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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9msg | |||||||||
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タイトル | De novo SigN RNA polymerase transcription initiation intermediate with bound SigN-RII | |||||||||
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![]() | TRANSCRIPTION / TRANSFERASE/DNA / sigma N / sigma 54 / ATPase / bacterial enhancer binding protein / transcription initiation / intermediate / TRANSFERASE-DNA complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() arginine metabolic process / RNA polymerase complex / DNA-binding transcription activator activity / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex ...arginine metabolic process / RNA polymerase complex / DNA-binding transcription activator activity / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / phosphorelay signal transduction system / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-directed RNA polymerase complex / nucleotidyltransferase activity / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription initiation / cell motility / protein-DNA complex / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / response to heat / protein-containing complex assembly / intracellular iron ion homeostasis / transcription cis-regulatory region binding / protein dimerization activity / response to antibiotic / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | |||||||||
![]() | Mueller, A.U. / Darst, S.A. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Real-time capture of σ transcription initiation intermediates reveals mechanism of ATPase-driven activation by limited unfolding. 著者: Andreas U Mueller / Nina Molina / B Tracy Nixon / Seth A Darst / ![]() 要旨: Bacterial σ factors bind RNA polymerase (E) to form holoenzyme (Eσ), conferring promoter specificity to E and playing a key role in transcription bubble formation. σ is unique among σ factors in ...Bacterial σ factors bind RNA polymerase (E) to form holoenzyme (Eσ), conferring promoter specificity to E and playing a key role in transcription bubble formation. σ is unique among σ factors in its structure and functional mechanism, requiring activation by specialized AAA+ ATPases. Eσ forms an inactive promoter complex where the N-terminal σ region I (σ-RI) threads through a small DNA bubble. On the opposite side of the DNA, the ATPase engages σ-RI within the pore of its hexameric ring. Here, we perform kinetics-guided structural analysis of de novo formed Eσ initiation complexes and engineer a biochemical assay to measure ATPase-mediated σ-RI translocation during promoter melting. We show that the ATPase exerts mechanical action to translocate about 30 residues of σ-RI through the DNA bubble, disrupting inhibitory structures of σ to allow full transcription bubble formation. A local charge switch of σ-RI from positive to negative may help facilitate disengagement of the otherwise processive ATPase, allowing subsequent σ disentanglement from the DNA bubble. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.9 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 138.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 219.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 48588MC ![]() 9mseC ![]() 9msfC ![]() 9mshC ![]() 9msjC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 2種, 7分子 ABCDEFM
#1: タンパク質 | 分子量: 30731.598 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: AAA+ domain of NtrC1 (UNP residues 121-387) 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: ntrC1, aq_1117 / 発現宿主: ![]() ![]() #6: タンパク質 | | 分子量: 54043.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 GHIJK
#2: タンパク質 | 分子量: 36558.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: タンパク質 | | 分子量: 150820.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: rpoB, groN, nitB, rif, ron, stl, stv, tabD, b3987, JW3950 発現宿主: ![]() ![]() #4: タンパク質 | | 分子量: 156338.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #5: タンパク質 | | 分子量: 10249.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-DhsU (-60 to +30) ... , 2種, 2分子 UV
#7: DNA鎖 | 分子量: 28003.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: Bases at the ends of the fragment (two positions on either side) were modified from the genomic sequence to G or C to stabilize the ends. 由来: (合成) ![]() ![]() |
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#8: DNA鎖 | 分子量: 27507.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: Bases at the ends of the fragment (two positions on either side) were modified from the genomic sequence to G or C to stabilize the ends. 由来: (合成) ![]() ![]() |
-非ポリマー , 6種, 40分子 










#9: 化合物 | ChemComp-ATP / #10: 化合物 | #11: 化合物 | ChemComp-ADP / | #12: 化合物 | ChemComp-POP / | #13: 化合物 | #14: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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Has protein modification | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: EsNdhsUC1+ATP / タイプ: COMPLEX 詳細: E = RNAP sN = Sigma N dhsU = dhsU promoter DNA C1 = NtrC1 Entity ID: #1-#8 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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分子量 | 値: 0.63 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 8 詳細: 40 mM Tris-HCl, pH 8/RT, 200 mM KCl, 10 mM MgCl2, 1 mM DTT; fluorinated fos-choline-8 (FC8F) added to a final concentration of 1.5 mM during grid preparation |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 310 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 平均露光時間: 1.4 sec. / 電子線照射量: 42 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 17199 |
画像スキャン | 横: 11520 / 縦: 8184 |
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解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.21.1_5286: / カテゴリ: モデル精密化 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
3次元再構成 | 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 95920 / 対称性のタイプ: POINT |