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万見
- PDB-9mtd: [1T7-12] 3D DNA Double Crossover Motif with an Even Number of Hal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9mtd
タイトル[1T7-12] 3D DNA Double Crossover Motif with an Even Number of Half Turns between Junctions
要素
  • DNA (5'-D(*GP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*AP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*CP*GP*T)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*CP*GP*TP*G)-3')
  • DNA (5'-D(P*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*TP*AP*CP*AP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*GP*TP*AP*CP*G)-3')
キーワードDNA / Double crossover / DNA nanotechnology / DAE
機能・相同性2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.58 Å
データ登録者Vecchioni, S. / Woloszyn, K. / Ohayon, Y.P. / Sha, R. / Horvath, A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DE-SC0007991 米国
National Science Foundation (NSF, United States)GCR-2317843 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: 3D DNA Double Crossover Motif with an Even Number of Half Turns between Junctions
著者: Vecchioni, S. / Woloszyn, K. / Ohayon, Y.P. / Sha, R. / Horvath, A.
履歴
登録2025年1月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02026年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(P*TP*GP*TP*AP*CP*G)-3')
B: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*TP*AP*CP*AP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*AP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*G)-3')
E: DNA (5'-D(*TP*CP*GP*T)-3')
G: DNA (5'-D(*GP*AP*C)-3')
H: DNA (5'-D(*TP*CP*GP*TP*G)-3')
I: DNA (5'-D(P*AP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,66614
ポリマ－14,1737
非ポリマー4937
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.780, 42.780, 227.852
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61
Space group name HallP61
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: -x,-y,z+1/2

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要素

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DNA鎖 , 7種, 7分子 ABDEGHI

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*GP*TP*AP*CP*G)-3')


分子量: 2755.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*TP*AP*CP*AP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*A)-3')


分子量: 4209.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*G)-3')


分子量: 3070.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*GP*T)-3')


分子量: 1181.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#5: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*C)-3')


分子量: 886.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#6: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*GP*TP*G)-3')


分子量: 1511.022 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#7: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*C)-3')


分子量: 557.431 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 3種, 14分子

#8: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#9: 化合物 ChemComp-DG / 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE


タイプ: DNA linking / 分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: dGMP*YM
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 100 mM MOPS, 1.25 M magnesium sulfate / Temp details: 338-293 at 0.4/hr

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.97936 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年3月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97936 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.58→37.049 Å / Num. obs: 3661 / % possible obs: 85 % / 冗長度: 13.9 % / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル
解像度 (Å)Num. unique obsCC1/2Diffraction-ID
2.583-2.8712030.1971
8.5-37.0492030.9911

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.2_5419精密化
autoPROCデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.58→33.3 Å / SU ML: 0.4943 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 25.4959
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2958 178 4.9 %
Rwork0.2397 3458 -
obs0.2425 3636 49.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 50.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.58→33.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 949 28 7 984
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00421083
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6911654
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0371188
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003648
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d36.2867492
LS精密化 シェル解像度: 2.58→33.3 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2958 178 -
Rwork0.2397 3458 -
obs--49.25 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4186695467060.110985443237-0.4238921569680.2307423612770.4521905245182.00819452717-0.058333478876-0.1840170459920.005462126008730.06096186173970.107517953591-0.04806707828690.06821479126830.140875159892-0.008394273472490.9209290360820.1981904600380.2490271468180.693999069671-0.1302346173550.4131221340251.31510.6815.879
21.13928367466-0.1225632777050.8930690655460.485067778663-0.2773895179961.420271475130.21481421368-0.245202329497-0.06586598140490.1623355584690.191330194451-0.123438226730.515626167710.00396746783852-0.09077151286090.831387971385-0.03885523464630.05823896953330.431049617802-0.07429794721130.2073512582253.155-0.0372.835
32.391593088520.9076324422992.69376651612.22453023051.293961504284.64174093172-0.329636071467-0.166053607522-0.0428475288429-0.4047726230080.383685589891-0.01938926924560.22420443259-0.2639335109310.05420628384320.8713735976140.141409199856-0.1017432413120.521799745244-0.1208345383530.2901810806325.565-10.1614.913
43.45491009258-0.8982384834191.762587312382.143171722-1.631113647222.93833101594-0.1404307730210.1167734576270.285033200074-0.2804906501950.1804380190130.281064526249-0.028779275795-0.117963051068-0.02619521719580.6625485680190.3889854745470.02648870982860.7017641603280.1494425513980.330432429807-6.80610.92719.477
53.811020327270.4261382099092.376629673262.42109883644-0.823007394062.371323860460.1457021900960.2404486119380.178714553219-0.180245520731-0.0822383750833-0.12198831123-0.0967196448391-0.0317856821485-0.0781707931440.5099323938830.2834392181950.08418331892770.456572864620.07510361129720.2909339153812.241-12.26713.854
67.71167492742-3.06407913219-2.970515942166.931143174190.7230275782022.974906150750.240164936567-0.03253063076260.799636506508-0.0745429313078-0.00914258516138-0.13897371908-0.27208962587-0.0805548784749-0.2096770020580.8105972418970.3503736169340.06552223350660.47578626312-0.002243157554050.403653423152-4.7415.49725.68
70.664512238836-0.315498865164-0.3451438329870.2480658122380.2530213387530.2600775919340.149050703140.06179532155740.08518759472360.04412914172490.00917054868865-0.0007097237871-0.171857728383-0.0884635333265-0.04117175948120.9044641724270.4513418642390.02999428655150.61145640345-0.01128662770590.2886221486236.4-1.47322.123
81.639941891510.110968216175-2.498699990243.96643789633-0.8572470804963.92671835644-0.0391180143049-0.00629053089671-0.12045655138-0.0167510884482-0.08657860445570.0400296202150.7777479482060.05493238776430.09784180589361.020245972490.442590776688-0.2319594831350.708901566433-0.1815729109750.4338492845657.367-11.47626.698
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 1:9 )A1 - 9
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 1:14 )B1 - 14
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN D AND RESID 1:10 )D1 - 10
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN E AND RESID 1:4 )E1 - 4
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 101:101 )B101
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN G AND RESID 1:3 )G1 - 3
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN H AND RESID 4:8 )H4 - 8
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN I AND RESID 1:2 )I1 - 2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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