[日本語] English
万見
- PDB-9mvy: Crystal structure of ZMET2 in complex with unmethylated CTG DNA a... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9mvy
タイトルCrystal structure of ZMET2 in complex with unmethylated CTG DNA and a histone H3Kc9me2 peptide
要素
  • C49 ssDNA
  • DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1
  • Histone H3.2
  • ssDNA
キーワードTRANSFERASE / methylation complex / epigenetics / and DNA methyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


chromocenter / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity, acting on CpN substrates / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity, acting on CpNpG substrates / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / structural constituent of chromatin / nucleosome / methylation / protein heterodimerization activity ...chromocenter / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity, acting on CpN substrates / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity, acting on CpNpG substrates / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / structural constituent of chromatin / nucleosome / methylation / protein heterodimerization activity / chromatin binding / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, active site / C-5 cytosine-specific DNA methylases active site. / C-5 cytosine-specific DNA methylase (Dnmt) domain profile. / C-5 cytosine methyltransferase / C-5 cytosine-specific DNA methylase / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / Bromo adjacent homology domain ...: / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, active site / C-5 cytosine-specific DNA methylases active site. / C-5 cytosine-specific DNA methylase (Dnmt) domain profile. / C-5 cytosine methyltransferase / C-5 cytosine-specific DNA methylase / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / Bromo adjacent homology domain / BAH domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain superfamily / BAH domain profile. / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / DNA / DNA (> 10) / Histone H3.2 / DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Zea mays (トウモロコシ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.71 Å
データ登録者Herle, G. / Fang, J. / Song, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM119721 米国
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2025
タイトル: Structure of an Unfavorable de Novo DNA Methylation Complex of Plant Methyltransferase ZMET2.
著者: Herle, G. / Fang, J. / Song, J.
履歴
登録2025年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年5月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1
B: ssDNA
C: C49 ssDNA
D: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1
E: ssDNA
F: C49 ssDNA
G: Histone H3.2
H: Histone H3.2
I: Histone H3.2
P: Histone H3.2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)206,80212
ポリマ－206,03310
非ポリマー7692
水12,016667
1
A: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1
B: ssDNA
C: C49 ssDNA
H: Histone H3.2
P: Histone H3.2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,4016
ポリマ－103,0165
非ポリマー3841
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1
E: ssDNA
F: C49 ssDNA
G: Histone H3.2
I: Histone H3.2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,4016
ポリマ－103,0165
非ポリマー3841
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.515, 277.296, 64.479
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.26, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 BECF

#2: DNA鎖 ssDNA


分子量: 5562.654 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 C49 ssDNA


分子量: 5528.659 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 6分子 ADGHIP

#1: タンパク質 DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1 / Chromomethylase 1 / DNA cytosine methyltransferase MET2a / Zea methyltransferase2 / Zmet2


分子量: 85139.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / 遺伝子: MET2A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9AXT8, DNA (cytosine-5-)-methyltransferase
#4: タンパク質・ペプチド
Histone H3.2


分子量: 3392.999 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / 遺伝子: H3C2, H3C3, H3C4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P69246

-
非ポリマー , 2種, 669分子

#5: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 667 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.47 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M magnesium acetate, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 15% w/v polyethylene glycol 6,000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å
検出器タイプ: AGILENT ATLAS CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年9月8日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.71→48.4 Å / Num. obs: 59203 / % possible obs: 98.04 % / 冗長度: 2.8 % / CC1/2: 0.973 / Rmerge(I) obs: 0.147 / Net I/σ(I): 5.04
反射 シェル解像度: 2.71→2.78 Å / 冗長度: 2.8 % / Num. unique obs: 3959 / CC1/2: 0.199 / % possible all: 91.54

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.21.2_5419: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.71→48.4 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 26.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2714 2011 3.4 %
Rwork0.2267 --
obs0.2282 59203 98.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.71→48.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11257 1375 0 667 13299
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.619
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.2675004
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0441941
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052085
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.71-2.780.34331400.30663819X-RAY DIFFRACTION92
2.78-2.860.32791440.28584098X-RAY DIFFRACTION99
2.86-2.940.31241390.2674165X-RAY DIFFRACTION99
2.94-3.040.32821440.26844091X-RAY DIFFRACTION99
3.04-3.140.28171440.25294086X-RAY DIFFRACTION99
3.14-3.270.28491460.24194124X-RAY DIFFRACTION99
3.27-3.420.27951430.22434156X-RAY DIFFRACTION99
3.42-3.60.29071440.22354134X-RAY DIFFRACTION99
3.6-3.830.30461450.21974064X-RAY DIFFRACTION99
3.83-4.120.26891440.20734090X-RAY DIFFRACTION99
4.12-4.530.23361440.19264120X-RAY DIFFRACTION99
4.53-5.190.22571420.1944081X-RAY DIFFRACTION98
5.19-6.540.2281460.22844110X-RAY DIFFRACTION98
6.54-48.40.25661460.22214054X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.79-2.8743-0.33595.79080.79461.32730.05880.0337-0.3981-0.1904-0.11640.04670.15260.06750.09980.24160.02590.07520.39540.07750.324932.481-15.391913.147
21.60050.0562-0.18271.1262-0.09571.5955-0.0342-0.59720.47170.43430.0366-0.0948-0.40730.01560.02090.49260.06080.01160.4905-0.15630.34112.914720.34529.1376
31.4201-0.47230.23190.7089-0.3161.50790.051-0.001-0.04040.0065-0.03670.0709-0.1151-0.0923-0.02060.23440.05220.03980.265-0.0510.1984-5.36687.47095.0136
42.5809-1.0875-1.68686.53640.84864.10430.0661-0.71441.35990.8952-0.2047-0.5776-0.5365-0.41120.09631.0810.296-0.01610.3972-0.18170.734-5.645234.6859-0.2058
55.6899-1.54020.2574.93270.1643.85250.43260.1443-0.3248-0.3802-0.4607-0.67810.8342-0.2280.18640.7714-0.00230.11640.3617-0.01220.32125.215710.4484-10.524
63.0664-1.065-1.00914.8717-3.36583.43921.3488-0.0551-0.283-0.427-1.2386-0.30881.37330.0595-0.11861.7780.423-0.37031.8616-0.34441.21612.5507-8.888-22.1974
71.05850.67110.66342.1529-2.28035.05980.87881.4756-0.6234-0.8241-1.0074-0.83880.03620.40280.07051.33690.4260.1360.8056-0.03370.75768.2479-1.3145-20.3245
84.02730.8571-0.11331.47-1.32721.91970.054-0.00820.554-0.1833-0.1973-0.1047-0.7025-0.53130.1640.79160.1330.04240.39-0.12370.314-0.475222.4232-5.1182
91.7377-1.1321-0.72445.8131.92263.53480.1248-0.15620.29390.0265-0.05290.0307-0.5344-0.0756-0.00180.3212-0.0740.06830.3688-0.09130.3195.570399.301536.6283
101.54630.09240.44010.91550.26981.36670.00460.0914-0.22530.02780.0119-0.09770.10630.20430.00160.1630.02330.04980.3123-0.05330.26539.953472.57161.9316
112.56431.8315-0.11021.80681.37754.2498-0.0699-0.264-0.34010.9878-0.1080.12260.82450.07670.28940.39980.0779-0.01820.24860.14260.5129-9.419758.81321.438
123.17874.7817-3.88278.3732-4.59616.05830.22290.69621.5627-0.5336-0.27121.2761-1.1182-0.8317-0.02010.52630.2015-0.08090.7160.30311.1634-15.423885.90016.896
130.30620.00090.81670.33730.27432.39780.03210.19380.01330.0160.1437-0.1173-0.02170.0485-0.16491.4895-0.06260.35421.40210.1863.044-25.772591.88431.5979
143.9136-1.0180.46921.9634-1.9383.07840.0013-0.30580.0035-0.0669-0.43381.01430.32-0.44930.25480.24910.06070.01350.427-0.20980.5634-11.746166.13632.6685
159.44634.3367.06592.05473.4295.81980.5046-1.35450.210.0146-0.4540.745-0.9085-2.7114-0.04830.46790.19840.15120.91670.00180.9932-7.88998.76639.6767
164.03881.46672.54462.2923-0.49562.86950.8649-1.21181.19910.8091-0.728-0.4898-0.3211-2.6598-0.13960.7312-0.11870.24141.414-0.30170.7704-4.37698.04419.6072
176.3765-0.3861-0.35652.40590.42430.91710.38910.62020.9154-0.5235-0.1148-0.2483-0.5969-1.3585-0.350.56560.15590.40640.91190.03750.787-3.711695.98921.4519
184.25660.24631.84724.5422-6.91512-0.0218-0.95190.0280.81530.3135-0.8484-0.28232.1558-0.37651.1142-0.01420.0760.8116-0.42230.97832.972942.363137.5085
192-4.40266.62965.3423-3.94424.25141.0084-1.4708-0.64131.08750.22440.40280.4629-0.7797-1.25590.97450.0896-0.36910.6268-0.05280.954833.259941.202210.09
204.2919-4.2614.72954.237-4.83067.66930.49892.1647-1.0436-0.8208-0.27860.0889-0.13340.3551-0.22510.55950.15290.010.5747-0.2050.4637.6115-15.1855-0.1533
210.225-0.4386-0.74923.21410.61272.79890.23230.8453-0.60710.117-0.49040.16690.64170.92140.34370.53160.08850.25150.6019-0.00130.460711.8124-13.85941.3524
220.07-0.5145-0.70399.34843.69337.44780.3591.6053-1.277-0.3022-0.69651.740.8146-0.73230.38450.6354-0.0734-0.13140.5045-0.25910.6538-2.7328-12.2167-1.2241
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 133 through 300 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 301 through 518 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 519 through 885 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 5 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 6 through 15 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 16 through 18 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 2 through 6 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 7 through 18 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 134 through 289 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 290 through 887 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'E' and (resid 2 through 11 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'E' and (resid 12 through 16 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'E' and (resid 17 through 17 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'F' and (resid 3 through 18 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'G' and (resid 4 through 8 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'G' and (resid 10 through 16 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'G' and (resid 17 through 24 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'H' and (resid 5 through 10 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'I' and (resid 5 through 11 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'P' and (resid 4 through 8 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'P' and (resid 10 through 18 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'P' and (resid 19 through 24 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る