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万見
- PDB-9n1v: High-resolution crystal structure of methyl-2,3-diamino propanoic... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9n1v
タイトルHigh-resolution crystal structure of methyl-2,3-diamino propanoic acid-AMS inhibitor bound adenylation domain (A3) from Sulfazecin nonribosomal peptide synthetase SulM
要素Non-ribosomal peptide synthetase
キーワードLIGASE / Adenylation domain / NRPS / nonribosomal peptide synthetase / Sulfazecin
機能・相同性
機能・相同性情報


amino acid activation for nonribosomal peptide biosynthetic process / secondary metabolite biosynthetic process / catalytic activity / phosphopantetheine binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Non-ribosomal peptide synthase / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / PKS_PP_betabranch / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily ...Non-ribosomal peptide synthase / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / PKS_PP_betabranch / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Non-ribosomal peptide synthetase
類似検索 - 構成要素
生物種Paraburkholderia acidicola (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Patel, K.D. / Gulick, A.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM136235 米国
引用ジャーナル: Jacs Au / 年: 2025
タイトル: l-2,3-Diaminopropionate Binding Mode of the SulM Adenylation Domain Limits Engineering Monobactam Analogue Biosynthesis with Larger Substrates.
著者: Kahlert, L. / Patel, K.D. / Lichstrahl, M.S. / Li, R. / He, C. / Gulick, A.M. / Townsend, C.A.
履歴
登録2025年1月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年12月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-ribosomal peptide synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,03313
ポリマ－46,8161
非ポリマー1,21712
水8,827490
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.560, 137.400, 53.280
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-3459-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Non-ribosomal peptide synthetase / SulM


分子量: 46815.523 Da / 分子数: 1 / 断片: Thioesterase didomain, residues 2121-2546 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paraburkholderia acidicola (バクテリア)
株: ATCC 31363 / 遺伝子: sulM, BWP39_23695 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1I9RH13
#2: 化合物 ChemComp-A1BVA / 5'-O-{[(2S,3R)-2,3-diaminobutanoyl]sulfamoyl}adenosine


分子量: 446.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H22N8O7S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 490 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.05 %
結晶化温度: 287.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.2M MgCl2, 0.1M HEPES pH 7.5, 25% PEG 3350 / PH範囲: 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→55.42 Å / Num. obs: 108856 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 1.3→42.1 Å / Num. unique obs: 2516 / CC1/2: 0.66 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PHASER位相決定
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.3→42.1 Å / SU ML: 0.1376 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.7248 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1736 5420 4.98 %
Rwork0.1542 103355 -
obs0.1551 108775 99.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 20.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→42.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3222 0 80 490 3792
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00543426
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.96874659
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073532
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0058607
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.11021258
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3-1.320.34721720.2953418X-RAY DIFFRACTION99.28
1.32-1.330.28071660.28543400X-RAY DIFFRACTION99.36
1.33-1.350.27431710.26593397X-RAY DIFFRACTION99.25
1.35-1.370.27051770.24723435X-RAY DIFFRACTION99.5
1.37-1.380.24531730.24063388X-RAY DIFFRACTION99.83
1.38-1.40.25231750.22623472X-RAY DIFFRACTION99.75
1.4-1.420.22831920.21133367X-RAY DIFFRACTION99.64
1.42-1.440.22191530.20493482X-RAY DIFFRACTION99.32
1.44-1.470.2021850.19083362X-RAY DIFFRACTION99.52
1.47-1.490.1931680.18753451X-RAY DIFFRACTION99.75
1.49-1.520.21021650.17823373X-RAY DIFFRACTION97.6
1.52-1.540.20631850.1673404X-RAY DIFFRACTION99.61
1.54-1.570.18091880.16633428X-RAY DIFFRACTION99.48
1.57-1.610.18321630.16323422X-RAY DIFFRACTION99.36
1.61-1.640.20261840.15823420X-RAY DIFFRACTION99.45
1.64-1.680.17451940.15593423X-RAY DIFFRACTION99.37
1.68-1.720.15311840.15163438X-RAY DIFFRACTION99.4
1.72-1.770.16121890.1483425X-RAY DIFFRACTION99.75
1.77-1.820.14351830.14493440X-RAY DIFFRACTION99.86
1.82-1.880.14821870.13873467X-RAY DIFFRACTION99.7
1.88-1.940.16691800.13783453X-RAY DIFFRACTION99.62
1.94-2.020.14991840.13713417X-RAY DIFFRACTION98.63
2.02-2.110.15871960.13583369X-RAY DIFFRACTION97.46
2.11-2.230.16061990.12983461X-RAY DIFFRACTION99.65
2.23-2.370.13381600.12413484X-RAY DIFFRACTION99.67
2.37-2.550.13921940.12773496X-RAY DIFFRACTION99.54
2.55-2.80.14822020.13923476X-RAY DIFFRACTION99.51
2.8-3.210.18481660.14673550X-RAY DIFFRACTION99.62
3.21-4.040.16982020.14053478X-RAY DIFFRACTION97.87
4.04-42.10.18541830.16313759X-RAY DIFFRACTION99.85
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.458113515646-0.127299812455-0.0976968087260.971264835639-0.1120086517050.955877526969-0.0275662737959-0.02967474874020.02401770098940.137395950206-0.0100930281508-0.156759597953-0.0322046274740.1413821909490.01316867560590.0764330117248-0.00768288531181-0.02637912446190.08439975625140.005809426296920.096147854608237.71178006716.111001608913.4212149258
20.62977654522-0.20649292178-0.008074871217211.09398791496-0.2620704742130.658740811569-0.0557009528713-0.09301779833640.0003694826861210.2550677203730.06026599667320.105115606034-0.0690534070467-0.0747165444096-0.007574311691780.115380767330.01251731702670.02136323830980.0988262856224-0.001893768798810.083788617452417.172232727122.13616106918.7413774195
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2124 through 2285 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 2286 through 2545 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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