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- PDB-9mzt: F pilus filament from conjugative plasmid pED208 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9mzt
タイトルF pilus filament from conjugative plasmid pED208
要素Pilin
キーワードPROTEIN FIBRIL / Conjugative pili from pED208
機能・相同性TraA / TraA / extracellular region / plasma membrane / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / Pilin
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.11 Å
データ登録者Lea, S. / Deme, J. / Lungren, C.A.K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other government 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: F pilus filament from conjugative plasmid pED208
著者: Lea, S. / Deme, J. / Lungren, C.A.K.
履歴
登録2025年1月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pilin
B: Pilin
C: Pilin
D: Pilin
E: Pilin
F: Pilin
G: Pilin
H: Pilin
I: Pilin
J: Pilin
K: Pilin
L: Pilin
M: Pilin
N: Pilin
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P: Pilin
Q: Pilin
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S: Pilin
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Z: Pilin
a: Pilin
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p: Pilin
q: Pilin
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s: Pilin
t: Pilin
u: Pilin
v: Pilin
w: Pilin
x: Pilin
y: Pilin
z: Pilin
FA: Pilin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)403,667106
ポリマ－365,35053
非ポリマー38,31753
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
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30given(0.998631288888, -0.052302283616, 0.000141358893263), (0.0523022628404, 0.99863128918, 0.000146877434786), (-0.000148847439067, -0.000139283012019, 0.999999979222)10.100987464, -9.65818267253, -60.3753155247
31given(-0.996370256234, -0.0851003327215, 0.00206054926727), (0.0850982937047, -0.996371999381, -0.0010579500206), (0.00214310549201, -0.000878760706365, 0.999997317436)389.594046861, 358.531833672, -48.6436031213
32given(-0.387710060689, 0.921781378007, -8.2263477289E-7), (-0.921781378007, -0.387710060688, 3.55821615286E-7), (9.04596114163E-9, 8.96245034608E-7, 1)87.3633638155, 432.87391095, -48.3441476634
33given(-0.227849969698, -0.973696237139, -0.000170559713916), (0.973696237945, -0.227849933052, -0.000210283349983), (0.000165890087214, -0.000213986406706, 0.999999963345)412.801930193, 47.6916972434, -48.3436656686
34given(0.756913591681, 0.653514968921, 1.1169514257E-5), (-0.653514968292, 0.756913589926, 6.00239289519E-5), (3.07721789296E-5, -5.27323724052E-5, 0.999999998136)-76.8814030902, 167.982078856, -48.3400815437
35given(0.904794330432, 0.425848779533, 0.000191282103091), (-0.425848796876, 0.904794340528, 5.95567578477E-5), (-0.000147708791679, -0.000135343870305, 0.999999979932)-61.9820078027, 97.5520973973, -72.462203362
36given(-0.00888871203025, -0.999960124918, -0.000859867608644), (0.999958201218, -0.00888684668654, -0.00214936589691), (0.00214163867916, -0.00087893676173, 0.999997320423)376.794157545, 2.2464602808, -84.9012725492
37given(-0.95413088628, -0.299389799169, -9.27592675447E-7), (0.29938979916, -0.954130886268, 5.29073234264E-6), (-2.46903611504E-6, 4.77033935435E-6, 0.999999999986)422.412372787, 310.124598401, -84.6022787201
38given(0.947978257637, -0.318334998402, -0.000227685134333), (0.318335034521, 0.947978261835, 0.000144513482374), (0.00016983685871, -0.000209475794324, 0.999999963638)69.5130422546, -50.0625815182, -84.6032344246
39given(-0.579504690633, 0.814968900894, 6.41172867912E-5), (-0.814968902709, -0.579504691614, -3.93184906242E-6), (3.39519338002E-5, -5.45321198354E-5, 0.999999997937)143.258103485, 448.755913355, -84.5984306729
40given(-0.338958600798, 0.940801287463, 6.67298560421E-5), (-0.940801278411, -0.338958584781, -0.000179840821262), (-0.000146575818615, -0.000123738127014, 0.999999981602)74.5456359866, 427.304532402, -108.722363975
41given(0.464732271531, -0.885449477668, -0.00177152333816), (0.885448653338, 0.464734823791, -0.00149193057219), (0.00214431773226, -0.000875244670345, 0.999997317921)266.804374478, -65.2513902459, -96.9884317727
42given(-0.699361340948, -0.714768294465, -3.89621740253E-6), (0.714768294471, -0.699361340953, -3.69252078166E-7), (-2.46093414914E-6, -3.04313329623E-6, 0.999999999992)452.507818174, 184.514693994, -96.6869690424
43given(0.985876957975, 0.1674712139, -0.000127467595114), (-0.167471181516, 0.985876944301, 0.000232503882726), (0.000164605070645, -0.00020787307186, 0.999999964847)-28.7214104784, 33.8690980042, -96.688410534
44given(-0.895856556581, 0.444343366763, 4.94432492248E-5), (-0.444343368499, -0.895856556511, -3.20681933696E-5), (3.00447699854E-5, -5.06982811979E-5, 0.999999998263)272.011676694, 438.614034847, -96.6842721535
45given(-0.743345507508, 0.668907658885, -1.87706774116E-5), (-0.668907642265, -0.743345494758, -0.000203820191558), (-0.000150289985656, -0.000138952974163, 0.999999979052)201.31878172, 452.186690837, -120.805067849
46given(0.828018204763, -0.560696630025, -0.00226752286608), (0.560697110157, 0.828020846517, -0.000477906884108), (0.00214551698246, -0.000875677918004, 0.999997314969)137.97136234, -72.7568403256, -109.074603353
47given(-0.278537963065, -0.960425219958, 1.95959171147E-7), (0.960425219957, -0.278537963064, 1.34369746092E-6), (-1.23593886109E-6, 5.62474883792E-7, 0.999999999999)419.66512531, 59.5946034977, -108.773837741
48given(0.789677089347, 0.61352269273, 8.05536180323E-6), (-0.613522672111, 0.789677059264, 0.000269957989912), (0.000159264218475, -0.000218121786818, 0.999999963529)-75.6290211821, 154.262955751, -108.771583775
49given(-0.999494219558, -0.0318010076075, 3.14011141048E-5), (0.0318010057433, -0.999494218417, -5.81793563774E-5), (3.32353941544E-5, -5.71513433868E-5, 0.999999997815)380.686009604, 368.827508864, -108.769852617
50given(-0.971215562119, 0.238202264665, -0.000114048127954), (-0.238202243941, -0.971215559018, -0.00017001070259), (-0.00015126225072, -0.000137950520086, 0.999999979045)324.797272155, 414.200163561, -132.891033647
51given(0.994699093295, -0.102804527047, -0.00222328944559), (0.10280619275, 0.994701194702, 0.000648066537554), (0.00214488449381, -0.000873199120584, 0.999997318493)20.8845629652, -18.4833987199, -121.160881312

-
要素

#1: タンパク質 ...
Pilin


分子量: 6893.391 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P12060
#2: 化合物...
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: HELICAL ARRAY / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Complex of an assembled conjugative pili from plasmid pED208
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.15
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 54 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2PHENIXdev_5430モデル精密化
5SIMPLECTF補正
10cryoSPARC初期オイラー角割当
11cryoSPARC最終オイラー角割当
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.11 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 638176
詳細: helical reconstruction with cryoSPARC Helical Twist: 28.203 degrees Helical Rise: 12.086 Angstroms Helical Symmetry Order: 6.000
対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 38.61 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00728302
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.698437736
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.05024876
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00664187
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d26.02425991
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2IBDELECTRON MICROSCOPYNCS constraints3.48295954389E-12
ens_1d_3IBDELECTRON MICROSCOPYNCS constraints6.58818821699E-13
ens_1d_4IBDELECTRON MICROSCOPYNCS constraints9.74325907236E-11
ens_1d_5IBDELECTRON MICROSCOPYNCS constraints2.05452273599E-13
ens_1d_6IBDELECTRON MICROSCOPYNCS constraints2.90997516252E-10
ens_1d_7IBDELECTRON MICROSCOPYNCS constraints2.4283256067E-12
ens_1d_8IBDELECTRON MICROSCOPYNCS constraints5.9140304825E-11
ens_1d_9IBDELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.08262808392E-10
ens_1d_10IBDELECTRON MICROSCOPYNCS constraints2.10593472638E-10
ens_1d_11IBDELECTRON MICROSCOPYNCS constraints2.30866114303E-13
ens_1d_12IBDELECTRON MICROSCOPYNCS constraints2.42697331204E-13
ens_1d_13IBDELECTRON MICROSCOPYNCS constraints2.10284661375E-10
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ens_1d_41IBDELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.28029949444E-13
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ens_1d_52IBDELECTRON MICROSCOPYNCS constraints3.00132411203E-12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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