PDB-9mtw: Crystal structure of ADC-1-ertapenem complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9mtw

タイトル

Crystal structure of ADC-1-ertapenem complex

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE/INHIBITOR / ANTIBIOTIC / beta-lactamase / class C / ertapenem / acyl-enzyme complex / HYDROLASE / HYDROLASE-INHIBITOR / ANTIBIOTIC complex

機能・相同性

機能・相同性情報

antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Smith, C.A. / Stewart, N.K. / Vakulenko, S.B.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Mbio / 年: 2025
タイトル: Evolution of carbapenemase activity in the class C beta-lactamase ADC-1.
著者: Stewart, N.K. / Toth, M. / Bhattacharya, M. / Smith, C.A. / Vakulenko, S.B.

履歴

登録	2025年1月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年4月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年5月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2025年6月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9mtw.cif.gz	299.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9mtw.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9mtw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9mtw_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9mtw_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	9mtw_validation.xml.gz	35 KB	表示
CIF形式データ	9mtw_validation.cif.gz	47.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mt/9mtw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mt/9mtw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9mtuC 9mtvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

82.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
41.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
41.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.994, 183.065, 50.451
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.48, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Beta-lactamase 分子量: 40594.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ADC-1 beta-lactamase 由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 遺伝子: ampC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9L4R5, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-1RG / (4R,5S)-3-({(3S,5S)-5-[(3-carboxyphenyl)carbamoyl]pyrrolidin-3-yl}sulfanyl)-5-[(1S,2R)-1-formyl-2-hydroxypropyl]-4-methyl-4,5-dihydro-1H-pyrrole-2-carboxylic acid / ERTAPENEM, bound form PRE-ISOMERIZED 分子量: 477.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₇N₃O₇S / コメント: 薬剤, 抗生剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-A1B93 / (2S,3R,4R)-4-({(3S,5S)-5-[(3-carboxyphenyl)carbamoyl]pyrrolidin-3-yl}sulfanyl)-2-[(2S,3R)-3-hydroxy-1-oxobutan-2-yl]-3-methyl-3,4-dihydro-2H-pyrrole-5-carboxylic acid / ertapenem, bound form, post-isomerized, delta-1(R) isomer 分子量: 477.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₇N₃O₇S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 395 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.81 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M lithium chloride, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年11月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→38.63 Å / Num. obs: 99666 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4 % / CC_1/2: 0.997 / R_pim(I) all: 0.039 / R_rim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 9.8
反射シェル	解像度: 1.6→1.63 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 4852 / CC_1/2: 0.491 / R_pim(I) all: 0.577

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21.2_5419	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.6→38.63 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 19.87 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2069	4946	4.97 %
R_work	0.1825	-	-
obs	0.1837	99491	98.43 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→38.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5573	0	74	395	6042

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	5835
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.982	7914
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.761	2235
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	868
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1020

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.62	0.2815	152	0.2745	3024	X-RAY DIFFRACTION	94
1.62-1.64	0.2756	162	0.2456	3156	X-RAY DIFFRACTION	99
1.64-1.66	0.2316	160	0.2328	3214	X-RAY DIFFRACTION	99
1.66-1.68	0.2329	161	0.2266	3136	X-RAY DIFFRACTION	99
1.68-1.7	0.2437	173	0.2294	3155	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7-1.72	0.2334	172	0.2226	3156	X-RAY DIFFRACTION	98
1.72-1.75	0.278	151	0.2292	3124	X-RAY DIFFRACTION	98
1.75-1.77	0.2809	172	0.2448	3113	X-RAY DIFFRACTION	97
1.77-1.8	0.2755	191	0.2516	3097	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8-1.83	0.2464	188	0.2324	2907	X-RAY DIFFRACTION	94
1.83-1.86	0.2484	173	0.2174	3241	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-1.9	0.295	180	0.2349	3096	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9-1.93	0.2405	160	0.1992	3208	X-RAY DIFFRACTION	99
1.93-1.97	0.2268	169	0.1936	3155	X-RAY DIFFRACTION	99
1.97-2.02	0.2178	146	0.1861	3217	X-RAY DIFFRACTION	99
2.02-2.06	0.2138	169	0.1938	3153	X-RAY DIFFRACTION	99
2.06-2.11	0.2257	139	0.1955	3153	X-RAY DIFFRACTION	98
2.11-2.17	0.256	153	0.1972	3097	X-RAY DIFFRACTION	97
2.17-2.24	0.2085	167	0.193	3097	X-RAY DIFFRACTION	97
2.24-2.31	0.2266	144	0.1937	3224	X-RAY DIFFRACTION	99
2.31-2.39	0.2158	173	0.1898	3196	X-RAY DIFFRACTION	99
2.39-2.49	0.1987	166	0.1814	3149	X-RAY DIFFRACTION	100
2.49-2.6	0.2119	147	0.1847	3198	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6-2.74	0.2301	171	0.1931	3182	X-RAY DIFFRACTION	99
2.74-2.91	0.243	173	0.1905	3118	X-RAY DIFFRACTION	98
2.91-3.13	0.2194	187	0.1882	3188	X-RAY DIFFRACTION	100
3.13-3.45	0.2034	164	0.1831	3197	X-RAY DIFFRACTION	99
3.45-3.94	0.1735	170	0.1666	3191	X-RAY DIFFRACTION	99
3.95-4.97	0.14	139	0.1339	3171	X-RAY DIFFRACTION	98
4.97-38.63	0.1599	174	0.1445	3232	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8978	-0.6115	0.4422	1.0757	-0.0009	0.6808	-0.0959	-0.1438	0.1826	0.3132	0.0078	0.1786	-0.3585	-0.099	-0.0065	0.26	0.0316	0.0329	0.1976	0.0139	0.2223	13.278	-8.4235	11.6112
2	1.2963	-0.1755	-0.0641	0.7869	-0.0238	0.9174	-0.0107	0.0688	0.005	-0.1141	0.0347	0.0389	-0.0313	-0.0517	0.0007	0.1289	-0.001	-0.0166	0.1621	0.0194	0.1132	23.5278	-28.3548	-8.1662
3	1.0339	-0.1401	0.2214	0.9766	-0.0636	1.2025	0.008	-0.0617	0.0281	0.0749	-0.0056	-0.0188	-0.0729	0.0016	-0.0005	0.1339	-0.0075	0.0064	0.1801	0.0231	0.1285	21.3284	-24.9703	8.9669
4	0.5352	-0.1695	-0.195	0.2268	-0.1306	0.287	0.2538	0.4005	-0.5572	-0.4904	-0.1612	-0.3853	0.4595	0.0137	0.003	0.3638	0.0299	-0.0098	0.2823	-0.026	0.4135	6.4379	9.677	-5.1117
5	0.3479	-0.1668	-0.3994	0.9404	0.2399	0.5827	-0.0486	0.017	-0.2969	0.0089	0.0162	0.1771	0.1208	-0.0061	0.0002	0.233	0.0009	-0.0487	0.1899	0.0126	0.3525	2.6381	7.9744	5.7822
6	0.075	0.2008	-0.0946	1.6739	-0.179	0.1503	0.1298	-0.3228	0.0137	1.4387	-0.2064	0.1925	-0.0246	-0.0119	-0.0702	0.643	-0.0871	0.1204	0.244	-0.0088	0.2288	-5.125	36.3644	21.5875
7	0.6807	-0.1562	-0.3478	1.1585	0.3853	0.2852	-0.1472	-0.1878	-0.2434	0.929	-0.0041	0.3154	0.0895	0.0941	-0.0109	0.4585	-0.022	0.057	0.2325	0.0472	0.3108	-5.3339	15.4802	17.4124
8	0.4976	-0.9421	-0.2146	2.1041	0.3442	0.5156	0.0668	0.0315	0.0081	-0.1701	-0.1153	0.2495	-0.1012	-0.1017	-0.0036	0.1898	0.0108	-0.0067	0.2074	-0.0073	0.265	-6.894	32.2071	2.7631
9	0.8208	-0.0466	-0.678	1.9514	0.3126	0.757	0.0829	0.105	-0.0464	-0.2517	-0.0853	-0.1177	0.0065	-0.0173	0	0.1744	0.0067	-0.0134	0.1818	0.0095	0.2362	1.9653	20.8046	0.4391

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 64 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 65 through 210 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 211 through 361 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 3 through 28 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 29 through 64 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 65 through 168 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 169 through 241 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 242 through 309 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 310 through 360 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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