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- PDB-9myq: Mini-alphaA crystallin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9myq
タイトルMini-alphaA crystallin
要素Alpha-crystallin A(1-162) peptide
キーワードCHAPERONE / Crystallin / Small heat shock protein / intrinsically disordered
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of intracellular transport / embryonic camera-type eye morphogenesis / apoptotic process involved in morphogenesis / lens fiber cell morphogenesis / tubulin complex assembly / structural constituent of eye lens / lens development in camera-type eye / response to UV-A / microtubule-based process / visual perception ...negative regulation of intracellular transport / embryonic camera-type eye morphogenesis / apoptotic process involved in morphogenesis / lens fiber cell morphogenesis / tubulin complex assembly / structural constituent of eye lens / lens development in camera-type eye / response to UV-A / microtubule-based process / visual perception / actin filament organization / mitochondrion organization / response to hydrogen peroxide / unfolded protein binding / response to heat / protein refolding / positive regulation of cell growth / response to hypoxia / protein stabilization / negative regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / structural molecule activity / protein-containing complex / nucleoplasm / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Alpha-crystallin, N-terminal / Alpha crystallin A chain, N terminal / Alpha crystallin/Small heat shock protein, animal type / Hsp20/alpha crystallin family / Small heat shock protein (sHSP) domain profile. / Alpha crystallin/Hsp20 domain / HSP20-like chaperone
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-crystallin A chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Sroge, C.D. / Padilla, M.S.T.L. / Zhu, J. / Martin, R.W.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Eye Institute (NIH/NEI)T32EY032448 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM144964 米国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2025
タイトル: Mini-alpha A-crystallin protects a client lens protein from catastrophic aggregation due to heat stress.
著者: Sroge, C. / Suk, J. / Zhu, J. / Padilla, M.S.T.L. / Baca, C.F. / Butts, C.T. / Martin, R.W.
履歴
登録2025年1月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年7月2日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-crystallin A(1-162) peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,2671
ポリマ－2,2671
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)7 / 20structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Alpha-crystallin A(1-162) peptide


分子量: 2266.674 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02489
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D TOCSY
121isotropic22D NOESY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 975 uM Mini-alphaA crystallin, 200 uM Sodium trimethylsilylpropanesulfonate, 20 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O
Label: Natural Abundance / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
975 uMMini-alphaA crystallinnatural abundance1
200 uMSodium trimethylsilylpropanesulfonatenatural abundance1
20 mMsodium phosphatenatural abundance1
試料状態イオン強度: 20 Sodium Phosphate mM / Label: pH 7, 298K / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001Cryo probe attached
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospinデータ解析
CcpNmr AnalysisCCPNデータ解析
CcpNmr AnalysisCCPNchemical shift assignment
ARIALinge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 5 / 詳細: simulated annealing
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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