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万見
- PDB-9mzx: Crystal structure of human RIPK1 with Compound 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9mzx
タイトルCrystal structure of human RIPK1 with Compound 1
要素Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 1
キーワードTRANSFERASE/INHIBITOR / Kinase / serine/threonine-protein kinase / Inhibitor / TRANSFERASE / TRANSFERASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ripoptosome assembly / positive regulation of miRNA processing / positive regulation of interleukin-6-mediated signaling pathway / ripoptosome assembly involved in necroptotic process / death domain binding / peptidyl-serine autophosphorylation / ripoptosome / Defective RIPK1-mediated regulated necrosis / Microbial modulation of RIPK1-mediated regulated necrosis / TRIF-mediated programmed cell death ...ripoptosome assembly / positive regulation of miRNA processing / positive regulation of interleukin-6-mediated signaling pathway / ripoptosome assembly involved in necroptotic process / death domain binding / peptidyl-serine autophosphorylation / ripoptosome / Defective RIPK1-mediated regulated necrosis / Microbial modulation of RIPK1-mediated regulated necrosis / TRIF-mediated programmed cell death / Regulation by c-FLIP / CASP8 activity is inhibited / Dimerization of procaspase-8 / TLR3-mediated TICAM1-dependent programmed cell death / TNF signaling / programmed necrotic cell death / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / positive regulation of macrophage differentiation / T cell apoptotic process / JUN kinase kinase kinase activity / necroptotic signaling pathway / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / death-inducing signaling complex / positive regulation of necroptotic process / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / negative regulation of necroptotic process / positive regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / death receptor binding / positive regulation of programmed cell death / positive regulation of programmed necrotic cell death / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / TNFR1-induced proapoptotic signaling / RIPK1-mediated regulated necrosis / TRP channels / necroptotic process / response to tumor necrosis factor / positive regulation of execution phase of apoptosis / canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / extrinsic apoptotic signaling pathway / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / signaling adaptor activity / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / Regulation of TNFR1 signaling / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of interleukin-8 production / positive regulation of JNK cascade / Regulation of necroptotic cell death / protein catabolic process / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / cellular response to growth factor stimulus / cellular response to hydrogen peroxide / positive regulation of protein phosphorylation / Ovarian tumor domain proteases / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of tumor necrosis factor production / cellular response to tumor necrosis factor / positive regulation of neuron apoptotic process / protein autophosphorylation / response to oxidative stress / amyloid fibril formation / Potential therapeutics for SARS / endosome membrane / receptor complex / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / Ub-specific processing proteases / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction / positive regulation of apoptotic process / inflammatory response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ubiquitin protein ligase binding / apoptotic process / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / protein-containing complex binding / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / mitochondrion / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RIP1, Death domain / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / : / Death-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine/threonine-protein kinase, active site ...RIP1, Death domain / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / : / Death-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / IODIDE ION / Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.53 Å
データ登録者Lesburg, C.A. / Palte, R.L. / Maskos, K. / Thomsen, M. / Lammens, A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2025
タイトル: The Discovery of Bridged Benzoazepine Amides as Selective Allosteric Modulators of RIPK1.
著者: Chen, J.L. / Methot, J.L. / Mitcheltree, M.J. / Musacchio, A. / Corcoran, E.B. / Feng, G. / Lammens, A. / Maskos, K. / Palte, R.L. / Rickard, M.M. / Otte, K.M. / Mansueto, M.S. / Venkat, S. / ...著者: Chen, J.L. / Methot, J.L. / Mitcheltree, M.J. / Musacchio, A. / Corcoran, E.B. / Feng, G. / Lammens, A. / Maskos, K. / Palte, R.L. / Rickard, M.M. / Otte, K.M. / Mansueto, M.S. / Venkat, S. / Sondey, C. / Thomsen, M. / Lesburg, C.A. / Fradera, X. / Fell, M.J. / DiMauro, E.F. / Siliphaivanh, P.
履歴
登録2025年1月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年5月28日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 1
B: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,11111
ポリマ－65,7322
非ポリマー1,3799
水46826
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.407, 101.124, 130.664
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 1 / Cell death protein RIP / Receptor-interacting protein 1 / RIP-1


分子量: 32866.012 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RIPK1, RIP, RIP1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q13546, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-A1BU4 / 1-[(2S,5S)-2,3-dihydro-2,5-methano-1,4-benzoxazepin-4(5H)-yl]-2,2-dimethylpropan-1-one


分子量: 245.317 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H19NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.44 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% (w/v) PEG3350; 6 mM Gly3; 0.01 m NaAcetate pH 4.75; 0.12 M Na3Citrate; 0.28 M NH4I

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9998 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.53→79.97 Å / Num. obs: 18320 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.2 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 2.53→79.97 Å / Num. unique obs: 890 / CC1/2: 0.408

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
autoPROCデータ削減
XDS(VERSION Jan 26データ削減
autoPROC(Version 1.1.7)データスケーリング
Aimlessデータスケーリング
REFMAC5.8.0155精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.53→79.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 27.875 / SU ML: 0.279 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.904 / ESU R Free: 0.342 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26284 832 4.4 %RANDOM
Rwork0.21493 ---
obs0.21707 18178 83.02 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 76.691 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.14 Å20 Å20 Å2
2--2.32 Å2-0 Å2
3----1.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.53→79.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4277 0 43 26 4346
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0194164
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.023989
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5341.9785660
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.24539094
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0815529
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.5324.403159
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.57815.058687
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.061515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2651
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214656
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02903
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.3646.1892130
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.3656.1882129
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.74910.442654
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.74710.4412655
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.2626.272034
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.2616.272035
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.48210.4713007
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.00855.0424377
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.00755.0444378
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 5852 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.04 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.535→2.6 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.261 5 -
Rwork0.299 85 -
obs--5.52 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.2291-1.25413.319110.5745-1.91513.1692-0.18920.90640.4845-0.7270.10980.0816-0.13740.27590.07940.1523-0.00430.02570.23050.01930.2242-5.36613.97912.776
20.4405-0.0518-0.55770.1334-0.72515.69340.04320.36080.1158-0.0383-0.1425-0.06490.04410.21890.09920.24040.00530.02910.41920.0550.2518-4.8537.3073.285
33.5125-0.54150.53924.19950.70745.44490.21750.2069-0.1122-0.0763-0.0468-0.19430.64430.5404-0.17060.1320.0721-0.08070.0690.01050.20194.807-11.03814.437
47.97194.4681-1.22857.3868-0.80291.6205-0.03460.3188-0.7665-0.17890.27150.08430.3964-0.1862-0.2370.25620.0034-0.10460.0718-0.01930.242-19.738-23.08137.063
510.6816.8509-2.18766.15691.6265.68330.39040.57570.0950.4239-0.177-0.04390.137-1.0986-0.21330.28280.0784-0.0420.26680.1110.4869-28.838-17.16142.92
62.51-1.6116-1.91165.55840.53345.95710.0607-0.17870.26560.17590.1455-0.0504-0.62680.1072-0.20610.2116-0.0094-0.01260.03170.02720.1416-12.3092.04344.979
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 95
2X-RAY DIFFRACTION2A155 - 170
3X-RAY DIFFRACTION3A96 - 154
4X-RAY DIFFRACTION3A188 - 294
5X-RAY DIFFRACTION4B6 - 95
6X-RAY DIFFRACTION5B155 - 170
7X-RAY DIFFRACTION6B96 - 154
8X-RAY DIFFRACTION6B188 - 294

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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