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- PDB-9mto: Crystal structure of acetyltransferase CBU0801 from Coxiella burnetii -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9mto
タイトルCrystal structure of acetyltransferase CBU0801 from Coxiella burnetii
要素[Ribosomal protein bS18]-alanine N-acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE / acetyltransferase / Structural Genomics / Center for Structural Biology of Infectious Diseases / CSBID
機能・相同性
機能・相同性情報


: / [ribosomal protein bS18]-alanine N-acetyltransferase / protein-N-terminal-alanine acetyltransferase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
N-acetyltransferase RimI / N-acetyltransferase RimI/Ard1 / : / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / [Ribosomal protein bS18]-alanine N-acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Coxiella burnetii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.69 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Chang, C. / Di Leo, R. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93022C00035 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of acetyltransferase CBU0801 from Coxiella burnetii
著者: Stogios, P.J.
履歴
登録2025年1月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: [Ribosomal protein bS18]-alanine N-acetyltransferase
B: [Ribosomal protein bS18]-alanine N-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8634
ポリマ－34,3282
非ポリマー1,5352
水3,585199
1
A: [Ribosomal protein bS18]-alanine N-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9312
ポリマ－17,1641
非ポリマー7681
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: [Ribosomal protein bS18]-alanine N-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9312
ポリマ－17,1641
非ポリマー7681
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.460, 41.460, 325.720
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z

-
要素

#1: タンパク質 [Ribosomal protein bS18]-alanine N-acetyltransferase


分子量: 17163.795 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Coxiella burnetii (バクテリア) / 遺伝子: rimI, CBU_0801 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -Gold
参照: UniProt: Q83DD7, [ribosomal protein bS18]-alanine N-acetyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.08 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.10% w/v n-Octyl-beta-D-glucoside, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.5, 22% w/v Polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→46.53 Å / Num. obs: 38359 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.9 % / Biso Wilson estimate: 25.29 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rpim(I) all: 0.039 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 1.69→1.73 Å / 冗長度: 9.9 % / Rmerge(I) obs: 1.002 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 2775 / CC1/2: 0.602 / Rpim(I) all: 0.482 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.2_5419精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
BALBES位相決定
ARP/wARPモデル構築
PHENIXモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.69→36.19 Å / SU ML: 0.2026 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.3464
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2659 1984 5.19 %
Rwork0.2308 36252 -
obs0.2327 38236 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 42.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.69→36.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2401 0 96 199 2696
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01572567
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.83323478
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1002355
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0108431
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.9221039
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.69-1.730.36281550.29762542X-RAY DIFFRACTION99.96
1.73-1.780.3591180.28222499X-RAY DIFFRACTION100
1.78-1.830.34811380.2942547X-RAY DIFFRACTION100
1.83-1.890.34441490.25322595X-RAY DIFFRACTION100
1.89-1.960.23321330.24622472X-RAY DIFFRACTION99.92
1.96-2.040.25271500.22392532X-RAY DIFFRACTION100
2.04-2.130.27061280.24812550X-RAY DIFFRACTION100
2.13-2.240.2611200.22392602X-RAY DIFFRACTION100
2.24-2.380.31861290.23982565X-RAY DIFFRACTION99.93
2.38-2.570.27721250.24032656X-RAY DIFFRACTION100
2.57-2.820.29921470.25352552X-RAY DIFFRACTION99.96
2.82-3.230.30261640.22532620X-RAY DIFFRACTION100
3.23-4.070.22581400.20872676X-RAY DIFFRACTION100
4.07-36.190.23561880.21892844X-RAY DIFFRACTION99.97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.412838673730.7358042779751.648456024646.598891094184.261178102314.30083199809-0.1700357172860.36245650063-0.363900177233-1.04222176304-0.124030641537-0.470798162459-0.3370876105230.9078428229290.1987688715080.411362424701-0.03095262967490.03307484204240.1503370390720.009424494085760.27212230004817.5917213091-6.67824425416-53.528987663
24.749591845560.03043800013530.717536309782.27392731724-0.1325995530054.367782285710.236298324591-0.301203877921-0.150584468876-0.0475902527378-0.05281901424661.07213684193-0.0847263616897-0.999729201561-0.09761021663460.1266476938220.04492848445940.008714073487720.3171324549840.04181873394990.29579653486111.8775934053-11.8723877959-42.7352591123
33.699848075131.93942252619-1.096667427063.406355403910.1017037081720.4755270181890.471216256474-1.417159686260.2135508186891.35440393083-0.583281909723-0.313274111247-1.144146889360.378338399568-0.05691132623820.608673414782-0.2293288287090.2105913326060.479913804879-0.2658651585190.13844506162817.2852081267-9.23538030476-35.1726179011
44.93602202051.314438509272.545904571253.575830975361.137369305594.69470443212-0.273291125688-0.1132227193970.406916113030.05145667844150.120039004170.0160965665425-0.470766401290.3072968573780.1539356198930.129030826934-0.0448957962188-0.01094058048720.1460588702510.008437298495170.19447774915720.4871845225-8.11008313812-46.8881659329
55.84409917874-0.00244126763170.1876421015464.224420469940.08937598494084.10976787553-0.06627511168850.154846511740.290065303670.227488598023-0.0314093096206-0.0553808001678-0.1739304564980.4328383336690.01294982775030.114147112711-0.0205769129434-0.01140918506920.1349129913620.04439433687370.14850814452825.1884743941-14.4362280233-44.9820221836
65.015296769824.70110335593-0.7790780043368.4920218691-0.05729942037460.257504714072-0.196523372681.082267567310.803457945635-0.529027341685-0.04919445295630.138690400414-0.7849058690530.706270665571-0.1446573782560.27660969846-0.163352906753-0.01737977867980.3501767264570.1387588407250.31383285171929.7863102399-7.06395547379-50.3414181206
73.680723213141.25429294926-0.2802142392246.63467689867-1.159974053543.20185094623-0.0704696862911-0.02383500670060.449209544251-0.230528180098-0.0186127872304-0.13740222931-0.4153749555840.4366078941450.04622633808090.186989887361-0.0815276595812-0.04618084383470.2563912636540.03016772290.2678166397932.8201121191-12.4525028959-38.385973837
84.38972130901-0.107491751272-0.1572548851760.944061463081-0.7606422632273.39414181821-0.0639150594738-0.66805821341-0.3536581755480.0457407617704-0.222975370713-0.03409965900590.1315855313440.7518020572310.2330516554550.1315664440230.000701932899013-0.00401878371680.3435206998530.05117849720970.28237159004530.7104311507-21.5652775722-34.0522016926
91.86778321184-0.829251884922.335175073011.116133254420.1726033443374.86782759567-0.230567134709-0.3608731074540.3218216666180.0288770420504-0.115182366125-0.424679789594-0.5793559203860.7493044332940.2797140403480.0829323121729-0.0190185890683-0.007283801830950.4922412425790.01273601276410.30567217491536.9419042386-14.3319599978-39.7684912117
100.7014413927120.045825497333-0.2174124960642.114929917320.784765522090.3974651349990.252608344014-0.56014369189-0.2216285585860.5334803655230.224615859683-0.456476909070.1115319851441.06005108888-0.008100286645420.386385105267-0.17810766204-0.1650767472871.23919748062-0.0973711006680.2896259040921.5917884369-17.5673123183-6.74798068057
118.047761274870.0509347727571.112591038260.596088248308-1.86838287295.98969957672-0.4581812325340.02387951639261.427888254530.01966054867120.1028619739730.226439554337-1.885109428551.447280019310.1756209829420.536941717303-0.27020104684-0.02920629302810.572205740892-0.07233857226950.54664501080719.4431926088-13.1972921503-16.733873715
124.573933717761.83483600708-1.020762883453.162037276272.252301830663.133875278880.229705409367-0.6324605096370.0940336869521-0.6441985743480.503370210009-0.02494472649771.26370329901-0.110824561043-0.5479354858640.62483826288-0.0468365711596-0.1337483916450.9722879235520.06720117288930.29295793015717.1827006387-16.9314633329-2.91064706954
133.17252116353.90708193229-0.7435024929675.530874113471.400466324397.026799682470.366234039967-0.905739193750.01542137648120.556034972905-0.2380715698630.718676724306-1.10174288233-0.483855023376-0.02806141143940.418114498269-0.00155425561711-0.01839596256150.578471550949-0.02206288149770.2172584400669.63766664262-15.0249377887-10.8260579542
142.843205008482.314420791510.01363869122752.04169968021-0.8113184642425.014089277610.149723712295-1.47711890590.01637744689620.916102346628-0.280878057329-0.0721082033513-0.124775541333-0.1582494920440.09399474482420.5798436900740.06837079679810.03317435083640.8404708041840.005004678477090.1914647015137.05537557131-19.8345195183-7.28149858612
157.36410675607-0.615306200127-4.242466679064.53247951977-0.7445772366065.7424702547-0.468214914835-0.502507346834-0.817444516577-0.4202227792490.42571406478-0.104424616330.791512511966-0.3010539499880.09517070616130.318411098283-0.1615714071425.77573773455E-50.4168023780940.108715806890.3126694504164.82071404641-28.1060521423-16.5055760261
163.797426896691.12501012113-0.8875074952172.42974179867-0.1194664949185.95172790859-0.058734165606-0.3133649028910.2407244890290.1524916799290.1092657520430.128628056575-0.174297881336-0.469125825220.015785115810.1475755186290.0283991339002-0.02597953969240.4234475279830.07623774871870.2074638144693.69181881875-20.9180008378-24.1473986087
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid -1 through 7 )AA-1 - 71 - 9
22chain 'A' and (resid 8 through 21 )AA8 - 2110 - 23
33chain 'A' and (resid 22 through 38 )AA22 - 3824 - 40
44chain 'A' and (resid 39 through 59 )AA39 - 5941 - 61
55chain 'A' and (resid 60 through 78 )AA60 - 7862 - 80
66chain 'A' and (resid 79 through 93 )AA79 - 9381 - 95
77chain 'A' and (resid 94 through 107 )AA94 - 10796 - 109
88chain 'A' and (resid 108 through 137 )AA108 - 137110 - 139
99chain 'A' and (resid 138 through 145 )AA138 - 145140 - 147
1010chain 'B' and (resid 1 through 21 )BB1 - 211 - 21
1111chain 'B' and (resid 22 through 38 )BB22 - 3822 - 38
1212chain 'B' and (resid 39 through 48 )BB39 - 4839 - 48
1313chain 'B' and (resid 49 through 70 )BB49 - 7049 - 70
1414chain 'B' and (resid 71 through 104 )BB71 - 10471 - 104
1515chain 'B' and (resid 105 through 116 )BB105 - 116105 - 116
1616chain 'B' and (resid 117 through 145 )BB117 - 145117 - 145

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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