PDB-9mtv: Crystal structure of an apo-ADC-1 triple mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9mtv

タイトル

Crystal structure of an apo-ADC-1 triple mutant

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE / beta-lactamase / class C / apo-enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Smith, C.A. / Stewart, N.K. / Vakulenko, S.B.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Mbio / 年: 2025
タイトル: Evolution of carbapenemase activity in the class C beta-lactamase ADC-1.
著者: Stewart, N.K. / Toth, M. / Bhattacharya, M. / Smith, C.A. / Vakulenko, S.B.

履歴

登録	2025年1月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年4月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年5月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2025年6月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9mtv.cif.gz	297.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9mtv.ent.gz	240.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9mtv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9mtv_validation.pdf.gz	457.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9mtv_full_validation.pdf.gz	461.7 KB	表示
XML形式データ	9mtv_validation.xml.gz	33.2 KB	表示
CIF形式データ	9mtv_validation.cif.gz	44.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mt/9mtv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mt/9mtv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9mtuC 9mtwC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

81.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-lactamase

登録者が定義した集合体
40.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.089, 182.210, 50.767
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.41, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Beta-lactamase 分子量: 40596.277 Da / 分子数: 2 / 変異: V294F, S317T, F321S / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: triple mutant ADC-1 beta-lactamase 由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 遺伝子: ampC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9L4R5, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 305 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.87 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M lithium chloride, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.95369 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年11月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95369 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→38.64 Å / Num. obs: 70428 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6.9 % / CC_1/2: 0.997 / R_pim(I) all: 0.045 / R_rim(I) all: 0.12 / Net I/σ(I): 9.2
反射シェル	解像度: 1.8→1.84 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 3910 / CC_1/2: 0.676 / R_pim(I) all: 0.516

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21.2_5419	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.8→38.64 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.85 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2149	3399	4.84 %
R_work	0.1872	-	-
obs	0.1885	70294	98.59 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→38.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5664	0	12	305	5981

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	5845
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.826	7922
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.407	2222
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	863
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1027

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.82	0.3423	116	0.3429	2552	X-RAY DIFFRACTION	91
1.82-1.85	0.3541	143	0.3217	2824	X-RAY DIFFRACTION	99
1.85-1.88	0.3118	134	0.2987	2842	X-RAY DIFFRACTION	99
1.88-1.91	0.3517	146	0.2679	2760	X-RAY DIFFRACTION	99
1.91-1.94	0.2605	164	0.2481	2788	X-RAY DIFFRACTION	99
1.94-1.98	0.254	135	0.2217	2792	X-RAY DIFFRACTION	99
1.98-2.02	0.2461	124	0.2095	2814	X-RAY DIFFRACTION	99
2.02-2.06	0.2849	141	0.2164	2782	X-RAY DIFFRACTION	98
2.06-2.1	0.2817	137	0.2279	2748	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1-2.15	0.2865	132	0.2237	2683	X-RAY DIFFRACTION	95
2.15-2.21	0.2447	123	0.2181	2817	X-RAY DIFFRACTION	99
2.21-2.27	0.2215	160	0.1875	2793	X-RAY DIFFRACTION	99
2.27-2.33	0.2137	146	0.1899	2784	X-RAY DIFFRACTION	100
2.33-2.41	0.2175	179	0.1882	2811	X-RAY DIFFRACTION	100
2.41-2.49	0.2293	143	0.182	2774	X-RAY DIFFRACTION	99
2.49-2.59	0.2105	152	0.194	2799	X-RAY DIFFRACTION	99
2.59-2.71	0.2467	137	0.2003	2796	X-RAY DIFFRACTION	98
2.71-2.85	0.268	147	0.1993	2782	X-RAY DIFFRACTION	98
2.85-3.03	0.2273	142	0.1909	2819	X-RAY DIFFRACTION	100
3.03-3.27	0.2278	160	0.1898	2816	X-RAY DIFFRACTION	100
3.27-3.6	0.1952	143	0.1844	2852	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6-4.11	0.1731	135	0.1569	2754	X-RAY DIFFRACTION	98
4.12-5.18	0.1415	124	0.136	2873	X-RAY DIFFRACTION	100
5.18-38.64	0.1507	136	0.1548	2840	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4204	-0.9324	0.6371	1.8895	0.1339	1.0688	-0.0877	-0.0744	0.1894	0.2483	-0.0393	0.0981	-0.2574	-0.1942	-0.0003	0.293	0.0187	0.0083	0.2275	0.0067	0.2876	13.3037	-8.3038	11.847
2	1.3786	-0.1506	-0.3564	0.9384	0.1333	0.8645	0.0626	0.1019	0.0634	-0.1782	-0.0067	-0.0113	-0.0781	-0.0506	0.0005	0.1923	0.0083	-0.0101	0.2093	0.0191	0.1466	23.7072	-27.9107	-8.1952
3	1.055	-0.6783	-0.1343	1.5974	-0.0575	1.1201	-0.0003	-0.1147	0.108	0.0808	-0.0145	-0.175	-0.027	0.088	0.0004	0.1838	-0.0066	0.0017	0.2403	0.0171	0.1911	22.1973	-28.2603	6.9646
4	1.7147	-0.9873	0.5804	1.7576	0.6104	1.1356	0.0306	-0.0374	0.216	0.1387	-0.0431	-0.1829	-0.0125	0.2202	0.0001	0.2796	0.0036	0.0012	0.2642	0.0112	0.2536	20.9356	-18.3692	13.045
5	0.4648	-0.2469	-0.3283	1.5045	-0.0751	0.7792	0.031	0.286	-0.284	-0.3791	-0.0935	-0.0157	0.2881	-0.1057	0.0003	0.3503	0.0078	-0.0134	0.2958	-0.0233	0.3639	2.4883	9.1897	-3.458
6	0.8338	0.1274	-0.1686	2.9611	0.0882	0.2059	0.0764	-0.185	-0.056	1.0131	-0.1298	0.231	0.0843	-0.0056	-0.0101	0.4365	-0.0513	0.0348	0.242	0.0147	0.1927	-3.2744	25.7932	19.1968
7	0.2478	-0.4348	-0.0796	2.7779	0.5469	0.332	0.0321	0.0627	0.072	-0.2298	-0.1116	0.3107	-0.0489	0.0099	0.0003	0.2576	0.0058	-0.0435	0.2709	0.0051	0.2948	-7.3345	32.0566	2.6359
8	0.8496	-0.0998	-0.6922	2.5449	0.2632	0.7737	0.0619	0.1298	0.0042	-0.1674	-0.1056	-0.1115	-0.0795	0.018	0.0002	0.2165	0.0013	-0.0152	0.2354	0.0175	0.2263	1.1631	20.7841	0.5746

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 64 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 65 through 210 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 211 through 309 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 310 through 361 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 3 through 46 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 47 through 241 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 242 through 309 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 310 through 359 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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