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- PDB-9n0b: Cryo-EM of spore appendage from Anaerovoracaceae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9n0b
タイトルCryo-EM of spore appendage from Anaerovoracaceae
要素spore filament protein subunit
キーワードPROTEIN FIBRIL / spore appendage / helical filament / protein polymer / helical
生物種Bacillota bacterium (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Bellis, N.F. / Baquero, D.P. / Egelman, E.H. / Krupovic, M. / Wang, F.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM138756 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM identifies F-ENA of Bacillus thuringiensis as a widespread family of endospore appendages across Firmicutes.
著者: Mike Sleutel / Adrià Sogues / Nani Van Gerven / Unni Lise Jonsmoen / Inge Van Molle / Marcus Fislage / Laurent Dirk Theunissen / Nathan F Bellis / Diana P Baquero / Edward H Egelman / Mart ...著者: Mike Sleutel / Adrià Sogues / Nani Van Gerven / Unni Lise Jonsmoen / Inge Van Molle / Marcus Fislage / Laurent Dirk Theunissen / Nathan F Bellis / Diana P Baquero / Edward H Egelman / Mart Krupovic / Fengbin Wang / Marina Aspholm / Han Remaut /
要旨: For over 100 years, Bacillus thuringiensis (Bt) has been used as an agricultural biopesticide to control pests caused by insect species in the orders of Lepidoptera, Diptera, and Coleoptera. Under ...For over 100 years, Bacillus thuringiensis (Bt) has been used as an agricultural biopesticide to control pests caused by insect species in the orders of Lepidoptera, Diptera, and Coleoptera. Under nutrient starvation, Bt cells differentiate into spores and associated toxin crystals that can adopt biofilm-like aggregates. We reveal that such Bt spore/toxin biofilms are embedded in a fibrous extrasporal matrix, and using cryoID, we resolved the structure and molecular identity of an uncharacterized type of pili, referred to here as Fibrillar ENdospore Appendages or F-ENA. F-ENA are monomolecular protein filaments anchored to the exosporium and tipped with a flexible fibrillum. Phylogenetic and structural analyses reveal that F-ENA are conserved in Bacilli and Clostridia, featuring head-neck domains with β-barrel necks that interlock via N-terminal hook peptides. In Bacillus, two collagen-like proteins (F-Anchor and F-BclA), respectively, tether F-ENA and form the distal tip. Sedimentation assays suggest F-ENA promotes spore clustering via F-BclA contacts and/or filament bundling.
履歴
登録2025年1月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: spore filament protein subunit
B: spore filament protein subunit
C: spore filament protein subunit
D: spore filament protein subunit
E: spore filament protein subunit
F: spore filament protein subunit
G: spore filament protein subunit
H: spore filament protein subunit
I: spore filament protein subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,6449
ポリマ－118,6449
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
spore filament protein subunit


分子量: 13182.613 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillota bacterium (バクテリア)
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: spore appendage / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Bacillota bacterium (バクテリア)
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.21.1_5286 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 74.43 ° / 軸方向距離/サブユニット: 71.17 Å / らせん対称軸の対称性: C3
3次元再構成解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 40641 / 対称性のタイプ: HELICAL
精密化最高解像度: 4.1 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0048370
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.611511
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.8851179
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0411512
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0051449

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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