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- PDB-9mva: Mycobacterium abscessus Eis2 in complex with Non-hydrolyzable Coe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9mva
タイトルMycobacterium abscessus Eis2 in complex with Non-hydrolyzable CoenzymeA
要素Amikacin resistance N-acetyltransferase Eis2
キーワードANTIBIOTIC / Acetyl transferase
機能・相同性
機能・相同性情報


aminoglycoside antibiotic catabolic process / aminoglycoside N-acetyltransferase activity
類似検索 - 分子機能
N-acetyltransferase Eis / Enhanced intracellular survival protein domain / Eis-like, acetyltransferase domain / : / Sterol carrier protein domain / Acetyltransferase (GNAT) domain / Acetyltransferase (GNAT) domain / SCP2 sterol-binding domain superfamily / Acyl-CoA N-acyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Chem-SOP / Amikacin resistance N-acetyltransferase Eis2
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacteroides abscessus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Jayasinghe, T.D. / Coker, A.L. / Rajendra, T. / Miller, D. / Lee, R.E.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Mycobacterium abscessus Eis2 in complex with Non-hydrolyzable CoenzymeA
著者: Jayasinghe, T.D. / Coker, A.L. / Rajendra, T. / Miller, D. / Lee, R.E.
履歴
登録2025年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amikacin resistance N-acetyltransferase Eis2
B: Amikacin resistance N-acetyltransferase Eis2
C: Amikacin resistance N-acetyltransferase Eis2
D: Amikacin resistance N-acetyltransferase Eis2
E: Amikacin resistance N-acetyltransferase Eis2
F: Amikacin resistance N-acetyltransferase Eis2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)280,76365
ポリマ－271,6976
非ポリマー9,06659
水50,4782802
1
A: Amikacin resistance N-acetyltransferase Eis2
D: Amikacin resistance N-acetyltransferase Eis2
E: Amikacin resistance N-acetyltransferase Eis2
ヘテロ分子

A: Amikacin resistance N-acetyltransferase Eis2
D: Amikacin resistance N-acetyltransferase Eis2
E: Amikacin resistance N-acetyltransferase Eis2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)280,53362
ポリマ－271,6976
非ポリマー8,83656
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
2
B: Amikacin resistance N-acetyltransferase Eis2
C: Amikacin resistance N-acetyltransferase Eis2
F: Amikacin resistance N-acetyltransferase Eis2
ヘテロ分子

B: Amikacin resistance N-acetyltransferase Eis2
C: Amikacin resistance N-acetyltransferase Eis2
F: Amikacin resistance N-acetyltransferase Eis2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)280,99468
ポリマ－271,6976
非ポリマー9,29662
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)195.695, 209.587, 152.291
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-664-

HOH

21B-695-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Amikacin resistance N-acetyltransferase Eis2 / GNAT family N-acetyltransferase


分子量: 45282.855 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacteroides abscessus (バクテリア)
遺伝子: eis_2, D2E76_13785, DDJ47_01400, ERS075604_03569 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A418L6F2

-
非ポリマー , 7種, 2861分子

#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-SOP / [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINO-9H-PURIN-9-YL)-4-HYDROXY-3-(PHOSPHONOOXY)TETRAHYDROFURAN-2-YL]METHYL (3R)-3-HYDROXY-2,2-DIMETHYL-4-OXO-4-{[3-OXO-3-({2-[(2-OXOPROPYL)THIO]ETHYL}AMINO)PROPYL]AMINO}BUTYL DIHYDROGEN DIPHOSPHATE / S-(2-OXOPROPYL)-COENZYME A


分子量: 823.597 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H40N7O17P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2802 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.2 M MgCl2, 15% PEG400, 0.1 M HEPES pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER R 1M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年9月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→34.36 Å / Num. obs: 286623 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 16.16 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.169 / Rpim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / Num. unique obs: 126307 / CC1/2: 0.997 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.2_5419精密化
SCALEPACKデータスケーリング
autoPROCデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→34.36 Å / SU ML: 0.2209 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.7546
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2215 1382 0.48 %
Rwork0.1909 284513 -
obs0.1911 285895 99.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 19.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→34.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18742 0 569 2802 22113
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007519882
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.897727070
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0543007
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00873495
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.31937136
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.860.3351300.281828339X-RAY DIFFRACTION99.94
1.86-1.940.32251440.256628304X-RAY DIFFRACTION99.91
1.94-2.030.28811320.239428329X-RAY DIFFRACTION99.92
2.03-2.130.27141420.22128333X-RAY DIFFRACTION99.85
2.13-2.270.26871330.199828343X-RAY DIFFRACTION99.86
2.27-2.440.22631370.195828394X-RAY DIFFRACTION99.85
2.44-2.690.22491350.190128450X-RAY DIFFRACTION99.79
2.69-3.080.21811380.183628481X-RAY DIFFRACTION99.78
3.08-3.880.18511440.162728598X-RAY DIFFRACTION99.63
3.88-34.360.15981470.154528942X-RAY DIFFRACTION99.1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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