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- PDB-9mrd: Crystal Structure of TREX1 Homolog Plex9.1 bound to ssDNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9mrd
タイトルCrystal Structure of TREX1 Homolog Plex9.1 bound to ssDNA
要素
  • DNA(5'-*AP*CP*TP*GP*A-3')
  • exodeoxyribonuclease III
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA Bound / Exonuclease / DEDDh / Innate Immunity
機能・相同性
機能・相同性情報


exodeoxyribonuclease III / 3'-5'-DNA exonuclease activity / DNA catabolic process / nucleic acid binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Three-prime repair exonuclease 1/2 / Exonuclease / Exonuclease, RNase T/DNA polymerase III / EXOIII / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / exodeoxyribonuclease III
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
DNA molecule (その他)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Rogers, C.M. / Langelaan, D.N.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN-2024-06440 カナダ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Insights into Innate Immunity Through Evolutionarily Conserved DEDDh Exonucleases
著者: Rogers, C.M. / Langelaan, D.N. / Dellaire, G.
履歴
登録2025年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: exodeoxyribonuclease III
D: DNA(5'-*AP*CP*TP*GP*A-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1885
ポリマ－23,9562
非ポリマー2323
水4,179232
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1680 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area9580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.000, 96.660, 65.560
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-442-

HOH

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要素

#1: タンパク質 exodeoxyribonuclease III


分子量: 22755.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: plex9.1, si:ch1073-385f13.3 / 発現宿主: Escherichia coli #1/H766 (大腸菌) / 参照: UniProt: E7FAN2, exodeoxyribonuclease III
#2: DNA鎖 DNA(5'-*AP*CP*TP*GP*A-3')


分子量: 1199.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) DNA molecule (その他)
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.72 %
結晶化温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法 / 詳細: 1.2M trisodium citrate pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1.1808 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1808 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→42 Å / Num. obs: 21395 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 21.22 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / Num. unique obs: 3833 / CC1/2: 0.017

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX位相決定
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→42 Å / SU ML: 0.2147 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.9108
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2206 1070 5 %
Rwork0.1658 20320 -
obs0.1684 21390 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1515 70 11 232 1828
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01121658
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0932269
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0636258
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0112281
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.4654249
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.990.31731320.22422507X-RAY DIFFRACTION99.92
1.99-2.090.22571310.16372497X-RAY DIFFRACTION99.96
2.09-2.220.20391320.16242510X-RAY DIFFRACTION100
2.22-2.390.2461330.15862512X-RAY DIFFRACTION99.89
2.39-2.630.2171320.16022520X-RAY DIFFRACTION100
2.63-3.020.23671340.17882537X-RAY DIFFRACTION99.93
3.02-3.80.20531350.15512571X-RAY DIFFRACTION100
3.8-420.20411410.16272666X-RAY DIFFRACTION99.89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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