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- PDB-9mza: Chemically Hijacked BCL6-TCIP3-p300 Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9mza
タイトルChemically Hijacked BCL6-TCIP3-p300 Complex
要素
  • B-cell lymphoma 6 protein
  • Histone acetyltransferase p300
キーワードTRANSCRIPTION / BCL6 / transcription factor / TCIP / small molecule / p300 / acetyltransferase / bromodomain / BTB domain / therapeutics
機能・相同性
機能・相同性情報


behavioral defense response / negative regulation of protein oligomerization / peptidyl-lysine propionylation / histone lactyltransferase (CoA-dependent) activity / peptidyl-lysine crotonylation / peptidyl-lysine butyrylation / histone butyryltransferase activity / swimming / peptide butyryltransferase activity / regulation of tubulin deacetylation ...behavioral defense response / negative regulation of protein oligomerization / peptidyl-lysine propionylation / histone lactyltransferase (CoA-dependent) activity / peptidyl-lysine crotonylation / peptidyl-lysine butyrylation / histone butyryltransferase activity / swimming / peptide butyryltransferase activity / regulation of tubulin deacetylation / histone H3K122 acetyltransferase activity / histone H2B acetyltransferase activity / internal protein amino acid acetylation / peptide 2-hydroxyisobutyryltransferase activity / histone crotonyltransferase activity / protein propionyltransferase activity / NOTCH2 intracellular domain regulates transcription / thigmotaxis / L-lysine N-acetyltransferase activity, acting on acetyl phosphate as donor / positive regulation of TORC2 signaling / internal peptidyl-lysine acetylation / histone H4 acetyltransferase activity / cellular response to L-leucine / histone H3 acetyltransferase activity / NFE2L2 regulating ER-stress associated genes / acetylation-dependent protein binding / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / NFE2L2 regulating inflammation associated genes / NGF-stimulated transcription / regulation of memory T cell differentiation / negative regulation of mitotic cell cycle DNA replication / intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of plasma cell differentiation / negative regulation of T-helper 2 cell differentiation / isotype switching to IgE isotypes / N-terminal peptidyl-lysine acetylation / histone H3K18 acetyltransferase activity / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / NFE2L2 regulates pentose phosphate pathway genes / histone H3K27 acetyltransferase activity / negative regulation of mast cell cytokine production / regulation of germinal center formation / negative regulation of mononuclear cell proliferation / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / Polo-like kinase mediated events / NFE2L2 regulating MDR associated enzymes / host-mediated activation of viral transcription / TGFBR3 expression / regulation of androgen receptor signaling pathway / paraspeckles / regulation of mitochondrion organization / plasma cell differentiation / germinal center formation / regulation of immune system process / Regulation of gene expression in late stage (branching morphogenesis) pancreatic bud precursor cells / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / RUNX3 regulates NOTCH signaling / pyramidal neuron differentiation / NOTCH4 Intracellular Domain Regulates Transcription / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Regulation of NFE2L2 gene expression / type 2 immune response / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / face morphogenesis / platelet formation / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / regulation of glycolytic process / positive regulation of regulatory T cell differentiation / T-helper 2 cell differentiation / TRAF6 mediated IRF7 activation / positive regulation of cell motility / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / negative regulation of B cell apoptotic process / megakaryocyte development / protein-lysine-acetyltransferase activity / nuclear androgen receptor binding / acyltransferase activity / STAT family protein binding / protein acetylation / negative regulation of Rho protein signal transduction / Formation of paraxial mesoderm / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / acetyltransferase activity / FOXO-mediated transcription of cell death genes / erythrocyte development / PI5P Regulates TP53 Acetylation / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / fat cell differentiation / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / Zygotic genome activation (ZGA) / regulation of cell differentiation / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / regulation of T cell proliferation / B cell proliferation / negative regulation of cellular senescence / histone acetyltransferase complex / RUNX3 regulates p14-ARF / negative regulation of cell-matrix adhesion
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / : / Histone acetyltransferase p300-like, PHD domain ...Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / : / Histone acetyltransferase p300-like, PHD domain / Coactivator CBP, KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / CBP/p300-type histone acetyltransferase domain / CBP/p300, atypical RING domain superfamily / KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / KIX domain profile. / CBP/p300-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / Histone acetyltransferase Rtt109/CBP / Histone acetylation protein / Histone acetylation protein / Coactivator CBP, KIX domain superfamily / Zinc finger ZZ-type signature. / Zinc-binding domain, present in Dystrophin, CREB-binding protein. / Zinc finger, ZZ type / Zinc finger, ZZ-type / Zinc finger, ZZ-type superfamily / Zinc finger ZZ-type profile. / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Zinc finger, C2H2 type / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Zinc finger C2H2-type / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
: / B-cell lymphoma 6 protein / Histone acetyltransferase p300
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Hinshaw, S.M. / Gray, N.S. / Nix, M.N. / Gourisankar, S. / Martinez, M. / Crabtree, G.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)5R01CA276167-02 米国
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2025
タイトル: A Bivalent Molecular Glue Linking Lysine Acetyltransferases to Oncogene-induced Cell Death.
著者: Nix, M.N. / Gourisankar, S. / Sarott, R.C. / Dwyer, B.G. / Nettles, S.A. / Martinez, M.M. / Abuzaid, H. / Yang, H. / Wang, Y. / Simanauskaite, J.M. / Romero, B.A. / Jones, H.M. / Krokhotin, A. ...著者: Nix, M.N. / Gourisankar, S. / Sarott, R.C. / Dwyer, B.G. / Nettles, S.A. / Martinez, M.M. / Abuzaid, H. / Yang, H. / Wang, Y. / Simanauskaite, J.M. / Romero, B.A. / Jones, H.M. / Krokhotin, A. / Lowensohn, T.N. / Chen, L. / Low, C. / Davis, M.M. / Fernandez, D. / Zhang, T. / Green, M.R. / Hinshaw, S.M. / Gray, N.S. / Crabtree, G.R.
履歴
登録2025年1月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: B-cell lymphoma 6 protein
B: Histone acetyltransferase p300
C: B-cell lymphoma 6 protein
D: Histone acetyltransferase p300
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,7806
ポリマ－63,5074
非ポリマー2,2732
水7,710428
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: fluorescence resonance energy transfer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.388, 94.790, 97.616
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
32B
42D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111SERSERALAALAAA7 - 1276 - 126
211SERSERALAALACC7 - 1276 - 126
322ILEILEGLNGLNBB1048 - 115832 - 142
422ILEILEGLNGLNDD1048 - 115832 - 142

NCSアンサンブル:
ID詳細
1Local NCS retraints between domains: 1 2
2Local NCS retraints between domains: 3 4

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要素

#1: タンパク質 B-cell lymphoma 6 protein / BCL-6 / B-cell lymphoma 5 protein / BCL-5 / Protein LAZ-3 / Zinc finger and BTB domain-containing ...BCL-6 / B-cell lymphoma 5 protein / BCL-5 / Protein LAZ-3 / Zinc finger and BTB domain-containing protein 27 / Zinc finger protein 51


分子量: 14626.913 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL6, BCL5, LAZ3, ZBTB27, ZNF51 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P41182
#2: タンパク質 Histone acetyltransferase p300 / p300 HAT / E1A-associated protein p300 / Histone butyryltransferase p300 / Histone ...p300 HAT / E1A-associated protein p300 / Histone butyryltransferase p300 / Histone crotonyltransferase p300 / Protein 2-hydroxyisobutyryltransferase p300 / Protein lactyltransferas p300 / Protein propionyltransferase p300


分子量: 17126.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EP300, P300 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q09472, histone acetyltransferase, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#3: 化合物 ChemComp-A1BUC / 1-{1-[5-({1-[5-chloro-4-({8-methoxy-1-methyl-3-[2-(methylamino)-2-oxoethoxy]-2-oxo-1,2-dihydroquinolin-6-yl}amino)pyrimidin-2-yl]piperidine-4-carbonyl}amino)pentanoyl]piperidin-4-yl}-3-[(6M)-7-(difluoromethyl)-6-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)-3,4-dihydroquinolin-1(2H)-yl]-N-methyl-1,4,6,7-tetrahydro-5H-pyrazolo[4,3-c]pyridine-5-carboxamide


分子量: 1136.685 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C56H68ClF2N15O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 428 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.79 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.15 M DL-Malic acid pH 7.0, PEG 3,350 20%

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年11月15日
詳細: Rh coated flat bent M0, toroidal focusing post-monochromator M1
放射モノクロメーター: Si(111) and Si(220) double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→60.16 Å / Num. obs: 47662 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.122 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 2.01→2.06 Å / Rmerge(I) obs: 1.764 / Num. unique obs: 3471 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0430精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→60 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 10.971 / SU ML: 0.239 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.212 / ESU R Free: 0.2 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2765 2021 4.854 %
Rwork0.2175 39619 -
all0.22 --
obs-41640 98.933 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 47.937 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.775 Å20 Å20 Å2
2---4.123 Å20 Å2
3----2.652 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→60 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3884 0 162 428 4474
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0124172
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0163964
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7091.8315669
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.571.7619118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3895472
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg18.8337.24158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.13110732
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg14.33910199
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2607
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024869
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02979
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2370.21078
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1990.24062
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1930.22105
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.080.22288
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.230.2330
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.1240.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.0850.222
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1780.252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1190.219
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.6674.9641888
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.6674.9651888
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.6988.8922357
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.6988.8942358
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.5775.462284
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.5775.462284
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.5569.8033311
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.5559.8023312
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it11.366217898
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other11.34761.91917496
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.0810.053987
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_20.10.053956
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.081430.05009
12CX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.081430.05009
23BX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.100280.0501
24DX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.100280.0501
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.1540.4131500.4582869X-RAY DIFFRACTION98.0513
2.154-2.2130.4081490.4252782X-RAY DIFFRACTION98.191
2.213-2.2780.4081480.3842727X-RAY DIFFRACTION99.3092
2.278-2.3480.3321480.3532654X-RAY DIFFRACTION99.3617
2.348-2.4240.371310.3332595X-RAY DIFFRACTION99.2717
2.424-2.5090.3371220.3012506X-RAY DIFFRACTION99.4701
2.509-2.6040.2651250.272442X-RAY DIFFRACTION99.612
2.604-2.710.3461120.2442348X-RAY DIFFRACTION99.1136
2.71-2.830.3291050.2482195X-RAY DIFFRACTION96.5575
2.83-2.9680.3071290.2062143X-RAY DIFFRACTION99.7804
2.968-3.1280.2571050.1982043X-RAY DIFFRACTION99.7215
3.128-3.3170.2511210.1991935X-RAY DIFFRACTION99.7574
3.317-3.5460.271690.1941881X-RAY DIFFRACTION99.8975
3.546-3.8290.23910.1681706X-RAY DIFFRACTION99.4466
3.829-4.1920.238660.1371540X-RAY DIFFRACTION95.8234
4.192-4.6840.194730.1271448X-RAY DIFFRACTION99.6723
4.684-5.4040.187730.1311282X-RAY DIFFRACTION99.486
5.404-6.6050.278480.1671101X-RAY DIFFRACTION99.1372
6.605-9.2850.308240.134878X-RAY DIFFRACTION97.4082
9.285-600.2310.164532X-RAY DIFFRACTION99.2945

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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