PDB-9ms5: Crystal structure of an expansin (Ss_EXLX1) from Streptomyces sp.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ms5

タイトル

Crystal structure of an expansin (Ss_EXLX1) from Streptomyces sp.

要素

Peptidoglycan-binding domain-containing protein, expansin

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / bacterial expansin / carbohydrate-binding / cellulose-loosening

機能・相同性

: / : / RlpA-like protein, double-psi beta-barrel domain / Lytic transglycolase / Expansin, cellulose-binding-like domain superfamily / RlpA-like domain superfamily / Peptidoglycan-binding domain-containing protein, expansin

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Smith, C.A. / Buchko, G.W. / Momeni, M.H. / Master, E.R.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Insights into the action of phylogenetically diverse microbial expansins
著者: Buchko, G.W. / Smith, C.A. / Momeni, M.H. / Master, E.R.

履歴

登録	2025年1月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年5月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ms5.cif.gz	325.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ms5.ent.gz	262.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ms5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ms/9ms5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ms/9ms5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9ms4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Peptidoglycan-binding domain-containing protein, expansin

B: Peptidoglycan-binding domain-containing protein, expansin

C: Peptidoglycan-binding domain-containing protein, expansin

D: Peptidoglycan-binding domain-containing protein, expansin

ヘテロ分子

88.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.396, 101.634, 116.868
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Peptidoglycan-binding domain-containing protein, expansin / Ss_EXLX1 分子量: 21859.426 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Streptomyces sp. (バクテリア) / 遺伝子: SAMN04487980_1008232 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1I4V6A4
#2: 化合物	ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス分子量: 209.240 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₉NO₅ / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 708 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.05 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M Bis-Tris: HCl, pH 6.5 , 20 % (w/v) PEG MME 5000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年12月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→76.7 Å / Num. obs: 140101 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 7.5 % / CC_1/2: 0.998 / R_pim(I) all: 0.071 / R_rim(I) all: 0.141 / Net I/σ(I): 10.5
反射シェル	解像度: 1.45→1.487 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 7005 / CC_1/2: 0.672 / R_pim(I) all: 0.957

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.21.2_5419: ???)	精密化
autoPROC		データ削減
STARANISO		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.45→50.66 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.43 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2002	6999	5 %
R_work	0.1671	-	-
obs	0.1687	140016	96.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→50.66 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6128	0	76	708	6912

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	6402
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.785	8733
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.776	2352
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.083	949
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	1159

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.45-1.47	0.3165	129	0.2805	2503	X-RAY DIFFRACTION	55
1.47-1.48	0.248	156	0.2067	3432	X-RAY DIFFRACTION	75
1.48-1.5	0.2202	214	0.2044	4077	X-RAY DIFFRACTION	91
1.5-1.52	0.235	251	0.2009	4395	X-RAY DIFFRACTION	97
1.52-1.54	0.2363	217	0.2001	4489	X-RAY DIFFRACTION	99
1.54-1.56	0.2558	239	0.1837	4504	X-RAY DIFFRACTION	99
1.56-1.58	0.2159	216	0.1762	4508	X-RAY DIFFRACTION	100
1.58-1.61	0.2249	229	0.1703	4526	X-RAY DIFFRACTION	100
1.61-1.63	0.2141	211	0.1657	4559	X-RAY DIFFRACTION	100
1.63-1.66	0.2016	270	0.1571	4496	X-RAY DIFFRACTION	100
1.66-1.69	0.2147	241	0.1609	4505	X-RAY DIFFRACTION	100
1.69-1.72	0.2059	221	0.1613	4565	X-RAY DIFFRACTION	100
1.72-1.75	0.2074	244	0.1587	4506	X-RAY DIFFRACTION	100
1.75-1.79	0.2211	257	0.1559	4475	X-RAY DIFFRACTION	99
1.79-1.83	0.1805	258	0.1517	4528	X-RAY DIFFRACTION	100
1.83-1.87	0.1941	255	0.1527	4508	X-RAY DIFFRACTION	100
1.87-1.92	0.2061	255	0.1513	4576	X-RAY DIFFRACTION	100
1.92-1.97	0.1931	259	0.1438	4524	X-RAY DIFFRACTION	100
1.97-2.03	0.166	239	0.1468	4550	X-RAY DIFFRACTION	100
2.03-2.09	0.2056	244	0.1504	4549	X-RAY DIFFRACTION	100
2.09-2.17	0.1829	219	0.1494	4583	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.25	0.1847	251	0.1522	4569	X-RAY DIFFRACTION	100
2.25-2.36	0.1912	225	0.1605	4593	X-RAY DIFFRACTION	100
2.36-2.48	0.1906	227	0.165	4565	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.64	0.2086	230	0.1718	4575	X-RAY DIFFRACTION	99
2.64-2.84	0.199	283	0.173	4575	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-3.12	0.2135	244	0.1812	4611	X-RAY DIFFRACTION	100
3.12-3.58	0.1836	234	0.174	4682	X-RAY DIFFRACTION	100
3.58-4.51	0.1862	238	0.1638	4706	X-RAY DIFFRACTION	100
4.51-50.66	0.1832	243	0.1773	4783	X-RAY DIFFRACTION	98

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)