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- PDB-9mrv: Crystal structures of a cyanobacterial DAP epimerase bound to D,L... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9mrv
タイトルCrystal structures of a cyanobacterial DAP epimerase bound to D,L-alpha-methyl DAP
要素Diaminopimelate epimerase
キーワードANTIBIOTIC / DAP epimerase / diaminopimelic acid / DapF / cofactor-independent / protein biochemistry / enzyme mechanism / inhibitor / lysine biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


diaminopimelate epimerase / diaminopimelate epimerase activity / : / cytosol
類似検索 - 分子機能
Diaminopimelate epimerase, active site / Diaminopimelate epimerase signature. / Diaminopimelate epimerase, DapF / Diaminopimelate epimerase
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R,6S)-2,6-DIAMINO-2-METHYLHEPTANEDIOIC ACID / Diaminopimelate epimerase
類似検索 - 構成要素
生物種Anabaena sp. YBS01 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.69 Å
データ登録者Chen, P. / Lamer, T. / Vederas, J.C. / Lemieux, M.J.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structures of a cyanobacterial DAP epimerase bound to diaminopimelic acid analogues
著者: Lamer, T. / Chen, P. / Lemieux, M.J. / Vederas, J.C.
履歴
登録2025年1月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Diaminopimelate epimerase
B: Diaminopimelate epimerase
C: Diaminopimelate epimerase
D: Diaminopimelate epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,5318
ポリマ－124,7144
非ポリマー8174
水30,3191683
1
A: Diaminopimelate epimerase
ヘテロ分子

C: Diaminopimelate epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,7654
ポリマ－62,3572
非ポリマー4082
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
Buried area2810 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area21230 Å2
手法PISA
2
B: Diaminopimelate epimerase
ヘテロ分子

D: Diaminopimelate epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,7654
ポリマ－62,3572
非ポリマー4082
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_564x,y+1,z-11
Buried area2820 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area21220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.496, 103.878, 103.865
Angle α, β, γ (deg.)61.01, 78.42, 78.62
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Diaminopimelate epimerase / DAP epimerase / PLP-independent amino acid racemase


分子量: 31178.504 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Anabaena sp. YBS01 (バクテリア) / 遺伝子: dapF, EH233_12580 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5Q0GFR1, diaminopimelate epimerase
#2: 化合物
ChemComp-ZDR / (2R,6S)-2,6-DIAMINO-2-METHYLHEPTANEDIOIC ACID


分子量: 204.224 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H16N2O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1683 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.96 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.15M DL-Malic acid, 20% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 93.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→46.21 Å / Num. obs: 181623 / % possible obs: 95.69 % / 冗長度: 7.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.034 / Rrim(I) all: 0.048 / Net I/σ(I): 10.24
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
1.69-1.790.334188430.8380.4721
1.79-1.910.197179950.9330.2781
1.91-2.070.116163470.9730.1631
2.07-2.260.074150710.9870.1041
2.26-2.530.054131600.9920.0761
2.53-2.920.039113490.9960.0551
2.92-3.570.02394140.9980.0331
3.57-5.040.01768290.9990.0231
5.04-46.210.01735200.9990.0241

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XSCALEデータスケーリング
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.69→46.21 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 23.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2045 9058 4.99 %
Rwork0.2016 --
obs0.2017 181623 95.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.69→46.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8508 0 56 1683 10247
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0068740
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.98911880
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4023196
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0551348
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011564
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.69-1.710.36923160.35695363X-RAY DIFFRACTION89
1.71-1.730.28833040.29625571X-RAY DIFFRACTION93
1.73-1.750.30243060.29795617X-RAY DIFFRACTION93
1.75-1.770.2742750.28565619X-RAY DIFFRACTION94
1.77-1.790.29592640.27525612X-RAY DIFFRACTION94
1.79-1.820.30583070.27545738X-RAY DIFFRACTION94
1.82-1.840.26593110.26665603X-RAY DIFFRACTION94
1.84-1.870.23582960.2655612X-RAY DIFFRACTION94
1.87-1.90.2663290.25745746X-RAY DIFFRACTION95
1.9-1.930.25583350.24615584X-RAY DIFFRACTION94
1.93-1.960.2562980.23365734X-RAY DIFFRACTION95
1.96-20.24082840.23395748X-RAY DIFFRACTION95
2-2.040.25383130.23825711X-RAY DIFFRACTION95
2.04-2.080.26193090.235727X-RAY DIFFRACTION95
2.08-2.130.24132720.23725713X-RAY DIFFRACTION95
2.13-2.180.26592540.23555860X-RAY DIFFRACTION96
2.18-2.230.23052420.23435797X-RAY DIFFRACTION96
2.23-2.290.24912980.22985831X-RAY DIFFRACTION96
2.29-2.360.24893080.22635810X-RAY DIFFRACTION96
2.36-2.430.21732860.21735766X-RAY DIFFRACTION97
2.43-2.520.21883180.21885862X-RAY DIFFRACTION97
2.52-2.620.23793220.22475813X-RAY DIFFRACTION97
2.62-2.740.21082860.22785849X-RAY DIFFRACTION97
2.74-2.890.2323190.22325871X-RAY DIFFRACTION97
2.89-3.070.19643240.20255865X-RAY DIFFRACTION98
3.07-3.30.17863000.18325933X-RAY DIFFRACTION98
3.3-3.630.15852840.15685948X-RAY DIFFRACTION98
3.64-4.160.13973120.13955906X-RAY DIFFRACTION98
4.16-5.240.12493710.12035894X-RAY DIFFRACTION99
5.24-46.210.17893150.16655862X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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