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万見
- PDB-9muf: Cryo-EM structure of the IFI16-PYD filament -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9muf
タイトルCryo-EM structure of the IFI16-PYD filament
要素Gamma-interferon-inducible protein 16
キーワードIMMUNE SYSTEM / Innate immune sensor IFI16 / PYD filament / Death domain superfamily / AIM2-like receptors (ALRs) / Cryo-EM structure
機能・相同性HIN-200 family / DAPIN domain / DAPIN domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / cellular response to interferon-beta / Death-like domain superfamily / activation of innate immune response / Interferon gamma inducible protein 16
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Garg, A. / Niedzialkowska, E. / Egelman, E.H. / Sohn, J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)35GM145363 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB1845003 米国
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2025
タイトル: Structural insights into the atypical filament assembly of pyrin domain-containing IFI16.
著者: Archit Garg / Ewa Niedzialkowska / Jeffrey J Zhou / Jasper Moh / Edward H Egelman / Jungsan Sohn /
要旨: In response to various intracellular stress or damage-associated signals, inflammasomes can be activated and trigger a pyroptotic cell death process through the sequential assembly of structurally ...In response to various intracellular stress or damage-associated signals, inflammasomes can be activated and trigger a pyroptotic cell death process through the sequential assembly of structurally compatible and interacting filamentous oligomers involving the pyrin domains (PYD) of important inflammasome components. The PYD-containing interferon-inducible protein 16 (IFI16) has been suggested as a viral DNA sensor that can induce inflammasome formation, but it also has other inflammasome-independent functions, including interferon production. Here, the cryo-EM structure of the filament assembled by the PYD of human IFI16 reveals a helical architecture distinct from inflammasome PYD filaments. In silico interface energy calculations suggest that the helical architecture of the IFI16 filament prevents interactions with inflammasome PYD filaments. Biochemical and cell biology experiments consistently demonstrate that IFI16 does not directly interact with inflammasome pyrin domains. Together, our results provide insights into the structural basis of the inflammasome-independent functions of IFI16, and also show that strict architectural compatibility requirements for interactions contribute to the signal transduction specificity in inflammasome signaling.
履歴
登録2025年1月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gamma-interferon-inducible protein 16
B: Gamma-interferon-inducible protein 16
C: Gamma-interferon-inducible protein 16
D: Gamma-interferon-inducible protein 16
E: Gamma-interferon-inducible protein 16
F: Gamma-interferon-inducible protein 16
G: Gamma-interferon-inducible protein 16
H: Gamma-interferon-inducible protein 16
I: Gamma-interferon-inducible protein 16
J: Gamma-interferon-inducible protein 16
K: Gamma-interferon-inducible protein 16
L: Gamma-interferon-inducible protein 16
M: Gamma-interferon-inducible protein 16
N: Gamma-interferon-inducible protein 16
O: Gamma-interferon-inducible protein 16
P: Gamma-interferon-inducible protein 16
Q: Gamma-interferon-inducible protein 16
R: Gamma-interferon-inducible protein 16


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)221,46418
ポリマ－221,46418
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
Gamma-interferon-inducible protein 16


分子量: 12303.569 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Pyrin domain of IFI16 with C-terminal His tag / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IFI16, IFNGIP1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0AA49X8J6
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Filament of Pyrin domain of IFI16 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: EMS Lacey Carbon
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 120000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
4cryoSPARC4CTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9PHENIX1.20.1_4487:モデル精密化
12cryoSPARC4分類
13cryoSPARC4３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 134.6 ° / 軸方向距離/サブユニット: 5.6 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 148348 / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT
原子モデル構築Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00212870
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.4517136
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.3571638
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0381980
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0022106

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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