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- PDB-9n1s: Crystal structure of the Transport and Golgi Organization protein... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9n1s
タイトルCrystal structure of the Transport and Golgi Organization protein 2 Homolog (TANGO2) tetragonal form
要素Transport and Golgi organization protein 2 homolog
キーワードLIPID TRANSPORT / TANGO2 / TANGO2-related disease
機能・相同性
機能・相同性情報


Golgi organization / protein secretion / Golgi apparatus / mitochondrion / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transport and Golgi organisation protein 2 / Transport and Golgi organisation 2
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Transport and Golgi organization protein 2 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Lovell, S. / Cooper, A. / Powers, A. / Battaile, K.P. / Moshen, A.W. / Ghaloul-Gonzalez, L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD030394 米国
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2025
タイトル: The Crystal Structure of Human Transport and Golgi Organization 2 Homolog (TANGO2) Protein Reveals an alpha beta beta alpha-Fold Arrangement.
著者: Cooper, A. / Powers, A. / Battaile, K.P. / Mohsen, A.W. / Johnson, D.K. / Lovell, S. / Ghaloul-Gonzalez, L.
履歴
登録2025年1月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年8月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transport and Golgi organization protein 2 homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9753
ポリマ－31,8451
非ポリマー1302
水1,00956
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.895, 49.895, 241.716
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Transport and Golgi organization protein 2 homolog


分子量: 31844.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TANGO2, C22orf25 / プラスミド: pET-27b(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6ICL3
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.93 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: Berkeley Screen B8: 20% (w/v) PEG 3350, 70 mM Bis-Tris Propane, 30 mM Citric Acid pH 7.6 , TANGO2 at 5.5 mg/mL. Plate 19608 well B8 drop 1, Puck: PSL-2010, Cryo: 80% (v/v) crystallant and 20% (v/v) PEG 200

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年12月14日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→46.12 Å / Num. obs: 14036 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 5.9 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.113 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 10.8 / Num. measured all: 82398
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 1.066 / Num. measured all: 8441 / Num. unique obs: 1399 / CC1/2: 0.781 / Rpim(I) all: 0.468 / Rrim(I) all: 1.167 / Χ2: 1.05 / Net I/σ(I) obs: 1.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_5533: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→46.12 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2449 690 4.94 %
Rwork0.2051 --
obs0.2072 13964 96.11 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→46.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2143 0 6 56 2205
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042196
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5752988
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.624795
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045331
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005386
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.480.3361450.2912652X-RAY DIFFRACTION100
2.48-2.730.34421340.26792419X-RAY DIFFRACTION90
2.73-3.120.2751400.23882721X-RAY DIFFRACTION100
3.12-3.930.25471210.19642542X-RAY DIFFRACTION92
3.93-46.120.20321500.1772940X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.5735-2.6174-1.13443.59130.78654.099-0.035-0.26130.0710.2650.00780.22220.0764-0.1736-0.0090.4257-0.15140.00210.4516-0.05110.4139-25.5513-7.933-11.1408
24.4498-0.6627-0.12593.04721.60456.1083-0.0485-0.45450.5672-0.3380.3285-0.5118-0.57161.031-0.28790.4702-0.18460.03850.5894-0.05390.4427-8.37951.002-8.9489
34.21240.84990.60311.8103-0.61943.48750.286-0.36040.2239-0.2467-0.1756-0.3795-0.6450.7405-0.11150.3861-0.08790.04810.4822-0.03680.4623-12.34561.4593-14.8076
42.73231.09041.45153.4295-0.22331.3340.23770.3270.3755-0.4972-0.3434-0.7997-0.29980.19520.0070.5454-0.08650.00390.55280.07740.6272-13.59023.3784-24.4685
53.5443-0.1575-0.33592.77310.02922.6079-0.00760.18930.3049-0.098-0.0213-0.025-0.1584-0.03010.01440.3941-0.06850.01580.3402-0.03570.3891-24.92830.7256-23.1402
66.0675-2.8743-3.80045.16531.7162.3826-0.143-0.4538-0.93990.1959-0.58591.12810.7758-0.12720.6060.455-0.16510.04960.4812-0.0170.5111-26.2942-19.626-15.4998
75.10480.4836-3.71213.94510.56122.9286-0.3515-0.4111-0.24060.2711-0.34390.1649-0.12920.12840.7240.3919-0.0846-0.02020.64470.04810.4166-22.6319-16.7697-3.9516
82.2542-0.3008-0.56562.21320.78962.67240.20110.116-0.40160.13260.0304-0.1243-0.0303-0.0473-0.18570.4339-0.0452-0.00430.5262-0.02950.4471-12.7607-18.7478-26.6447
94.2782-0.08281.6842.7794-1.13462.61490.1943-0.4096-0.24920.0644-0.23840.0886-0.07110.1278-0.02690.4985-0.19460.00790.6367-0.04920.3411-14.0215-8.3852-5.0045
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 29 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 30 through 48 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 49 through 75 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 76 through 101 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 102 through 164 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 165 through 181 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 182 through 197 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 198 through 237 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 238 through 275 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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