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- PDB-9mv0: Structure of HKU5 spike C-terminal domain in complex with ACE2 fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9mv0
タイトルStructure of HKU5 spike C-terminal domain in complex with ACE2 from Pipistrellus abramus
要素
  • Angiotensin-converting enzyme
  • Spike glycoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / Immune system / ACE2 / bat coronavirus / merbecovirus / HKU5
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / peptidyl-dipeptidase activity / carboxypeptidase activity / metallopeptidase activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / cilium / apical plasma membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane ...加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / peptidyl-dipeptidase activity / carboxypeptidase activity / metallopeptidase activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / cilium / apical plasma membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / proteolysis / extracellular space / metal ion binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, MERS-CoV-like / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, MERS-CoV-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Collectrin-like domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / Angiotensin-converting enzyme / Peptidase family M2 domain profile. ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, MERS-CoV-like / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, MERS-CoV-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Collectrin-like domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / Angiotensin-converting enzyme / Peptidase family M2 domain profile. / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein / Angiotensin-converting enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Pipistrellus abramus (アブラコウモリ)
Pipistrellus bat coronavirus HKU5 (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Li, N. / Tsybovsky, Y. / Teng, I. / Zhou, T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: HKU5 bat merbecoviruses engage bat and mink ACE2 as entry receptors.
著者: Mia Madel Alfajaro / Emma L Keeler / Ning Li / Nicholas J Catanzaro / I-Ting Teng / Zhe Zhao / Michael W Grunst / Boyd Yount / Alexandra Schäfer / Danyi Wang / Arthur S Kim / Aleksandra ...著者: Mia Madel Alfajaro / Emma L Keeler / Ning Li / Nicholas J Catanzaro / I-Ting Teng / Zhe Zhao / Michael W Grunst / Boyd Yount / Alexandra Schäfer / Danyi Wang / Arthur S Kim / Aleksandra Synowiec / Mario A Peña-Hernández / Samantha Zepeda / Ridwan Arinola / Ramandeep Kaur / Bridget L Menasche / Jin Wei / Gabriel A Russell / John Huck / Jaewon Song / Aaron Ring / Akiko Iwasaki / Rohit K Jangra / Sanghyun Lee / David R Martinez / Walther Mothes / Pradeep D Uchil / John G Doench / Alicen B Spaulding / Ralph S Baric / Leonid Serebryannyy / Yaroslav Tsybovsky / Tongqing Zhou / Daniel C Douek / Craig B Wilen /
要旨: Identifying receptors for bat coronaviruses is critical for spillover risk assessment, countermeasure development, and pandemic preparedness. While Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS- ...Identifying receptors for bat coronaviruses is critical for spillover risk assessment, countermeasure development, and pandemic preparedness. While Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV) uses DPP4 for entry, the receptors of many MERS-related betacoronaviruses remain unknown. The bat merbecovirus HKU5 was previously shown to have an entry restriction in human cells. Using both pseudotyped and full-length virus, we show that HKU5 uses Pipistrellus abramus bat ACE2 but not human ACE2 or DPP4 as a receptor. Cryo-electron microscopy analysis of the virus-receptor complex and structure-guided mutagenesis reveal a spike and ACE2 interaction that is distinct from other ACE2-using coronaviruses. MERS-CoV vaccine sera poorly neutralize HKU5 informing pan-merbecovirus vaccine design. Notably, HKU5 can also engage American mink and stoat ACE2, revealing mustelids as potential intermediate hosts. These findings highlight the versatility of merbecovirus receptor use and underscore the need for continued surveillance of bat and mustelid species.
履歴
登録2025年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年8月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Angiotensin-converting enzyme
B: Spike glycoprotein
C: Angiotensin-converting enzyme
D: Spike glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)488,84316
ポリマ－485,3764
非ポリマー3,46712
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Angiotensin-converting enzyme


分子量: 92874.102 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pipistrellus abramus (アブラコウモリ)
細胞株 (発現宿主): EXPI / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: C7ECT9, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素
#2: タンパク質 Spike glycoprotein / S glycoprotein / E2 / Peplomer protein


分子量: 149814.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pipistrellus bat coronavirus HKU5 (ウイルス)
遺伝子: S, 2 / 細胞株 (発現宿主): EXPI / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A3EXD0
#3: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: ACE2-ACT66266.1 in complex with HKU5-CTD (ABN10875) / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 0.16 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Pipistrellus abramus bat coronavirus HKU5-related (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 8
試料濃度: 3.7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 47000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1900 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON APOLLO (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10702
画像スキャン横: 4096 / 縦: 4096

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1crYOLO粒子像選択
2Topaz粒子像選択
3SerialEM4.1.6画像取得
5cryoSPARC4.4CTF補正
8UCSF ChimeraXモデルフィッティング
9Coot0.9.8.7モデルフィッティング
11cryoSPARC4.4初期オイラー角割当
12cryoSPARC4.4最終オイラー角割当
13cryoSPARC分類
14cryoSPARC4.4３次元再構成
21PHENIX1.21.1_5286モデル精密化
22ISOLDEモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2125866
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 242675 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 4.2 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00215034
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.52620374
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.2982282
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0372204
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0032590

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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