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- PDB-9muk: RlmR 23S rRNA methyltransferase from Thermus thermophilus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9muk
タイトルRlmR 23S rRNA methyltransferase from Thermus thermophilus
要素23S rRNA methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / 23S rRNA methyltransferase / SPOUT Family
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA methyltransferase activity / RNA processing / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / methylation / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA 2-O ribose methyltransferase, substrate binding / : / MRM3-like substrate binding domain / RNA 2'-O ribose methyltransferase substrate binding / : / tRNA/rRNA methyltransferase, SpoU type / SpoU rRNA Methylase family / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Alpha/beta knot methyltransferases / 50S ribosomal protein L30e-like
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / 23S rRNA methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.973 Å
データ登録者Tanouti, Y. / Roovers, M. / Droogmans, L. / Van Elder, D. / Kruys, V. / Labar, G.
資金援助 ベルギー, 2件
組織認可番号国
Fonds National de la Recherche Scientifique (FNRS)FNRS BAG 20210875 ベルギー
Fonds National de la Recherche Scientifique (FNRS)FNRS BAG 20191372 ベルギー
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2025
タイトル: Structural insight into the novel Thermus thermophilus SPOUT methyltransferase RlmR catalysing Um2552 formation in the 23S rRNA A-loop: a case of convergent evolution.
著者: Tanouti, Y. / Roovers, M. / Wolff, P. / Lechner, A. / Van Elder, D. / Feller, A. / Soin, R. / Gueydan, C. / Kruys, V. / Droogmans, L. / Labar, G.
履歴
登録2025年1月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年4月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年6月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 23S rRNA methyltransferase
B: 23S rRNA methyltransferase
C: 23S rRNA methyltransferase
D: 23S rRNA methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,1515
ポリマ－120,9594
非ポリマー1921
水12,502694
1
A: 23S rRNA methyltransferase
B: 23S rRNA methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,6723
ポリマ－60,4792
非ポリマー1921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3300 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area23110 Å2
手法PISA
2
C: 23S rRNA methyltransferase
D: 23S rRNA methyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,4792
ポリマ－60,4792
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2730 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area23160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)221.840, 62.152, 98.041
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.21, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
23S rRNA methyltransferase


分子量: 30239.713 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
遺伝子: TT_C1712 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta
参照: UniProt: Q72GY4, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 694 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.73 %
結晶化温度: 292 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 4 / 詳細: Na-Citrate 0.1M, pH4, PEG6000 20%, LiCl 1M

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.980098 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.980098 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→101.17 Å / Num. obs: 86088 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.143 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.149 / Χ2: 0.88 / Net I/σ(I): 9.8 / Num. measured all: 1114946
反射 シェル解像度: 1.97→2.08 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.4 % / Rmerge(I) obs: 2.38 / Num. measured all: 155654 / Num. unique obs: 12513 / CC1/2: 0.527 / Rpim(I) all: 0.692 / Rrim(I) all: 2.48 / Χ2: 0.74 / Net I/σ(I) obs: 1.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.973→101.168 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.25 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2245 4414 5.13 %
Rwork0.2048 --
obs0.2058 86079 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.973→101.168 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7887 0 13 694 8594
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0118017
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.23110861
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.3863071
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0861235
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071457

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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