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- PDB-9n39: DNA gyrase complexed with uncleaved DNA and Compound 185 to 2.25 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9n39
タイトルDNA gyrase complexed with uncleaved DNA and Compound 185 to 2.25 A resolution
要素
  • DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*CP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*T)-3')
  • DNA gyrase subunit B fusion with DNA gyrase subunit A
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Bacterial DNA Gyrase / Inhibitor / NBTI
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to antibiotic / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA gyrase, subunit A / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / : / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / DNA gyrase, subunit B / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal ...DNA gyrase, subunit A / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / : / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / DNA gyrase, subunit B / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A / DNA Topoisomerase IV / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / DNA / DNA (> 10) / DNA gyrase subunit B / DNA gyrase subunit A
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.255 Å
データ登録者Bell, C.E. / McElroy, C.A. / Ratigan, S.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI173072 米国
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2025
タイトル: Structural and Mechanistic Insights into Atypical Bacterial Topoisomerase Inhibitors.
著者: Toth, P.D. / Ratigan, S.C. / Powell, J.W. / Cassel, S.R. / Yalowich, J.C. / McElroy, C.A. / Lindert, S. / Bell, C.E. / Mitton-Fry, M.J.
履歴
登録2025年1月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA gyrase subunit B fusion with DNA gyrase subunit A
B: DNA gyrase subunit B fusion with DNA gyrase subunit A
C: DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*CP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*T)-3')
D: DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*CP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,1777
ポリマ－168,6044
非ポリマー5733
水5,224290
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15570 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area57160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.479, 93.479, 410.378
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 DNA gyrase subunit B fusion with DNA gyrase subunit A


分子量: 78166.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: gyrB, gyrA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0A0K8, UniProt: P20831, DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*CP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*T)-3')


分子量: 6135.955 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-A1BVQ / N-{(2r,5r)-2-[2-(6-methoxyquinolin-4-yl)ethyl]-1,3-dioxan-5-yl}-3-oxo-3,4-dihydro-2H-1,4-benzoxazine-6-carboxamide


分子量: 463.483 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H25N3O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.93 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 50 mM Bis-Tris pH 6.0, 15.33% PEG5000 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97911 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97911 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→23.89 Å / Num. obs: 93806 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.296 / Rpim(I) all: 0.146 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 2.25→2.29 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 2.98 / Num. unique obs: 4536 / Rpim(I) all: 2.02 / % possible all: 95.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0430精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.255→23.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 13.19 / SU ML: 0.267 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.247 / ESU R Free: 0.215 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2558 4774 5.094 %
Rwork0.2017 88951 -
all0.204 --
obs-93725 98.704 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 53.617 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.091 Å2-0.546 Å2-0 Å2
2---1.091 Å20 Å2
3---3.541 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.255→23.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10635 800 36 290 11761
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01211751
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01610995
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0841.84516014
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5831.77925251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.27151341
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg8.425118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_2_deg0.455534
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.04102005
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg13.92310535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.21800
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213503
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.022673
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2240.22610
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1890.210739
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1840.25693
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0820.26618
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1790.2405
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0680.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.3810.29
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1760.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1030.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.2265.2555376
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.2265.2555376
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.1039.4416713
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.1029.4416714
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.5325.7296375
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.5315.7296376
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.30710.2769301
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.30710.2769302
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it10.22451.38513482
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other10.22451.38413483
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.255-2.3130.4243180.416091X-RAY DIFFRACTION91.3874
2.313-2.3760.3733250.3716243X-RAY DIFFRACTION97.4625
2.376-2.4440.3473320.3546142X-RAY DIFFRACTION97.6765
2.444-2.5180.3323250.3415973X-RAY DIFFRACTION98.4832
2.518-2.60.3233150.3125876X-RAY DIFFRACTION99.5018
2.6-2.690.3173320.2815652X-RAY DIFFRACTION99.7999
2.69-2.790.3223330.2695454X-RAY DIFFRACTION99.9309
2.79-2.9030.3172800.2425321X-RAY DIFFRACTION100
2.903-3.030.2882820.2265073X-RAY DIFFRACTION99.7207
3.03-3.1750.2812650.214882X-RAY DIFFRACTION100
3.175-3.3430.3042560.1994639X-RAY DIFFRACTION99.9796
3.343-3.5420.2282220.1694360X-RAY DIFFRACTION99.9782
3.542-3.780.2442200.1544137X-RAY DIFFRACTION100
3.78-4.0750.2062180.1323844X-RAY DIFFRACTION99.5344
4.075-4.4510.1741660.123584X-RAY DIFFRACTION99.9733
4.451-4.9550.1831490.1253261X-RAY DIFFRACTION99.9707
4.955-5.6810.2111600.1472823X-RAY DIFFRACTION99.9665
5.681-6.8610.2141260.1582444X-RAY DIFFRACTION99.2278
6.861-9.3260.207940.181953X-RAY DIFFRACTION99.9024
9.326-23.890.264560.2421199X-RAY DIFFRACTION98.5086

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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