PDB-9ms6: Crystal structure of a putative phage endolysin identified from a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ms6

タイトル

Crystal structure of a putative phage endolysin identified from a metagenomic survey of Prosser, Washington soil (PWe1)

要素

PWe1 endolysin

キーワード

HYDROLASE / endolysin / carbohydrate-metabolizing / soil phage enzyme

機能・相同性

BROMIDE ION

機能・相同性情報

生物種

metagenome (メタゲノム)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Smith, C.A. / Buchko, G.W. / Wu, R. / Cort, J.R.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structures of two phage endolysins identified from a metagenomic survey of south-central Washington soil
著者: Buchko, G.W. / Smith, C.A. / Wu, R. / Alfaro, T.D. / McClure, R.S. / Cort, J.R. / Hofmockel, K.F.

履歴

登録	2025年1月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年5月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ms6.cif.gz	90.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ms6.ent.gz	69 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ms6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9ms6_validation.pdf.gz	443.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9ms6_full_validation.pdf.gz	445.8 KB	表示
XML形式データ	9ms6_validation.xml.gz	11.3 KB	表示
CIF形式データ	9ms6_validation.cif.gz	13.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ms/9ms6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ms/9ms6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9ms7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PWe1 endolysin

ヘテロ分子

24 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.842, 64.842, 85.573
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-301- SO4

#1: タンパク質	PWe1 endolysin 分子量: 23724.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) metagenome (メタゲノム) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド分子量: 79.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.81 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M Hepes, sodium pH 7.5, 2% v/v PEG 400, 2.0 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.91966 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年8月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91966 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→34.03 Å / Num. obs: 11764 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 39 % / CC_1/2: 1 / R_pim(I) all: 0.015 / R_rim(I) all: 0.092 / Net I/σ(I): 27.9
反射シェル	解像度: 2.15→2.22 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 971 / CC_1/2: 0.725 / R_pim(I) all: 0.531

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.21.2_5419: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.15→34.03 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.41 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2718	616	5.26 %
R_work	0.2119	-	-
obs	0.2147	11720	99.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→34.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1492	0	7	22	1521

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	1520
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.974	2052
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.41	579
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	217
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	272

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.15-2.37	0.308	177	0.2982	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.71	0.3078	166	0.2299	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-3.41	0.3304	141	0.2814	2787	X-RAY DIFFRACTION	100
3.42-34.03	0.237	132	0.1785	2911	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7436	1.1845	3.7255	6.4097	2.6695	7.8859	-0.2662	1.0507	-0.2703	-0.788	0.8367	-3.2734	1.1796	4.3581	0.6525	0.9541	0.8644	0.0088	1.4031	0.2945	0.6386	-4.7823	1.5907	-3.3363
2	0.2941	-0.2614	0.1485	1.2569	0.708	0.7237	0.1143	0.1773	-0.1451	0.8519	-0.3928	-0.4826	0.9858	0.8923	0.009	0.6159	0.2433	0.1069	0.8328	0.1276	0.6177	-12.711	6.4514	2.6248
3	0.8517	-0.5736	0.6107	1.12	0.2198	0.6834	0.0839	0.3446	-0.517	-0.3963	-0.1954	-0.0119	1.848	0.0297	-0.0008	1.0104	0.1755	0.1042	0.647	0.0024	0.7496	-17.7289	-1.1073	-4.4054
4	0.7652	0.0793	0.0332	0.1319	-0.3941	0.672	0.049	0.4155	0.0276	-0.5079	-0.6772	0.3607	2.2259	1.2146	-0.0048	0.6297	0.1872	0.0441	0.7845	0.0189	0.7317	-11.7122	12.2236	-17.4804
5	0.4896	0.4351	-0.2419	0.3784	-0.2111	0.4677	-1.08	0.8072	-1.1981	-1.554	-0.012	0.8645	1.0762	0.6155	-0.0023	1.0383	-0.0359	-0.1071	0.7929	-0.1832	1.1295	-21.5348	12.2382	-32.623
6	0.1271	0.121	0.2379	0.1243	0.2994	0.5146	-0.0339	2.6602	-0.7914	-1.2958	0.4615	-0.0686	-0.1676	1.1758	-0.0073	0.7432	-0.1993	-0.0163	1.1317	-0.2277	0.6904	-17.9761	20.7859	-33.8122
7	1.8296	-1.4908	-1.8408	1.1092	0.9728	2.0308	0.2054	0.0695	-0.2005	-0.1608	-0.1762	0.3381	0.1192	-0.1605	0.001	0.3958	-0.0203	-0.074	0.426	0.0042	0.556	-23.6934	20.1594	-18.5811
8	1.3091	-0.6436	-0.2252	1.2695	-1.1156	2.658	-0.0054	-0.2931	0.0912	0.2308	0.0278	0.0423	-0.4544	-0.1676	-0.001	0.4775	-0.0529	-0.0144	0.4495	0.0342	0.544	-24.1657	19.9397	-5.1815
9	0.9144	-0.538	-0.7699	1.2266	-0.8179	2.0275	0.1297	0.1846	-0.6513	-0.0276	-0.0139	-0.2334	1.0817	0.203	-0.0018	0.7691	0.0306	0.0885	0.608	0.051	0.6112	-26.7098	3.7541	-4.8691
10	0.2019	0.3492	0.2041	0.4107	0.4537	0.2874	-1.2276	-0.7433	-0.0299	-0.2806	0.7063	0.049	1.2344	-0.1769	-0.0151	1.4909	0.2538	0.028	0.955	-0.0579	1.0474	-12.3775	-6.2892	-11.9732

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 15 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 16 through 29 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 30 through 48 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 49 through 62 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 63 through 76 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 77 through 86 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 87 through 122 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 123 through 146 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 147 through 171 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 172 through 206 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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