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- PDB-9msd: G002-293-0536 Fab in complex with 001428_T278M_L14 SOSIP and RM20... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9msd
タイトルG002-293-0536 Fab in complex with 001428_T278M_L14 SOSIP and RM20A3 Fab
要素
  • (G002-293-0536 Fab ...) x 2
  • 001428_T278M_L14 SOSIP gp140
  • RM20A3 Fab light chain
  • RM20A3 Rab heavy chain
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / G002 / clinical trial / HIV-1 / VRC01 / human antibody / vaccine / Env / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
Macaca mulatta (アカゲザル)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Phulera, S. / Ozorowski, G. / Ward, A.B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Bill & Melinda Gates FoundationINV-002916 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2025
タイトル: Vaccination with mRNA-encoded nanoparticles drives early maturation of HIV bnAb precursors in humans.
著者: Jordan R Willis / Madhu Prabhakaran / Michelle Muthui / Ansuya Naidoo / Troy Sincomb / Weiwei Wu / Christopher A Cottrell / Elise Landais / Allan C deCamp / Nahid R Keshavarzi / Oleksandr ...著者: Jordan R Willis / Madhu Prabhakaran / Michelle Muthui / Ansuya Naidoo / Troy Sincomb / Weiwei Wu / Christopher A Cottrell / Elise Landais / Allan C deCamp / Nahid R Keshavarzi / Oleksandr Kalyuzhniy / Jeong Hyun Lee / Linda M Murungi / Wilfrida A Ogonda / Nicole L Yates / Martin M Corcoran / Swastik Phulera / Joel Musando / Amanda Tsai / Gabrielle Lemire / Yiakon Sein / Michael Muteti / Praveen Alamuri / Jennifer A Bohl / Drienna Holman / Sunny Himansu / Brett Leav / Caroline Reuter / Li-An Lin / Baoyu Ding / Chunla He / Walter L Straus / Kellie J MacPhee / Isabel Regadas / Diana V Nyabundi / Ruth Chirchir / Omu Anzala / John N Kimotho / Caleb Kibet / Kelli Greene / Hongmei Gao / Erica Beatman / Kiara Benson / Dominick Laddy / David M Brown / Rhianna Bronson / Jalen Jean-Baptiste / Suprabhath Gajjala / Zahra Rikhtegaran-Tehrani / Alison Benner / Mukundhan Ramaswami / Danny Lu / Nushin Alavi / Sonya Amirzehni / Michael Kubitz / Ryan Tingle / Erik Georgeson / Nicole Phelps / Yumiko Adachi / Alessia Liguori / Claudia Flynn / Katherine McKenney / Xiaoya Zhou / D Collins Owuor / Sharon A Owuor / Soo-Young Kim / Michael Duff / Ju Yeong Kim / Grace Gibson / Sabyasachi Baboo / Jolene Diedrich / Torben Schiffner / Marisa Shields / Mabela Matsoso / Jennifer Santos / Kristen Syvertsen / Allison Kennedy / Melissa Schroeter / Johan Vekemans / John R Yates / James C Paulson / Ollivier Hyrien / Adrian B McDermott / Pholo Maenetje / Julien Nyombayire / Etienne Karita / Rosine Ingabire / Vinodh Edward / Vincent Muturi-Kioi / Janine Maenza / Adrienne E Shapiro / M Juliana McElrath / Srilatha Edupuganti / Barbara S Taylor / David Diemert / Gabriel Ozorowski / Richard A Koup / David Montefiori / Andrew B Ward / Gunilla B Karlsson Hedestam / Georgia Tomaras / Devin J Hunt / Daniel Muema / Devin Sok / Dagna S Laufer / Sarah F Andrews / Eunice W Nduati / William R Schief /
要旨: A leading HIV vaccine strategy requires a priming immunogen to induce broadly neutralizing antibody (bnAb) precursors, followed by a series of heterologous boosters to elicit somatic hypermutation ...A leading HIV vaccine strategy requires a priming immunogen to induce broadly neutralizing antibody (bnAb) precursors, followed by a series of heterologous boosters to elicit somatic hypermutation (SHM) and produce bnAbs. In two randomized, open-label phase 1 human clinical trials, IAVI G002 in the United States and IAVI G003 in Rwanda and South Africa (IAVI, International Aids Vaccine Initiative), we evaluated the safety and immunogenicity of mRNA-encoded nanoparticles as priming immunogens (both trials) and first-boosting immunogens (IAVI G002). The vaccines were generally safe and well tolerated, except that 18% of IAVI G002 participants experienced skin reactions. Priming induced bnAb precursors with substantial frequencies and SHM; heterologous boosting elicited increased SHM, affinity, and neutralization activity toward bnAb development; and elicited antibodies exhibited precise bnAb structural mimicry. The results establish clinical proof of concept that heterologous boosting can advance bnAb precursor maturation and demonstrate bnAb priming in Africa, where the HIV burden is highest.
履歴
登録2025年1月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年5月28日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 001428_T278M_L14 SOSIP gp140
H: G002-293-0536 Fab heavy chain
L: G002-293-0536 Fab light chain
D: RM20A3 Fab light chain
C: RM20A3 Rab heavy chain
G: 001428_T278M_L14 SOSIP gp140
I: G002-293-0536 Fab heavy chain
M: G002-293-0536 Fab light chain
F: RM20A3 Fab light chain
E: RM20A3 Rab heavy chain
B: 001428_T278M_L14 SOSIP gp140
N: G002-293-0536 Fab heavy chain
O: G002-293-0536 Fab light chain
K: RM20A3 Fab light chain
J: RM20A3 Rab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)509,48351
ポリマ－499,20515
非ポリマー10,27936
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 AGB

#1: タンパク質 001428_T278M_L14 SOSIP gp140


分子量: 72345.602 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Envelope glycoprotein gp160 with 001428_T278M_L14 SOSIP gp140 engineered mutations
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: env / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A1EAH9

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抗体 , 4種, 12分子 HINLMODFKCEJ

#2: 抗体 G002-293-0536 Fab heavy chain


分子量: 24206.357 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 G002-293-0536 Fab light chain


分子量: 22943.395 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 RM20A3 Fab light chain


分子量: 22827.150 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#5: 抗体 RM20A3 Rab heavy chain


分子量: 24079.055 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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糖 , 3種, 36分子

#6: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 糖...
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: G002-293-0536 Fab in complex with 001428_T278M_L14 SOSIP and RM20A3 Fab
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1, #5, #4, #2-#3 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量実験値: NO
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 8.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 190000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2PHENIX1.21_5207モデル精密化
3EPU画像取得
10cryoSPARC初期オイラー角割当
11cryoSPARC最終オイラー角割当
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C3 (3回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 47344 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 3.2 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00524792
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.90933615
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.6339723
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0553855
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0164242

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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