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万見
- PDB-9n0z: PP2A-B55 Holoenzyme with B55i -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9n0z
タイトルPP2A-B55 Holoenzyme with B55i
要素
  • B55i inhibitor peptide
  • Serine/threonine-protein phosphatase 2A 55 kDa regulatory subunit B alpha isoform
  • Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform
  • Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform
キーワードONCOPROTEIN/INHIBITOR / Phosphatase / EYA family / Myc stabilization / peptide inhibitor / ONCOPROTEIN / ONCOPROTEIN-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of chromosome segregation / meiotic spindle elongation / Integration of energy metabolism / PP2A-mediated dephosphorylation of key metabolic factors / mitotic sister chromatid separation / MASTL Facilitates Mitotic Progression / protein phosphatase type 2A complex / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S2 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S7 phosphatase activity / protein serine/threonine phosphatase complex ...regulation of chromosome segregation / meiotic spindle elongation / Integration of energy metabolism / PP2A-mediated dephosphorylation of key metabolic factors / mitotic sister chromatid separation / MASTL Facilitates Mitotic Progression / protein phosphatase type 2A complex / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S2 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S7 phosphatase activity / protein serine/threonine phosphatase complex / regulation of meiotic cell cycle process involved in oocyte maturation / peptidyl-threonine dephosphorylation / meiotic sister chromatid cohesion, centromeric / INTAC complex / FAR/SIN/STRIPAK complex / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S5 phosphatase activity / Regulation of glycolysis by fructose 2,6-bisphosphate metabolism / Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / female meiotic nuclear division / protein phosphatase regulator activity / GABA receptor binding / APC truncation mutants have impaired AXIN binding / AXIN missense mutants destabilize the destruction complex / Truncations of AMER1 destabilize the destruction complex / protein antigen binding / ERKs are inactivated / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / Beta-catenin phosphorylation cascade / Signaling by GSK3beta mutants / CTNNB1 S33 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S37 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S45 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 T41 mutants aren't phosphorylated / RNA polymerase II transcription initiation surveillance / Co-stimulation by CD28 / regulation of growth / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / response to morphine / Co-inhibition by CTLA4 / Platelet sensitization by LDL / protein-serine/threonine phosphatase / negative regulation of glycolytic process through fructose-6-phosphate / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / ERK/MAPK targets / protein serine/threonine phosphatase activity / mesoderm development / vascular endothelial cell response to oscillatory fluid shear stress / T cell homeostasis / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / regulation of cell differentiation / regulation of microtubule polymerization / phosphoprotein phosphatase activity / lateral plasma membrane / chromosome, centromeric region / DARPP-32 events / enzyme-substrate adaptor activity / negative regulation of hippo signaling / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / protein dephosphorylation / spindle assembly / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / protein tyrosine phosphatase activity / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / protein phosphatase 2A binding / AURKA Activation by TPX2 / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / Spry regulation of FGF signaling / meiotic cell cycle / chromosome segregation / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / RAF activation / RHO GTPases Activate Formins / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / PKR-mediated signaling / tau protein binding / response to lead ion / Negative regulation of MAPK pathway / Cyclin D associated events in G1 / Separation of Sister Chromatids / Regulation of TP53 Degradation / spindle pole / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / mitotic cell cycle / microtubule cytoskeleton / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / protein-containing complex assembly / neuron projection / intracellular signal transduction / membrane raft
類似検索 - 分子機能
Protein phosphatase 2A regulatory subunit PR55 / Protein phosphatase 2A regulatory subunit PR55, conserved site / Protein phosphatase 2A regulatory subunit PR55 signature 1. / Protein phosphatase 2A regulatory subunit PR55 signature 2. / : / : / HEAT repeat / HEAT repeat / : / PPP2R1A-like HEAT repeat ...Protein phosphatase 2A regulatory subunit PR55 / Protein phosphatase 2A regulatory subunit PR55, conserved site / Protein phosphatase 2A regulatory subunit PR55 signature 1. / Protein phosphatase 2A regulatory subunit PR55 signature 2. / : / : / HEAT repeat / HEAT repeat / : / PPP2R1A-like HEAT repeat / Serine/threonine specific protein phosphatases signature. / Protein phosphatase 2A homologues, catalytic domain. / Serine/threonine-specific protein phosphatase/bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase / HEAT repeat profile. / HEAT, type 2 / HEAT repeats / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform / Serine/threonine-protein phosphatase 2A 55 kDa regulatory subunit B alpha isoform / Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Shi, S. / Li, X. / Alderman, C. / Zhao, R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM145289 米国
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM structures reveal the PP2A-B55α and Eya3 interaction that can be disrupted by a peptide inhibitor.
著者: Shasha Shi / Xueni Li / Christopher Alderman / Lars Wick / Wei Huang / North Foulon / Lingdi Zhang / John Rossi / Wenxin Hu / Shouqing Cui / Hongjin Zheng / Derek J Taylor / Heide L Ford / Rui Zhao /
要旨: We have previously shown that Eya3 recruits PP2A-B55α to dephosphorylate pT58 on Myc, increasing Myc stability and enhancing primary tumor growth of triple-negative breast cancer (TNBC). However, ...We have previously shown that Eya3 recruits PP2A-B55α to dephosphorylate pT58 on Myc, increasing Myc stability and enhancing primary tumor growth of triple-negative breast cancer (TNBC). However, the molecular details of how Eya3 recruits PP2A-B55α remain unclear. Here, we determined the cryo-EM structures of PP2A-B55α bound with Eya3, with an inhibitory peptide B55i, and in its unbound state. These studies demonstrate that Eya3 binds B55α through an extended peptide in the N-terminal domain of Eya3. The Eya3 peptide, PP2A-B55α substrates, and protein-peptide inhibitors including B55i bind to a similar area on the B55α surface, but the molecular details of the binding differ. We further demonstrated that the B55i peptide inhibits the B55α and Eya3 interaction in vitro. The B55i peptide expressed on a plasmid increases Myc pT58 and decreases Myc protein levels in TNBC cells, suggesting the potential of B55i or similar peptides as therapies for TNBC.
履歴
登録2025年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin / Item: _citation.journal_volume / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform
B: Serine/threonine-protein phosphatase 2A 55 kDa regulatory subunit B alpha isoform
C: Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform
D: B55i inhibitor peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,1204
ポリマ－157,1204
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform / Medium tumor antigen-associated 61 kDa protein / PP2A subunit A isoform PR65-alpha / PP2A subunit A ...Medium tumor antigen-associated 61 kDa protein / PP2A subunit A isoform PR65-alpha / PP2A subunit A isoform R1-alpha


分子量: 64957.980 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 9-589 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPP2R1A / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P30153
#2: タンパク質 Serine/threonine-protein phosphatase 2A 55 kDa regulatory subunit B alpha isoform / PP2A subunit B isoform B55-alpha / PP2A subunit B isoform PR55-alpha / PP2A subunit B isoform R2- ...PP2A subunit B isoform B55-alpha / PP2A subunit B isoform PR55-alpha / PP2A subunit B isoform R2-alpha / PP2A subunit B isoform alpha


分子量: 52101.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPP2R2A / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P63151
#3: タンパク質 Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform / PP2A-alpha / Replication protein C / RP-C


分子量: 35831.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPP2CA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P67775, protein-serine/threonine phosphatase
#4: タンパク質・ペプチド B55i inhibitor peptide


分子量: 4229.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: PP2A-B55 and B55i complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 0.160 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: OTHER / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm
撮影電子線照射量: 1.004 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.21_5207 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 171051 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 3.5 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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