PDB-9mtk: Structure of porcine Fab 24-1G17 in complex with influenza H1N1 A...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9mtk

タイトル

Structure of porcine Fab 24-1G17 in complex with influenza H1N1 A/Hawaii/70/2019 hemagglutinin

要素

(Hemagglutinin) x 2
Heavy chain of Fab from porcine antibody 24-1G17
Light chain of Fab from porcine antibody 24-1G17

キーワード

VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Influenza / Hemagglutinin / Antibody / Immune response / Pig / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

機能・相同性

機能・相同性情報

clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

Sus scrofa (ブタ)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.54 Å

データ登録者

Lv, H. / Pholcharee, T. / Wu, N.C.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural analysis of broadly neutralizing porcine antibodies to influenza hemagglutinin stem
著者: Lv, H. / Pholcharee, T. / Wu, N.C.

履歴

登録	2025年1月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年9月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年9月24日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年9月24日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年9月24日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年9月24日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年9月24日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9mtk.cif.gz	406.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9mtk.ent.gz	333.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9mtk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9mtk_validation.pdf.gz	998 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9mtk_full_validation.pdf.gz	1020.5 KB	表示
XML形式データ	9mtk_validation.xml.gz	65.3 KB	表示
CIF形式データ	9mtk_validation.cif.gz	98.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mt/9mtk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mt/9mtk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	48612MC 48607C 48608C 48609C 48610C 48611C 48613C 48614C 9mtfC 9mtgC 9mthC 9mtiC 9mtjC 9mtlC 9mtmC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #76 - 2006年4月赤血球凝集素 (Hemagglutinin) 類似性 (6) #170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (5) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (5) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (5) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (5) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#76 - 2006年4月
赤血球凝集素 (Hemagglutinin)
類似性 (6)
#170 - 2014年2月
広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies)
類似性 (5)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (5)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (5)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (5)
#200 - 2016年8月
正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Hemagglutinin

C: Hemagglutinin

E: Hemagglutinin

H: Heavy chain of Fab from porcine antibody 24-1G17

I: Heavy chain of Fab from porcine antibody 24-1G17

J: Light chain of Fab from porcine antibody 24-1G17

L: Light chain of Fab from porcine antibody 24-1G17

M: Heavy chain of Fab from porcine antibody 24-1G17

N: Light chain of Fab from porcine antibody 24-1G17

B: Hemagglutinin

D: Hemagglutinin

F: Hemagglutinin

248 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, not applicable

#1: タンパク質	Hemagglutinin 分子量: 36484.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 遺伝子: HA 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: A0A7U0YFD5
#2: 抗体	Heavy chain of Fab from porcine antibody 24-1G17 分子量: 14212.815 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体	Light chain of Fab from porcine antibody 24-1G17 分子量: 12013.487 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: タンパク質	Hemagglutinin 分子量: 20004.217 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 遺伝子: HA 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: A0A7U3R9T0
Has protein modification	Y

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: A complex of hemagglutinin from A A/Hawaii/70/2019 with pig Fab 24-1G17 タイプ: COMPLEX 詳細: Hemagglutinin was expressed recombinantly in SF9 cells. Fab 24-1G17 was expressed recombinantly in Expi293F cells. Entity ID: #1 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量	値: 0.07619 MDa / 実験値: NO
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液	pH: 8 / 詳細: 20 mM Tris-HCl, 100 mM NaCl
試料	濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: The sample was also mixed with octyl glucoside to 0.1% w/v of the detergent final concentration piror to applying on the grid.
急速凍結	装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm
撮影	電子線照射量: 57.35 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
1	cryoSPARC	4.5	粒子像選択
2	PHENIX	1.20.1_4487	モデル精密化
11	cryoSPARC	4.5	最終オイラー角割当
13	cryoSPARC	4.5	３次元再構成

CTF補正

タイプ: NONE

3次元再構成

解像度: 2.54 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 301987 / 対称性のタイプ: POINT

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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