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万見
- PDB-9mzu: Structure of PorKN from Porphyromonas gingivalis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9mzu
タイトルStructure of PorKN from Porphyromonas gingivalis
要素
  • Gliding motility protein GldN
  • PorK
キーワードPROTEIN TRANSPORT / T9SS Type 9 Secretion System C33 assembly periplasmic assembly membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


formylglycine-generating oxidase activity
類似検索 - 分子機能
Gliding motility associated protein GldN / Gliding motility associated protein GldN / : / Sulfatase-modifying factor enzyme / Sulfatase-modifying factor enzyme 1-like domain / Sulfatase-modifying factor enzyme superfamily / C-type lectin fold / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-mannopyranose / Gliding motility protein GldN / Lipoprotein, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Lea, S.M. / Deme, J.C. / Berks, B.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: A central role for disulfide bonds in Bacteroidota protein transportation and gliding motility
著者: Liu, X. / Avaramova, M. / Deme, J.C. / Lundgren, C. / Jones, R.M. / Lea, S.M. / Berks, B.C.
履歴
登録2025年1月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月16日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月16日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月16日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月16日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月16日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月16日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月16日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月16日Data content type: Mask / Part number: 2 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月16日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PorK
B: Gliding motility protein GldN
C: PorK
D: Gliding motility protein GldN
E: PorK
F: Gliding motility protein GldN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)299,15621
ポリマ－293,0906
非ポリマー6,06515
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 2種, 6分子 ACEBDF

#1: タンパク質 PorK


分子量: 55967.539 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyromonas gingivalis (バクテリア) / 株: (strain ATCC BAA-308 / W83) / 参照: UniProt: Q7MXB7
#2: タンパク質 Gliding motility protein GldN


分子量: 41729.207 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyromonas gingivalis (バクテリア) / 株: (strain ATCC BAA-308 / W83) / 参照: UniProt: Q7MXB4

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糖 , 2種, 12分子

#3: 多糖
alpha-L-fucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranuronic acid-(1-2)-[alpha-L- ...alpha-L-fucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranuronic acid-(1-2)-[alpha-L-rhamnopyranose-(1-4)]alpha-D-mannopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 810.702 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-4DGlcpa1-4DGlcpAa1-2[LRhapa1-4]DManpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/5,5,4/[a1122h-1a_1-5][a2122A-1a_1-5][a2122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5][a2211m-1a_1-5]/1-2-3-4-5/a2-b1_a4-e1_b4-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Manp]{[(2+1)][a-D-GlcpA]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-L-Fucp]{}}}[(4+1)][a-L-Rhap]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 6分子

#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: PorKN / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 100 nm
撮影電子線照射量: 55 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: dev_5430 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 676608 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 2.4 Å / 交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00317988
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.48124429
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d8.3463117
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0412649
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0033147

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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