PDB-9mxi: Crystal Structure of synthetic antibody, COP-2, in complex with t...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9mxi

タイトル

Crystal Structure of synthetic antibody, COP-2, in complex with the C-terminal domain of Clostridium perfringens Enterotoxin

要素

COP-2 antibody heavy chain
COP-2 antibody light chain
Heat-labile enterotoxin B chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM/TOXIN / ENTEROTOXIN / SYNTHETIC ANTIBODY / TOXIN / IMMUNE SYSTEM-TOXIN complex

機能・相同性

Clostridium enterotoxin / Clostridium enterotoxin / toxin activity / extracellular region / Heat-labile enterotoxin B chain

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Ogbu, C.P. / Kapoor, S. / Vecchio, A.J.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R35GM138368	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01GM117372	米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of synthetic antibody, COP-2, in complex with the C-terminal domain of Clostridium perfringens Enterotoxin
著者: Ogbu, C.P. / Kapoor, S. / Vecchio, A.J.

履歴

登録	2025年1月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年2月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9mxi.cif.gz	666.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9mxi.ent.gz	550.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9mxi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mx/9mxi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mx/9mxi	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	SASBDB: SASDSJ9associated SAS data

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

B: COP-2 antibody light chain

D: COP-2 antibody light chain

G: Heat-labile enterotoxin B chain

H: Heat-labile enterotoxin B chain

I: Heat-labile enterotoxin B chain

A: COP-2 antibody heavy chain

C: COP-2 antibody heavy chain

E: COP-2 antibody heavy chain

F: COP-2 antibody light chain

ヘテロ分子

208 kDa, 9 ポリマー
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1

B: COP-2 antibody light chain

A: COP-2 antibody heavy chain

ヘテロ分子

H: Heat-labile enterotoxin B chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, gel filtration
69.3 kDa, 3 ポリマー
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2

D: COP-2 antibody light chain

C: COP-2 antibody heavy chain

ヘテロ分子

I: Heat-labile enterotoxin B chain

ヘテロ分子

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69.3 kDa, 3 ポリマー
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3

G: Heat-labile enterotoxin B chain

E: COP-2 antibody heavy chain

F: COP-2 antibody light chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
69.3 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	110.929, 197.434, 115.056
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.54, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121

#1: 抗体	COP-2 antibody light chain 分子量: 26053.135 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pRH2.2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
#2: タンパク質	Heat-labile enterotoxin B chain 分子量: 15114.945 Da / 分子数: 3 / Fragment: C-terminal domain (UNP residues 192-319) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium perfringens (ウェルシュ菌) 遺伝子: cpe / プラスミド: pFastBac1 / 細胞株 (発現宿主): Tn5 Expression Systems / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P01558
#3: 抗体	COP-2 antibody heavy chain 分子量: 27799.080 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pRH2.2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 596 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.13 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6 詳細: 200 mM sodium chloride, 1.75 M ammonium sulfate, and 100 mM sodium cacodylate pH 6.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033167 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.033167 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 116945 / % possible obs: 96.82 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 27.05 Å² / CC_1/2: 0.989 / CC star: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.09232 / R_pim(I) all: 0.09232 / R_rim(I) all: 0.1306 / Net I/σ(I): 5.15
反射シェル	解像度: 2.2→2.279 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 1.449 / Mean I/σ(I) obs: 0.85 / Num. unique obs: 23320 / CC_1/2: 0.378 / CC star: 0.741 / % possible all: 94.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
DIALS	0.82	データ削減
Aimless		データスケーリング
pointless		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→29.662 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.26 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2328	5910	5.18 %
R_work	0.1818	-	-
obs	0.1845	114047	96.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.662 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12695	0	72	598	13365

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	13160
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.712	17900
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.126	7783
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	1996
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2263

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.225	0.3313	174	0.2776	3563	X-RAY DIFFRACTION	95
2.225-2.2512	0.3096	185	0.2653	3546	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2512-2.2786	0.327	180	0.2726	3492	X-RAY DIFFRACTION	94
2.2786-2.3074	0.3126	183	0.2834	3408	X-RAY DIFFRACTION	92
2.3074-2.3378	0.3076	216	0.2477	3528	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3378-2.3698	0.2838	193	0.2402	3740	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3698-2.4036	0.313	202	0.2435	3642	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4036-2.4395	0.2952	224	0.2387	3636	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4395-2.4776	0.2677	190	0.2336	3648	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4776-2.5182	0.3152	217	0.2246	3679	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5182-2.5616	0.2518	188	0.2163	3615	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5616-2.6081	0.2801	200	0.2164	3622	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6081-2.6583	0.2813	133	0.2189	3624	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6583-2.7125	0.2815	185	0.2095	3610	X-RAY DIFFRACTION	96
2.7125-2.7714	0.2605	169	0.2089	3528	X-RAY DIFFRACTION	94
2.7714-2.8359	0.26	194	0.2034	3423	X-RAY DIFFRACTION	92
2.8359-2.9067	0.2721	201	0.1991	3651	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9067-2.9852	0.2494	199	0.1936	3657	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9852-3.073	0.2473	200	0.1826	3690	X-RAY DIFFRACTION	98
3.073-3.1721	0.2305	203	0.1728	3646	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1721-3.2853	0.223	188	0.173	3679	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2853-3.4167	0.227	218	0.1628	3605	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4167-3.5719	0.1979	222	0.1507	3547	X-RAY DIFFRACTION	95
3.5719-3.7599	0.2017	209	0.1535	3432	X-RAY DIFFRACTION	93
3.7599-3.9949	0.1853	194	0.1508	3698	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9949-4.3026	0.1914	207	0.1371	3686	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3026-4.734	0.17	187	0.1226	3698	X-RAY DIFFRACTION	98
4.734-5.4154	0.1745	198	0.1349	3547	X-RAY DIFFRACTION	95
5.4154-6.8092	0.2166	256	0.1768	3617	X-RAY DIFFRACTION	98
6.8092-29.66	0.2172	195	0.1758	3680	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.4775	-0.9725	1.9181	2.4364	-0.5537	3.2045	0.0322	0.2691	-0.1267	-0.4131	-0.2321	-0.3738	0.1011	0.3061	0.1334	0.2499	0.0297	0.078	0.2599	0.0607	0.1756	7.561	14.3	14.134
2	2.3152	-0.7001	-0.6709	2.2079	-0.4964	0.9637	0.017	-0.1634	-0.0155	-0.0943	-0.1439	-0.3355	-0.0026	0.3264	0.0993	0.1882	-0.0122	0.0241	0.2636	0.0336	0.1507	6.292	18.303	19.511
3	5.4446	-2.2926	3.9396	7.4126	3.2855	7.9309	0.2309	0.3718	-1.9081	0.1934	-0.4269	-0.3365	1.2876	-0.4113	0.2496	0.4883	-0.0155	0.0899	0.6178	-0.0586	0.8353	16.518	-21.19	27.19
4	3.4629	4.8645	2.0883	6.9339	3.0447	1.3974	0.3152	0.2979	-0.0234	-0.3846	-0.3261	-0.0877	0.0993	-0.4629	-0.0016	0.3956	0.1243	0.071	0.6183	0.2525	0.5258	17.905	-4.702	21.494
5	7.8056	5.9635	0.2008	8.1852	-0.4053	5.0172	-0.2003	0.9023	-0.4459	-0.5652	0.217	-0.3002	0.4032	-0.4278	-0.0563	0.3365	0.0836	0.0552	0.5772	0.029	0.4815	13.004	-13.919	24.469
6	4.9597	0.0376	0.2349	9.8869	-0.8633	3.2547	-0.6046	1.8724	-0.7273	-2.5813	0.3617	-1.212	1.003	0.1299	0.2187	0.7442	0.0644	0.3209	1.156	-0.1589	0.5865	18.805	-11.009	15.335
7	4.2285	2.5056	0.3973	2.76	-1.8087	3.8737	0.0363	-0.3955	-0.0955	0.0777	0.0038	0.078	-0.1387	0.1264	-0.0096	0.1995	0.0339	0.0338	0.3397	-0.0006	0.1692	-5.106	12.048	39.706
8	5.9959	0.2685	0.3241	4.0538	-1.6934	2.9153	0.0103	-0.1352	-0.2305	0.0379	-0.0719	0.1772	-0.0501	0.0289	0.0333	0.133	0.0175	-0.0023	0.1831	0.0108	0.0817	-9.604	12.739	30.417
9	1.7731	-0.8104	-0.1329	5.2534	-1.6612	1.6421	0.0458	-0.3131	-0.0859	0.0915	-0.0888	0.1779	-0.0581	0.1161	0.0439	0.1469	-0.0031	0.0164	0.2332	0.0096	0.112	-4.276	13.273	31.394
10	1.6159	-3.4455	2.4101	8.7659	-5.1872	3.6258	0.0185	-0.1396	-0.2431	0.502	0.1451	-0.234	-0.1215	-0.1299	-0.1578	0.172	-0.0018	0.033	0.2189	0.0509	0.2466	-0.835	-6.282	41.252
11	3.7402	3.8657	0.23	6.4961	-2.87	3.8469	-0.7087	0.3611	-0.8857	-0.2768	0.0299	-0.5687	0.9108	0.9035	0.533	0.4951	0.268	0.1908	0.4309	0.0941	0.8166	24.041	-19.663	29.222
12	3.6542	-3.3198	-3.4111	3.0338	3.0425	3.1562	0.3134	-0.2475	-0.1004	-0.1081	-0.3351	-0.5265	-0.1299	0.5809	-0.0828	0.2787	-0.0159	0.0549	0.3891	0.1678	0.5828	15.261	-13.745	39.992
13	6.1401	-3.7724	4.148	3.6777	-0.2589	6.783	0.1035	-1.0771	-0.6304	0.3949	0.3164	-0.5314	0.5073	0.1561	-0.4086	0.3696	-0.0066	-0.0165	0.5566	0.291	0.773	24.354	-12.398	41.935
14	5.9662	-2.806	-1.988	2.0683	1.207	0.8914	0.2881	1.0164	0.0143	-0.2474	-0.4655	-0.5087	0.0927	0.2569	0.0373	0.2638	0.1175	0.0977	0.537	0.2328	0.6661	17.017	-12.68	34.827
15	8.1575	-4.0509	-3.2025	2.0881	1.6564	1.3872	-0.3946	-0.5395	-0.9604	0.1226	-0.1947	-0.618	0.7427	0.5427	0.3061	0.3014	0.1799	0.1277	0.5685	0.3537	0.9799	18.879	-21.575	43.196
16	4.7459	2.5181	1.8316	1.894	0.6212	0.9328	0.2699	-0.8444	0.8448	0.4832	0.1743	-0.7309	0.2119	0.3575	-0.3657	0.3037	0.0685	-0.2115	0.2393	-0.1197	0.7892	12.259	-37.601	66.25
17	2.9846	-0.0606	0.0726	0.2159	0.6553	2.7903	-0.0397	-0.0733	-0.222	0.3318	0.151	-0.7897	0.156	0.1821	-0.0896	0.2249	0.0179	-0.0881	0.1903	-0.0377	0.4787	4.668	-38.626	59.901
18	7.923	1.8568	0.3871	3.8729	0.2155	3.9669	0.0431	0.4302	-0.1452	-0.0909	0.2549	-1.0366	0.1861	0.323	-0.2336	0.2224	0.0212	-0.0155	0.1817	-0.1105	0.5256	8.078	-44.002	52.339
19	3.0393	-2.1617	0.3847	2.9765	1.3548	1.9031	-0.0283	-0.1436	-0.1339	0.1235	0.3474	-1.2265	-0.0453	0.0474	-0.242	0.2795	0.0924	-0.1227	0.2451	-0.1278	0.766	13.479	-40.931	59.621
20	3.3917	-0.5738	0.6931	2.3292	0.7929	2.1502	-0.0025	-0.2795	-0.0396	0.082	0.0501	-0.3952	0.0324	0.0034	-0.0536	0.201	0.0205	-0.0399	0.0795	0.0061	0.4073	1.399	-34.873	59.787
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 4:42 )	A	4 - 42
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3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 136:159 )	A	136 - 159
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 160:170 )	A	160 - 170
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 171:212 )	A	171 - 212
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 213:229 )	A	213 - 229
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 1:26 )	B	1 - 26
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 27:76 )	B	27 - 76
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 77:103 )	B	77 - 103
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 104:115 )	B	104 - 115
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN B AND RESID 116:130 )	B	116 - 130
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN B AND RESID 131:152 )	B	131 - 152
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN B AND RESID 153:165 )	B	153 - 165
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15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN B AND RESID 191:213 )	B	191 - 213
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN C AND RESID 4:20 )	C	4 - 20
17	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN C AND RESID 21:55 )	C	21 - 55
18	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN C AND RESID 56:76 )	C	56 - 76
19	X-RAY DIFFRACTION	19	( CHAIN C AND RESID 77:94 )	C	77 - 94
20	X-RAY DIFFRACTION	20	( CHAIN C AND RESID 95:135 )	C	95 - 135
21	X-RAY DIFFRACTION	21	( CHAIN C AND RESID 136:159 )	C	136 - 159
22	X-RAY DIFFRACTION	22	( CHAIN C AND RESID 160:193 )	C	160 - 193
23	X-RAY DIFFRACTION	23	( CHAIN C AND RESID 194:229 )	C	194 - 229
24	X-RAY DIFFRACTION	24	( CHAIN D AND RESID 2:26 )	D	2 - 26
25	X-RAY DIFFRACTION	25	( CHAIN D AND RESID 27:103 )	D	27 - 103
26	X-RAY DIFFRACTION	26	( CHAIN D AND RESID 104:115 )	D	104 - 115
27	X-RAY DIFFRACTION	27	( CHAIN D AND RESID 116:211 )	D	116 - 211
28	X-RAY DIFFRACTION	28	( CHAIN E AND RESID 3:20 )	E	3 - 20
29	X-RAY DIFFRACTION	29	( CHAIN E AND RESID 21:76 )	E	21 - 76
30	X-RAY DIFFRACTION	30	( CHAIN E AND RESID 77:94 )	E	77 - 94
31	X-RAY DIFFRACTION	31	( CHAIN E AND RESID 95:166 )	E	95 - 166
32	X-RAY DIFFRACTION	32	( CHAIN E AND RESID 167:183 )	E	167 - 183
33	X-RAY DIFFRACTION	33	( CHAIN E AND RESID 184:224 )	E	184 - 224
34	X-RAY DIFFRACTION	34	( CHAIN G AND RESID 201:216 )	G	201 - 216
35	X-RAY DIFFRACTION	35	( CHAIN G AND RESID 217:227 )	G	217 - 227
36	X-RAY DIFFRACTION	36	( CHAIN G AND RESID 228:302 )	G	228 - 302
37	X-RAY DIFFRACTION	37	( CHAIN G AND RESID 303:322 )	G	303 - 322
38	X-RAY DIFFRACTION	38	( CHAIN H AND RESID 200:217 )	H	200 - 217
39	X-RAY DIFFRACTION	39	( CHAIN H AND RESID 218:227 )	H	218 - 227
40	X-RAY DIFFRACTION	40	( CHAIN H AND RESID 228:302 )	H	228 - 302
41	X-RAY DIFFRACTION	41	( CHAIN H AND RESID 303:312 )	H	303 - 312
42	X-RAY DIFFRACTION	42	( CHAIN H AND RESID 313:321 )	H	313 - 321
43	X-RAY DIFFRACTION	43	( CHAIN I AND RESID 201:227 )	I	201 - 227
44	X-RAY DIFFRACTION	44	( CHAIN I AND RESID 228:258 )	I	228 - 258
45	X-RAY DIFFRACTION	45	( CHAIN I AND RESID 259:284 )	I	259 - 284
46	X-RAY DIFFRACTION	46	( CHAIN I AND RESID 285:321 )	I	285 - 321
47	X-RAY DIFFRACTION	47	( CHAIN F AND RESID 2:39 )	F	2 - 39
48	X-RAY DIFFRACTION	48	( CHAIN F AND RESID 40:103 )	F	40 - 103
49	X-RAY DIFFRACTION	49	( CHAIN F AND RESID 104:115 )	F	104 - 115
50	X-RAY DIFFRACTION	50	( CHAIN F AND RESID 116:149 )	F	116 - 149
51	X-RAY DIFFRACTION	51	( CHAIN F AND RESID 150:161 )	F	150 - 161
52	X-RAY DIFFRACTION	52	( CHAIN F AND RESID 162:209 )	F	162 - 209

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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