reticulum membrane
類似検索 - 分子機能
Initiation-specific alpha-1,6-mannosyltransferase Och1-like / Glycosyltransferase, DXD sugar-binding motif / Glycosyltransferase sugar-binding region containing DXD motif / Nucleotide-diphospho-sugar transferases
類似検索 - ドメイン・相同性
Initiation-specific alpha-1,6-mannosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Kelly, E.T.R. / Rodionov, D. / Berghuis, A.M.
資金援助 カナダ, 2件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP-114889 カナダ
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT-162365 カナダ
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2025
タイトル: Crystal structure of the fungal mannosyltransferase Och1 reveals active site primed for N-glycan binding.
著者: Kelly, E.T.R. / Rodionov, D. / Sleno, B. / Romero, P.A. / Berghuis, A.M.
履歴
登録2025年1月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Initiation-specific alpha-1,6-mannosyltransferase
B: Initiation-specific alpha-1,6-mannosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,2866
ポリマ－98,9812
非ポリマー2,3054
水4,053225
1
A: Initiation-specific alpha-1,6-mannosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1503
ポリマ－49,4911
非ポリマー1,6602
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Initiation-specific alpha-1,6-mannosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1363
ポリマ－49,4911
非ポリマー6462
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.447, 57.090, 84.088
Angle α, β, γ (deg.)85.57, 75.31, 75.13
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Symmetry operation#1: x,y,z

-
要素

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 227分子 AB

#1: タンパク質 Initiation-specific alpha-1,6-mannosyltransferase / Outer chain elongation protein 1


分子量: 49490.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: OCH1, NGD29, YGL038C / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類)
参照: UniProt: P31755, initiation-specific alpha-1,6-mannosyltransferase
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
糖 , 4種, 4分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: initiation-specific alpha-1,6-mannosyltransferase
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_d2-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.56 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 Bis-TRIS pH 6.5, 25% PEG 3350, 30 mM NaF

-
データ収集

回折平均測定温度: 228.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→24.46 Å / Num. obs: 44906 / % possible obs: 89.8 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 30.75 Å2 / Net I/σ(I): 4.81
反射 シェル解像度: 2.01→2.06 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 4.34 / % possible all: 58.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXDEV_4694精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.01→24.46 Å / SU ML: 0.199 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.79 / 位相誤差: 26.72
立体化学のターゲット値: GEOSTD + MONOMER LIBRARY + CDL V1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.243 1999 4.45 %
Rwork0.198 --
obs0.2 44906 89.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 30.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→24.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5812 0 153 225 6190
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086116
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9368327
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.549861
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058960
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081048
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.01-2.060.2461890.21772015X-RAY DIFFRACTION58
2.06-2.120.23711260.20432552X-RAY DIFFRACTION76
2.12-2.180.27881240.20822782X-RAY DIFFRACTION81
2.18-2.250.24351470.21333037X-RAY DIFFRACTION89
2.25-2.330.25911550.21813186X-RAY DIFFRACTION93
2.33-2.430.29871490.24343250X-RAY DIFFRACTION94
2.43-2.540.30891480.24583209X-RAY DIFFRACTION95
2.54-2.670.30591510.25293228X-RAY DIFFRACTION94
2.67-2.840.33941480.25773161X-RAY DIFFRACTION93
2.84-3.060.29751430.25173154X-RAY DIFFRACTION93
3.06-3.360.29191550.20633344X-RAY DIFFRACTION96
3.36-3.850.20011510.16463301X-RAY DIFFRACTION97
3.85-4.840.18831540.14713335X-RAY DIFFRACTION98
4.84-24.460.18221590.16973353X-RAY DIFFRACTION98

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る