PDB-9n3e: Crystal structure of Arabidopsis metacaspase 9 C147G at pH 5.5

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9n3e

タイトル

Crystal structure of Arabidopsis metacaspase 9 C147G at pH 5.5

要素

Metacaspase-9

キーワード

PLANT PROTEIN / Plant immunity / Metacaspase / pH-dependent activation / cysteine protease

機能・相同性

機能・相同性情報

apoplast / cysteine-type peptidase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / cysteine-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Liu, H. / Liu, Q.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural determinants for pH-dependent activation of a plant metacaspase.
著者: Liu, H. / Henderson, M. / Pang, Z. / Zhang, Q. / Lam, E. / Liu, Q.

履歴

登録	2025年1月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年6月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9n3e.cif.gz	312.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9n3e.ent.gz	212 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9n3e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n3/9n3e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n3/9n3e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9n3dC 9n3fC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (2) #224 - 2018年8月レグマイン (Legumain) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Metacaspase-9

B: Metacaspase-9

71 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Metacaspase-9

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
35.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Metacaspase-9

登録者が定義した集合体
35.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.627, 89.046, 64.693
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.873, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	chain "A"
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 6 through 164 or resid 171 through 325))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d_1	1	MET	MET	PRO	PRO	A	A	6 - 325	6 - 325
d_2	1	MET	MET	SER	SER	B	B	6 - 164	6 - 164
d_2	2	PRO	PRO	PRO	PRO	B	B	171 - 325	171 - 325

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.574982981552, 0.753318022156, 0.31922801948), (-0.744310522914, 0.319620909313, 0.586382400664), (0.339700480431, -0.574764675171, 0.744479114395)ベクター: -7. ...

#1: タンパク質	Metacaspase-9 / AtMC9 分子量: 35503.340 Da / 分子数: 2 / 変異: C147G / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: AMC9, MCP2F, At5g04200, F21E1.120 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9FYE1, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 399 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.79 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 5000 MME, sodium acetate, ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→36.77 Å / Num. obs: 93555 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 6.63 % / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 7.8
反射シェル	解像度: 1.55→1.59 Å / Num. unique obs: 6273 / CC_1/2: 0.319

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.55→29.84 Å / SU ML: 0.2108 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.9078
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2404	4674	5.01 %
R_work	0.2326	88563	-
obs	0.233	93237	97.85 %

溶媒の処理

減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→29.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4821	0	0	399	5220

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0016	4899
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4491	6605
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0418	753
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0028	867
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.4618	1835

Refine LS restraints NCS

タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.796066148354 Å

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.55-1.57	0.4128	143	0.3722	2470	X-RAY DIFFRACTION	82.56
1.57-1.59	0.3711	150	0.3697	2752	X-RAY DIFFRACTION	91.49
1.59-1.61	0.3697	151	0.3639	2821	X-RAY DIFFRACTION	95.1
1.61-1.63	0.3943	158	0.3462	2918	X-RAY DIFFRACTION	96.25
1.63-1.65	0.3629	186	0.3385	2897	X-RAY DIFFRACTION	97.66
1.65-1.67	0.3731	185	0.3343	2916	X-RAY DIFFRACTION	97.79
1.67-1.69	0.3317	150	0.3224	2948	X-RAY DIFFRACTION	97.3
1.69-1.72	0.2714	167	0.3124	2944	X-RAY DIFFRACTION	98.14
1.72-1.75	0.351	164	0.3095	2936	X-RAY DIFFRACTION	98.07
1.75-1.77	0.282	148	0.3076	2951	X-RAY DIFFRACTION	97.95
1.77-1.8	0.3043	168	0.2908	2915	X-RAY DIFFRACTION	98.06
1.8-1.84	0.2913	150	0.2927	2988	X-RAY DIFFRACTION	98.52
1.84-1.87	0.3097	145	0.2856	2940	X-RAY DIFFRACTION	98.63
1.87-1.91	0.3059	148	0.2753	3000	X-RAY DIFFRACTION	98.47
1.91-1.95	0.29	179	0.2738	2942	X-RAY DIFFRACTION	98.11
1.95-2	0.2891	147	0.2629	2941	X-RAY DIFFRACTION	98.66
2-2.05	0.2584	135	0.2479	3005	X-RAY DIFFRACTION	98.9
2.05-2.1	0.2302	163	0.2478	3004	X-RAY DIFFRACTION	98.88
2.1-2.17	0.2883	138	0.2392	3001	X-RAY DIFFRACTION	99.12
2.17-2.24	0.2534	154	0.2463	2999	X-RAY DIFFRACTION	99.24
2.24-2.32	0.2121	146	0.2394	3008	X-RAY DIFFRACTION	99.31
2.32-2.41	0.2411	157	0.2415	2988	X-RAY DIFFRACTION	99.46
2.41-2.52	0.2262	151	0.2329	3006	X-RAY DIFFRACTION	99.62
2.52-2.65	0.2287	166	0.2351	2998	X-RAY DIFFRACTION	99.37
2.65-2.82	0.242	162	0.2332	3033	X-RAY DIFFRACTION	99.41
2.82-3.03	0.2708	147	0.2322	3008	X-RAY DIFFRACTION	99.81
3.03-3.34	0.2184	145	0.2067	3052	X-RAY DIFFRACTION	99.88
3.34-3.82	0.1916	150	0.1896	3049	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.82-4.81	0.1712	152	0.1655	3048	X-RAY DIFFRACTION	99.88
4.81-29.84	0.1769	169	0.1832	3085	X-RAY DIFFRACTION	99.69

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 11.0511055043 Å / Origin y: -20.7026441211 Å / Origin z: 16.1096258199 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.149656581977 Å²	0.0186044885222 Å²	-0.00367196208981 Å²	-	0.225947864235 Å²	-0.013700338061 Å²	-	-	0.146266999936 Å²
L	0.368356640276 °²	0.1724945969 °²	0.125877329942 °²	-	0.590663785297 °²	0.0508651634661 °²	-	-	0.193085027596 °²
S	-0.0186830222928 Å °	-0.0985407955643 Å °	0.0436743891385 Å °	-0.0289569982597 Å °	0.00750904060218 Å °	0.0489576760903 Å °	-0.0206136642275 Å °	-0.0710724296449 Å °	0.0121608938742 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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