[日本語] English
万見
- PDB-9mui: C. difficile RBD1 with Ca2+ -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9mui
タイトルC. difficile RBD1 with Ca2+
要素ADP-ribosyltransferase binding component
キーワードTOXIN / C. difficile / RBD1 / Calcium / CDTb RBD1
機能・相同性
機能・相同性情報


protein homooligomerization / transferase activity / extracellular region / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Bacterial exotoxin B / Protective antigen, heptamerisation domain / Protective antigen, Ca-binding domain / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA, domain 3 / Protective antigen, heptamerisation domain superfamily / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA Ca-binding domain / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA domain 2 / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA domain 3 / PA14 domain / PA14 / PA14 domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ADP-ribosyltransferase binding component
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridioides difficile (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Hunter, D. / Pozharski, E.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2025
タイトル: Pore formation by the CDTb component of the Clostridioides difficile binary toxin is Ca 2+ -dependent.
著者: Abeyawardhane, D.L. / Sevdalis, S.E. / Adipietro, K.A. / Godoy-Ruiz, R. / Varney, K.M. / Nawaz, I.F. / Spittel, A.X. / Hunter, D. / Rustandi, R.R. / Silin, V.I. / des Georges, A. / Cook, M.E. ...著者: Abeyawardhane, D.L. / Sevdalis, S.E. / Adipietro, K.A. / Godoy-Ruiz, R. / Varney, K.M. / Nawaz, I.F. / Spittel, A.X. / Hunter, D. / Rustandi, R.R. / Silin, V.I. / des Georges, A. / Cook, M.E. / Pozharski, E. / Weber, D.J.
履歴
登録2025年1月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年8月20日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ADP-ribosyltransferase binding component
B: ADP-ribosyltransferase binding component
C: ADP-ribosyltransferase binding component
D: ADP-ribosyltransferase binding component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,0288
ポリマ－57,8684
非ポリマー1604
水3,063170
1
A: ADP-ribosyltransferase binding component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5072
ポリマ－14,4671
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ADP-ribosyltransferase binding component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5072
ポリマ－14,4671
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: ADP-ribosyltransferase binding component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5072
ポリマ－14,4671
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: ADP-ribosyltransferase binding component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5072
ポリマ－14,4671
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)119.697, 119.697, 125.091
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Space group name HallR3
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x+1/3,y+2/3,z+2/3
#5: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3
#6: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3
#7: x+2/3,y+1/3,z+1/3
#8: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3
#9: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3

-
要素

#1: タンパク質
ADP-ribosyltransferase binding component / CdtB


分子量: 14466.890 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridioides difficile (バクテリア)
遺伝子: cdtB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A8DS70
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.73 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 30% (w/v) PEG 5000 MME, 100 mM MES/ Sodium hydroxide, 200 mM Ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.95369 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95369 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→39.91 Å / Num. obs: 29127 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 43.82 Å2 / CC1/2: 0.983 / Rmerge(I) obs: 0.259 / Rpim(I) all: 0.102 / Rrim(I) all: 0.279 / Net I/σ(I): 4.4
反射 シェル解像度: 2.28→2.36 Å / 冗長度: 5.3 % / Num. unique obs: 2070 / Rpim(I) all: 1.017 / % possible all: 69.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Ice1.20.1_4487データ収集
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.29→39.91 Å / SU ML: 0.3587 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 28.7878
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234 1302 4.5 %
Rwork0.1988 27627 -
obs0.2004 28929 96.18 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 45.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.29→39.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4080 0 4 170 4254
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094175
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.99325663
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0569629
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0057722
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.5908550
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.29-2.380.36031430.28862321X-RAY DIFFRACTION74.11
2.38-2.490.32941480.26622929X-RAY DIFFRACTION92.85
2.49-2.620.30061350.22483230X-RAY DIFFRACTION99.97
2.62-2.790.25691610.21063202X-RAY DIFFRACTION100
2.79-30.24351360.20253199X-RAY DIFFRACTION99.97
3-3.30.23051510.18183163X-RAY DIFFRACTION99.4
3.3-3.780.22231370.18423205X-RAY DIFFRACTION99.97
3.78-4.760.20931460.17823198X-RAY DIFFRACTION99.79
4.76-39.910.20461450.20433180X-RAY DIFFRACTION99.46

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る