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- PDB-9mzb: X-ray crystallographic structure of Orf9b Apo Homodimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9mzb
タイトルX-ray crystallographic structure of Orf9b Apo Homodimer
要素ORF9b protein
キーワードVIRAL PROTEIN / Refolded / Apo-Homodimer / Type-1 Interferon Suppressor / Fold-switcher
機能・相同性
機能・相同性情報


Translation of Accessory Proteins / outer mitochondrial membrane protein complex / negative regulation of defense response to virus / positive regulation of autophagosome assembly / negative regulation of mitochondrial fission / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / protein sequestering activity / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / mitochondrial membrane ...Translation of Accessory Proteins / outer mitochondrial membrane protein complex / negative regulation of defense response to virus / positive regulation of autophagosome assembly / negative regulation of mitochondrial fission / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / protein sequestering activity / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / mitochondrial membrane / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Protein 9b, Betacoronavirus / Protein 9b, SARS-CoV / Betacoronavirus lipid binding protein / Sarbecovirus 9b domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
GLYCINE / ORF9b protein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者San Felipe, C.J. / Fraser, J.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19AI171110 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: X-ray Crystallographic Structure of Refolded Apo-Orf9b Homodimer
著者: San Felipe, C.J. / Fraser, J.S.
履歴
登録2025年1月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ORF9b protein
B: ORF9b protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6923
ポリマ－21,6172
非ポリマー751
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2950 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area10110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.280, 75.280, 80.210
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質 ORF9b protein / ORF9b / Accessory protein 9b / ORF-9b / Protein 9b


分子量: 10808.636 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: 9b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: P0DTD2
#2: 化合物 ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシン


タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.47 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1.2M Sodium Phosphate, 0.8M Potassium Phosphate, 0.2M Lithium Sulfate, and 0.1M Glycine pH 10.5

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データ収集

回折平均測定温度: 193.15 K / Ambient temp details: Cryogenic / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.116 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.116 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→37.64 Å / Num. obs: 12518 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 97.42 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06155 / Rpim(I) all: 0.03073 / Rrim(I) all: 0.06893 / Net I/σ(I): 11.49
反射 シェル解像度: 2.8→2.91 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 1.187 / Mean I/σ(I) obs: 0.93 / Num. unique obs: 1367 / CC1/2: 0.319 / CC star: 0.696 / Rpim(I) all: 0.7572 / Rrim(I) all: 1.414 / % possible all: 98.06

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.1_5286精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→37.64 Å / SU ML: 0.6145 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 50.012
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3414 1248 9.98 %
Rwork0.2856 11263 -
obs0.2914 12511 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 129.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→37.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1168 0 5 1 1174
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00571183
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8431602
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0502210
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009197
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.2418454
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.910.44261380.42591226X-RAY DIFFRACTION98.06
2.91-3.040.44111340.37991282X-RAY DIFFRACTION100
3.04-3.20.43261420.3571223X-RAY DIFFRACTION100
3.2-3.40.481470.40581269X-RAY DIFFRACTION100
3.4-3.670.42461380.3721242X-RAY DIFFRACTION100
3.67-4.030.36181440.32441244X-RAY DIFFRACTION100
4.04-4.620.35171430.26681252X-RAY DIFFRACTION100
4.62-5.80.31181270.23491272X-RAY DIFFRACTION99.64
5.82-37.640.28091350.24711253X-RAY DIFFRACTION99.57
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 22.3149426092 Å / Origin y: -29.4025059655 Å / Origin z: -14.6729628711 Å
111213212223313233
T0.544435364076 Å2-0.126181380801 Å2-0.132572402604 Å2-0.71634705581 Å2-0.140933295824 Å2--0.771568758771 Å2
L9.21758057428 °2-4.48905561347 °2-4.6296323822 °2-7.24025629122 °21.88465686473 °2--4.42197339773 °2
S-0.264641144548 Å °-0.13089238344 Å °0.528448070443 Å °0.43529050625 Å °0.203722537003 Å °0.484807343706 Å °0.167015568377 Å °-0.140067119431 Å °-0.0362787541035 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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