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- PDB-9msp: Crystal structure of MPXV A35R in complex with neutralizing antib... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9msp
タイトルCrystal structure of MPXV A35R in complex with neutralizing antibody EV35-7
要素
  • EV35-7 heavy chain
  • EV35-7 light chain
  • Protein OPG161
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody / mpox / monkeypox / A35
機能・相同性Chordopoxvirus A33R / Chordopoxvirus A33R protein / C-type lectin-like/link domain superfamily / host cell membrane / C-type lectin fold / virion membrane / membrane / ACETATE ION / Protein OPG161
機能・相同性情報
生物種Monkeypox virus (サル痘ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Yuan, M. / Wilson, I.A.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19 AI142737 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19 AI168631 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)U54CA267776 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2025
タイトル: Human monoclonal antibodies targeting A35 protect from death caused by mpox.
著者: Fantin, R.F. / Yuan, M. / Park, S.C. / Bozarth, B. / Cohn, H. / Ignacio, M. / Earl, P. / Civljak, A. / Laghlali, G. / Zhang, D. / Zhu, X. / Crandell, J. / Monteiro, V. / Clark, J.J. / Cotter, ...著者: Fantin, R.F. / Yuan, M. / Park, S.C. / Bozarth, B. / Cohn, H. / Ignacio, M. / Earl, P. / Civljak, A. / Laghlali, G. / Zhang, D. / Zhu, X. / Crandell, J. / Monteiro, V. / Clark, J.J. / Cotter, C. / Burkhardt, M. / Singh, G. / Warang, P. / Garcia-Bernalt Diego, J. / Srivastava, K. / Lugo, L.A. / Pischel, L. / Yildirim, I. / Omer, S.B. / da Silva, D. / Krammer, F. / Bajic, G. / Simon, V. / Schotsaert, M. / Lucas, C. / Wilson, I.A. / Moss, B. / Coelho, C.H.
履歴
登録2025年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年9月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Protein OPG161
F: Protein OPG161
H: EV35-7 heavy chain
L: EV35-7 light chain
A: Protein OPG161
B: Protein OPG161
C: EV35-7 heavy chain
D: EV35-7 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,66814
ポリマ－140,1968
非ポリマー4716
水8,233457
1
E: Protein OPG161
F: Protein OPG161
H: EV35-7 heavy chain
L: EV35-7 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,3157
ポリマ－70,0984
非ポリマー2173
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Protein OPG161
B: Protein OPG161
C: EV35-7 heavy chain
D: EV35-7 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,3527
ポリマ－70,0984
非ポリマー2543
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)103.339, 107.886, 268.423
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 EFAB

#1: タンパク質
Protein OPG161


分子量: 11414.199 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Monkeypox virus (サル痘ウイルス)
遺伝子: OPG161, MPXVgp145
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: A0A7H0DND2

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抗体 , 2種, 4分子 HCLD

#2: 抗体 EV35-7 heavy chain


分子量: 24098.092 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 抗体 EV35-7 light chain


分子量: 23171.699 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

-
非ポリマー , 4種, 463分子

#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 457 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.9 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 25% PEG 4000, 0.2 M ammonium sulfate, and 0.1 M acetate pH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→50 Å / Num. obs: 75918 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 10 % / CC1/2: 0.993 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.125 / Χ2: 0.954 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.2-2.247.91.66336800.3080.6860.6161.7840.86998.9
2.24-2.287.81.4738090.3440.7160.5521.5790.8599.3
2.28-2.327.91.23537560.5220.8280.461.3250.91399.1
2.32-2.3781.03237610.6330.880.3851.1070.89398.5
2.37-2.428.10.88937310.7370.9210.330.9530.89297.3
2.42-2.487.50.70936820.7940.9410.2740.7640.94597.4
2.48-2.547.20.58436380.8050.9450.2330.6320.93795.2
2.54-2.618.90.50437800.9190.9790.1780.5360.96298.8
2.61-2.69100.37837940.9610.990.1250.3990.9899.7
2.69-2.7710.50.30938520.970.9920.0990.3241.01999.8
2.77-2.8710.90.23737990.9810.9950.0740.2491.04899.6
2.87-2.9911.30.18438090.9860.9970.0560.1921.06199.7
2.99-3.1211.60.13738420.990.9980.0410.1431.08399.5
3.12-3.2911.80.10338130.9940.9980.0310.1081.10599.4
3.29-3.4911.80.07638140.9960.9990.0230.081.0899.3
3.49-3.7611.70.06338320.9970.9990.0190.0661.06199.3
3.76-4.1411.40.0538780.9970.9990.0150.0530.95899.8
4.14-4.7410.40.04137300.9980.9990.0130.0430.88395.7
4.74-5.97120.03838300.9980.9990.0110.040.78698
5.97-5012.10.03340880.99910.010.0350.67299.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.21.2_5419: ???)精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.19→44.74 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2496 3661 4.96 %
Rwork0.2109 --
obs0.2128 73826 95.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.19→44.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8916 0 27 457 9400
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.626
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.3823257
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0451386
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041579
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.19-2.220.3239950.26311746X-RAY DIFFRACTION63
2.22-2.250.32661310.26812378X-RAY DIFFRACTION85
2.25-2.280.31951250.26672485X-RAY DIFFRACTION89
2.28-2.320.33171300.26712533X-RAY DIFFRACTION91
2.32-2.350.30671340.26052613X-RAY DIFFRACTION93
2.35-2.390.35331380.26362621X-RAY DIFFRACTION94
2.39-2.430.37421440.27252601X-RAY DIFFRACTION94
2.43-2.480.30391460.25722661X-RAY DIFFRACTION95
2.48-2.520.30031310.24942632X-RAY DIFFRACTION94
2.52-2.570.26241190.24892813X-RAY DIFFRACTION98
2.57-2.630.32931430.25132772X-RAY DIFFRACTION100
2.63-2.690.31671440.24562808X-RAY DIFFRACTION100
2.69-2.760.29861480.24212816X-RAY DIFFRACTION100
2.76-2.830.28091570.24722763X-RAY DIFFRACTION100
2.83-2.920.29951480.24972806X-RAY DIFFRACTION100
2.92-3.010.30781530.23992795X-RAY DIFFRACTION100
3.01-3.120.23721450.22452835X-RAY DIFFRACTION100
3.12-3.240.2911540.21562802X-RAY DIFFRACTION99
3.24-3.390.21111690.20722799X-RAY DIFFRACTION99
3.39-3.570.22011500.19972802X-RAY DIFFRACTION99
3.57-3.790.21781790.19172767X-RAY DIFFRACTION99
3.79-4.090.2311470.17842852X-RAY DIFFRACTION100
4.09-4.50.15831370.162841X-RAY DIFFRACTION99
4.5-5.150.1641170.15192699X-RAY DIFFRACTION93
5.15-6.480.22451350.18642908X-RAY DIFFRACTION100
6.48-44.740.23121420.19433017X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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